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- PDB-7o9r: Crystal structure of holo-H44A mutant of Hydroxy ketone aldolase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o9r
タイトルCrystal structure of holo-H44A mutant of Hydroxy ketone aldolase (SwHKA) from Sphingomonas wittichii RW1
要素HpcH/HpaI aldolase
キーワードLYASE / Class II Pyruvate Aldolase / Metal dependent / Aldol reaction / Magnesium / Carbon bond formation / holo
機能・相同性HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase domain / HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / catalytic activity / BROMIDE ION / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / HpcH/HpaI aldolase
機能・相同性情報
生物種Sphingomonas wittichii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Laustsen, J. / Justo, I. / Marsden, S.R. / Hanefeld, U. / Bento, I.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2022
タイトル: Substrate Induced Movement of the Metal Cofactor between Active and Resting State.
著者: Marsden, S.R. / Wijma, H.J. / Mohr, M.K.F. / Justo, I. / Hagedoorn, P.L. / Laustsen, J. / Jeffries, C.M. / Svergun, D. / Mestrom, L. / McMillan, D.G.G. / Bento, I. / Hanefeld, U.
履歴
登録2021年4月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年12月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: HpcH/HpaI aldolase
BBB: HpcH/HpaI aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,18614
ポリマ－53,4352
非ポリマー75112
水3,891216
1
AAA: HpcH/HpaI aldolase
BBB: HpcH/HpaI aldolase
ヘテロ分子

AAA: HpcH/HpaI aldolase
BBB: HpcH/HpaI aldolase
ヘテロ分子

AAA: HpcH/HpaI aldolase
BBB: HpcH/HpaI aldolase
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
  • 163 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,55942
ポリマ－160,3056
非ポリマー2,25436
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.881, 70.881, 223.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11BBB-304-

K

21AAA-504-

HOH

31AAA-517-

HOH

41AAA-520-

HOH

51AAA-521-

HOH

61AAA-522-

HOH

71BBB-491-

HOH

81BBB-493-

HOH

91BBB-494-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質 HpcH/HpaI aldolase


分子量: 26717.455 Da / 分子数: 2 / 変異: H44A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphingomonas wittichii (strain RW1 / DSM 6014 / JCM 10273) (バクテリア)
株: RW1 / DSM 6014 / JCM 10273 / 遺伝子: Swit_5035 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5VH82

-
非ポリマー , 5種, 228分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.42 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: HEPES, Sodium Citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月26日
放射モノクロメーター: Oxforf-FNB / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→59.19 Å / Num. obs: 33572 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.153 / Rpim(I) all: 0.094 / Rrim(I) all: 0.18 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
9.06-59.194.60.0592720.9980.0350.069
1.85-1.893.71.53721590.6020.9161.801

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6R62

6r62


解像度: 1.85→59.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 3.784 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.134 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1959 1714 5.133 %
Rwork0.158 31679 -
all0.16 --
obs-33393 93.417 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 27.832 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.054 Å20.027 Å2-0 Å2
2--0.054 Å20 Å2
3----0.177 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→59.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3736 0 15 216 3967
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0133876
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173734
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4431.6325270
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3421.5738562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6145517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.69520.65200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.89515603
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.751536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2515
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025008
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02892
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.2809
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1720.23589
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1550.21907
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0780.21821
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.2178
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0270.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.230.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.3220.221
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1960.2115
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.150.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.4050.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8852.7652029
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8842.7642028
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6874.1392538
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6864.142539
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.563.1431847
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.563.1421846
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8764.5732725
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.8754.5732726
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.3134.3684266
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.25334.244231
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.8980.2791240.2222427X-RAY DIFFRACTION95.7942
1.898-1.950.2151270.2012322X-RAY DIFFRACTION95.9264
1.95-2.0060.2471110.1862282X-RAY DIFFRACTION95.9888
2.006-2.0680.2061170.1792241X-RAY DIFFRACTION96.2842
2.068-2.1360.221140.172126X-RAY DIFFRACTION95.8904
2.136-2.2110.186920.1642070X-RAY DIFFRACTION93.8368
2.211-2.2940.239750.1681873X-RAY DIFFRACTION87.5506
2.294-2.3880.187900.1681839X-RAY DIFFRACTION92.0764
2.388-2.4940.251000.1541831X-RAY DIFFRACTION95.311
2.494-2.6150.2091120.1621732X-RAY DIFFRACTION95.0515
2.615-2.7570.2331020.1681672X-RAY DIFFRACTION95.0187
2.757-2.9240.238840.1751563X-RAY DIFFRACTION94.7641
2.924-3.1250.242690.1711420X-RAY DIFFRACTION91.2377
3.125-3.3750.234760.1681227X-RAY DIFFRACTION85.2191
3.375-3.6970.171750.1441217X-RAY DIFFRACTION92.4177
3.697-4.1320.165630.1331113X-RAY DIFFRACTION93.2593
4.132-4.7680.119500.118997X-RAY DIFFRACTION92.6549
4.768-5.8340.208620.143794X-RAY DIFFRACTION90.4863
5.834-8.2250.141460.144596X-RAY DIFFRACTION87.3469

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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