+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4hj3 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Rhodobacter Sphaeroides LOV protein | ||||||
Components | LOV proteinLight-oxygen-voltage-sensing domain | ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / LOV / PAS / HTH | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Rhodobacter sphaeroides (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.643 Å | ||||||
Authors | Crane, B.R. / Conrad, K.S. / Bilwes, A.M. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2013 Title: Light-induced subunit dissociation by a light-oxygen-voltage domain photoreceptor from Rhodobacter sphaeroides. Authors: Conrad, K.S. / Bilwes, A.M. / Crane, B.R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4hj3.cif.gz | 82.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4hj3.ent.gz | 62.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4hj3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/4hj3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/4hj3 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 19552.098 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: A138Y Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhodobacter sphaeroides (bacteria) / Strain: ATCC 17025 / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: M1E1F9*PLUS #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.47 Å3/Da / Density % sol: 64.54 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 0.1 M HEPES, 4.3 M NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CHESS / Beamline: A1 / Wavelength: 0.978 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Date: Mar 26, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.978 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.64→50 Å / Num. obs: 15765 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Χ2: 1.82 / Net I/σ(I): 13.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.643→45.806 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8078 / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.1 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 120.93 Å2 / Biso mean: 41.2552 Å2 / Biso min: 8.28 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.643→45.806 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11 / % reflection obs: 100 %
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