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- PDB-7obu: Crystal structure of holo-F210W mutant of Hydroxy ketone aldolase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7obu
タイトルCrystal structure of holo-F210W mutant of Hydroxy ketone aldolase (SwHKA) from Sphingomonas wittichii RW1, with the active site in the resting and the active state
要素HpcH/HpaI aldolase
キーワードLYASE / Class II pyruvate aldolase / metal dependent / aldol reaction / Hydroxypyruvate / pyruvate / aldolase / carbon bond formation / holo
機能・相同性HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase domain / HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / catalytic activity / 3-HYDROXYPYRUVIC ACID / : / HpcH/HpaI aldolase
機能・相同性情報
生物種Sphingomonas wittichii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Laustsen, J. / Justo, I. / Marsden, S.R. / Hanefeld, U. / Bento, I.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2022
タイトル: Substrate Induced Movement of the Metal Cofactor between Active and Resting State.
著者: Marsden, S.R. / Wijma, H.J. / Mohr, M.K.F. / Justo, I. / Hagedoorn, P.L. / Laustsen, J. / Jeffries, C.M. / Svergun, D. / Mestrom, L. / McMillan, D.G.G. / Bento, I. / Hanefeld, U.
履歴
登録2021年4月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年12月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HpcH/HpaI aldolase
B: HpcH/HpaI aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8787
ポリマ－53,6472
非ポリマー2315
水11,151619
1
A: HpcH/HpaI aldolase
B: HpcH/HpaI aldolase
ヘテロ分子

A: HpcH/HpaI aldolase
B: HpcH/HpaI aldolase
ヘテロ分子

A: HpcH/HpaI aldolase
B: HpcH/HpaI aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,63421
ポリマ－160,9416
非ポリマー69315
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area24620 Å2
ΔGint-202 kcal/mol
Surface area45280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.094, 71.094, 222.394
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Space group name HallR3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#7: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-686-

HOH

21A-703-

HOH

31A-711-

HOH

41A-713-

HOH

51A-714-

HOH

61B-417-

HOH

71B-601-

HOH

81B-670-

HOH

91B-678-

HOH

101B-682-

HOH

111B-697-

HOH

121B-703-

HOH

131B-704-

HOH

141B-705-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 HpcH/HpaI aldolase


分子量: 26823.561 Da / 分子数: 2 / 変異: F210W / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphingomonas wittichii (strain RW1 / DSM 6014 / JCM 10273) (バクテリア)
株: RW1 / DSM 6014 / JCM 10273 / 遺伝子: Swit_5035 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5VH82
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-3PY / 3-HYDROXYPYRUVIC ACID / ヒドロキシピルビン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 619 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.82 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: HEPES, Sodium Citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月20日
放射モノクロメーター: Oxforf-FNB / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→59.34 Å / Num. obs: 131067 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.16 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
6.57-59.3410.20.0827960.9960.0270.08799.7
1.2-1.228.61.90364970.5420.6782.026100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
BIOMOLデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6R62

6r62


解像度: 1.2→35.55 Å / SU ML: 0.1067 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 16.148
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1571 6617 5.05 %
Rwork0.129 124397 -
obs0.1305 131014 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 13.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→35.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3762 0 11 619 4392
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00834008
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.11035482
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0827620
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0126736
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.9339598
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2-1.210.26592410.21334103X-RAY DIFFRACTION99.77
1.21-1.230.24162150.21364245X-RAY DIFFRACTION99.91
1.23-1.240.22232240.20824056X-RAY DIFFRACTION99.63
1.24-1.260.24441940.19894156X-RAY DIFFRACTION99.66
1.26-1.280.22852200.19124162X-RAY DIFFRACTION99.91
1.28-1.290.23582300.19944136X-RAY DIFFRACTION99.7
1.29-1.310.22632470.19054080X-RAY DIFFRACTION99.91
1.31-1.330.19131990.16674187X-RAY DIFFRACTION100
1.33-1.350.19592610.1584103X-RAY DIFFRACTION99.86
1.35-1.370.19972330.15684150X-RAY DIFFRACTION99.95
1.37-1.40.17081920.15244167X-RAY DIFFRACTION100
1.4-1.420.19352320.14484157X-RAY DIFFRACTION100
1.42-1.450.20332130.13944156X-RAY DIFFRACTION99.82
1.45-1.480.17932050.13254157X-RAY DIFFRACTION99.79
1.48-1.510.15692060.13254166X-RAY DIFFRACTION99.91
1.51-1.550.17181920.11384169X-RAY DIFFRACTION99.98
1.55-1.590.15942090.11444146X-RAY DIFFRACTION100
1.59-1.630.15381950.10654178X-RAY DIFFRACTION100
1.63-1.680.14041900.10574156X-RAY DIFFRACTION100
1.68-1.730.15362220.10394208X-RAY DIFFRACTION99.98
1.73-1.790.14422030.10594118X-RAY DIFFRACTION99.98
1.79-1.860.13972030.11064180X-RAY DIFFRACTION99.98
1.86-1.950.13752300.11084117X-RAY DIFFRACTION99.86
1.95-2.050.14172490.11234144X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.180.1332090.11094151X-RAY DIFFRACTION100
2.18-2.350.13932440.11044140X-RAY DIFFRACTION99.98
2.35-2.580.13922360.11674137X-RAY DIFFRACTION99.95
2.59-2.960.14172440.12624108X-RAY DIFFRACTION99.82
2.96-3.730.15462420.1224129X-RAY DIFFRACTION100
3.73-35.550.1352370.13174135X-RAY DIFFRACTION99.82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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