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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7oa2 | ||||||||||||
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タイトル | Triphosphate tunnel metalloenzyme from Sulfolobus acidocaldarius in complex with pyrophosphate | ||||||||||||
要素 | Triphosphate tunnel metalloenzyme Saci_0718 | ||||||||||||
キーワード | HYDROLASE / TTM / CYTH / triphosphate | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Vogt, M.S. / Essen, L.-O. / Banerjee, A. | ||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 3件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021 タイトル: The archaeal triphosphate tunnel metalloenzyme SaTTM defines structural determinants for the diverse activities in the CYTH protein family. 著者: Vogt, M.S. / Ngouoko Nguepbeu, R.R. / Mohr, M.K.F. / Albers, S.V. / Essen, L.O. / Banerjee, A. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021 タイトル: The archaeal triphosphate tunnel metalloenzyme Sa TTM defines structural determinants for the diverse activities in the CYTH protein family 著者: Vogt, M.S. / Nguepbeu, R.R.N. / Mohr, M.K.F. / Albers, S.V. / Essen, L.O. / Banerjee, A. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7oa2.cif.gz | 99.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7oa2.ent.gz | 67.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7oa2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/7oa2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/7oa2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23698.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius (strain ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770) (好気性・好酸性) 株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770 遺伝子: Saci_0718 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: Q4JAT2 |
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#2: 化合物 | ChemComp-POP / |
#3: 化合物 | ChemComp-K / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.73 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: Crystals were grown in 1:1 mixtures of JCSG Core IA11 (0.2M Potassium acetate, 20%(w/v) PEG 3350) and 10 mg/ml protein in 200 mM NaCl, 50 mM Tris, pH 9.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.972 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→45.91 Å / Num. obs: 6390 / % possible obs: 78.54 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 58.47 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.03404 / Rrim(I) all: 0.04814 / Net I/σ(I): 8.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / Num. unique obs: 636 / CC1/2: 0.778 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7NS9 解像度: 2.7→45.91 Å / SU ML: 0.4615 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.1386 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 61.29 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→45.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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