[English] 日本語
Yorodumi- PDB-7nuj: Crystal structure of holo-SwHPA-Mg (hydroxy ketone aldolase) from... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7nuj | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of holo-SwHPA-Mg (hydroxy ketone aldolase) from Sphingomonas wittichii RW1 | ||||||
Components | HpcH/HpaI aldolase | ||||||
Keywords | LYASE / Class II pyruvate aldolase / Metal dependent aldolase / aldol reaction / Magnesium / carbon bond formation | ||||||
Function / homology | HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase domain / HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / catalytic activity / HpcH/HpaI aldolase Function and homology information | ||||||
Biological species | Sphingomonas wittichii RW1 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Laustsen, J. / Justo, I. / Marsden, S.R. / Hanefeld, U. / Bento, I. | ||||||
Citation | Journal: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / Year: 2022 Title: Substrate Induced Movement of the Metal Cofactor between Active and Resting State. Authors: Marsden, S.R. / Wijma, H.J. / Mohr, M.K.F. / Justo, I. / Hagedoorn, P.L. / Laustsen, J. / Jeffries, C.M. / Svergun, D. / Mestrom, L. / McMillan, D.G.G. / Bento, I. / Hanefeld, U. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7nuj.cif.gz | 205.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7nuj.ent.gz | 159.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7nuj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/7nuj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/7nuj | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 7nnkC 7nr1C 7o5iC 7o5rC 7o5vC 7o5wC 7o87C 7o9rC 7obuC 8adqC 6r62S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 1 - 249 / Label seq-ID: 2 - 250
NCS ensembles : (Details: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
-Components
#1: Protein | Mass: 26784.525 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Sphingomonas wittichii RW1 (bacteria) / Gene: Swit_5035 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A5VH82 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.87 Å3/Da / Density % sol: 34.23 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 / Details: HEPES, Sodium Citrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P14 (MX2) / Wavelength: 0.9766 Å | ||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 3, 2019 | ||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Oxford-FMB / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9766 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→59.36 Å / Num. obs: 33131 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.08 / Rrim(I) all: 0.135 / Net I/σ(I): 9.5 | ||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Redundancy: 5.3 %
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6R62 Resolution: 1.9→59.359 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / WRfactor Rfree: 0.186 / WRfactor Rwork: 0.146 / SU B: 4.348 / SU ML: 0.119 / Average fsc free: 0.8978 / Average fsc work: 0.9051 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.145 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 25.889 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→59.359 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
|