PDB-7nuj: Crystal structure of holo-SwHPA-Mg (hydroxy ketone aldolase) from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nuj

タイトル

Crystal structure of holo-SwHPA-Mg (hydroxy ketone aldolase) from Sphingomonas wittichii RW1

要素

HpcH/HpaI aldolase

キーワード

LYASE / Class II pyruvate aldolase / Metal dependent aldolase / aldol reaction / Magnesium / carbon bond formation

機能・相同性

HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase domain / HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / catalytic activity / HpcH/HpaI aldolase

機能・相同性情報

生物種

Sphingomonas wittichii RW1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Laustsen, J. / Justo, I. / Marsden, S.R. / Hanefeld, U. / Bento, I.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2022
タイトル: Substrate Induced Movement of the Metal Cofactor between Active and Resting State.
著者: Marsden, S.R. / Wijma, H.J. / Mohr, M.K.F. / Justo, I. / Hagedoorn, P.L. / Laustsen, J. / Jeffries, C.M. / Svergun, D. / Mestrom, L. / McMillan, D.G.G. / Bento, I. / Hanefeld, U.

履歴

登録	2021年3月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年10月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年11月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2022年12月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.4	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nuj.cif.gz	205.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nuj.ent.gz	159.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nuj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/7nuj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/7nuj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nnkC 7nr1C 7o5iC 7o5rC 7o5vC 7o5wC 7o87C 7o9rC 7obuC 8adqC 6r62S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: HpcH/HpaI aldolase

B: HpcH/HpaI aldolase

ヘテロ分子

53.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HpcH/HpaI aldolase

B: HpcH/HpaI aldolase

ヘテロ分子

A: HpcH/HpaI aldolase

B: HpcH/HpaI aldolase

ヘテロ分子

A: HpcH/HpaI aldolase

B: HpcH/HpaI aldolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
161 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.102, 71.102, 223.196
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-436- HOH
2	1	A-441- HOH
3	1	A-535- HOH
4	1	A-602- HOH
5	1	A-604- HOH
6	1	A-613- HOH
7	1	A-614- HOH
8	1	B-587- HOH
9	1	B-588- HOH
10	1	B-590- HOH
11	1	B-592- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 1 - 249 / Label seq-ID: 2 - 250

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	HpcH/HpaI aldolase 分子量: 26784.525 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sphingomonas wittichii RW1 (バクテリア) 遺伝子: Swit_5035 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5VH82
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 407 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.23 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: HEPES, Sodium Citrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9766 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月3日

放射

モノクロメーター: Oxford-FMB / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9766 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→59.36 Å / Num. obs: 33131 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.3 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.108 / R_pim(I) all: 0.08 / R_rim(I) all: 0.135 / Net I/σ(I): 9.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 5.3 %

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9.11-59.36	0.028	302	0.999	0.021	0.035
1.9-1.94	1.137	2122	0.562	0.823	1.413

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6R62

6r62

解像度: 1.9→59.359 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / WR_factor R_free: 0.186 / WR_factor R_work: 0.146 / SU B: 4.348 / SU ML: 0.119 / Average fsc free: 0.8978 / Average fsc work: 0.9051 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.145 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2044	1574	4.751 %
R_work	0.1648	31556	-
all	0.167	-	-
obs	-	33130	99.876 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.889 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.021 Å²	-0.51 Å²	0 Å²
2-	-	-1.021 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.312 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→59.359 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3747	0	2	407	4156

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	3909
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	3742
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.566	1.633	5311
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.309	1.575	8575
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.631	5	517
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.068	20.529	208
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.754	15	606
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.363	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	515
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4533
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	899
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	701
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.145	0.2	3413
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.138	0.2	1891
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.072	0.2	1786
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	310
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.192	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.123	0.2	110
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.113	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.018	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.665	2.552	2041
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.664	2.551	2040
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.32	3.825	2555
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.319	3.825	2556
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.5	2.854	1868
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.496	2.854	1865
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.795	4.171	2752
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.795	4.171	2752
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.075	31.561	4272
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.928	31.016	4166
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.065	0.05	7820

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06527	0.05007
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06527	0.05007

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.9-1.95	0.283	104	0.308	2335	0.307	2441	0.748	0.72	99.9181	0.289
1.95-2.003	0.263	132	0.271	2261	0.27	2397	0.796	0.788	99.8331	0.249
2.003-2.061	0.249	130	0.247	2202	0.247	2333	0.824	0.818	99.9571	0.227
2.061-2.124	0.246	107	0.217	2149	0.218	2257	0.851	0.87	99.9557	0.194
2.124-2.194	0.259	106	0.208	2067	0.211	2180	0.889	0.892	99.6789	0.181
2.194-2.271	0.224	107	0.18	2008	0.182	2116	0.904	0.918	99.9527	0.154
2.271-2.356	0.211	86	0.158	1965	0.16	2051	0.926	0.938	100	0.136
2.356-2.452	0.21	84	0.145	1883	0.148	1967	0.929	0.95	100	0.121
2.452-2.561	0.222	84	0.141	1793	0.145	1877	0.937	0.956	100	0.122
2.561-2.686	0.201	70	0.151	1728	0.153	1798	0.946	0.955	100	0.129
2.686-2.831	0.183	77	0.141	1636	0.142	1715	0.957	0.962	99.8834	0.122
2.831-3.002	0.198	73	0.146	1545	0.149	1620	0.954	0.958	99.8765	0.127
3.002-3.209	0.194	80	0.151	1435	0.153	1519	0.951	0.953	99.7367	0.134
3.209-3.465	0.169	91	0.125	1327	0.128	1419	0.962	0.971	99.9295	0.115
3.465-3.795	0.155	52	0.127	1229	0.128	1281	0.965	0.972	100	0.12
3.795-4.24	0.142	50	0.129	1172	0.129	1222	0.967	0.972	100	0.124
4.24-4.892	0.164	44	0.129	975	0.131	1023	0.97	0.975	99.609	0.127
4.892-5.982	0.187	48	0.157	836	0.159	887	0.953	0.958	99.6618	0.155
5.982-8.417	0.262	33	0.194	643	0.197	678	0.891	0.936	99.705	0.19
8.417-59.359	0.283	16	0.226	366	0.229	388	0.947	0.94	98.4536	0.227

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)