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- PDB-7o8c: Structure of SGBP BO2743 from Bacteroides ovatus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o8c
タイトルStructure of SGBP BO2743 from Bacteroides ovatus
要素Surface glycan-binding protein BO2743
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Bacteroides ovatus / surface glycan binding protein (SGBP) / SusD-homologue / Polysaccharide Utilization Loci (PUL) / gut microbiota (腸内細菌) / beta-glucans / barley-9 (オオムギ)
機能・相同性SusD-like 2 / Starch-binding associating with outer membrane / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / AZIDE ION / 2-メルカプトエタノール / 2-HYDROXYETHYL DISULFIDE / SusD/RagB family nutrient-binding outer membrane lipoprotein
機能・相同性情報
生物種Bacteroides ovatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Correia, V.C. / Trovao, F. / Pinheiro, B.A. / Palma, A.S. / Carvalho, A.L.
資金援助 ポルトガル, 2件
組織認可番号国
Foundation for Science and Technology (FCT)PTDC/BIA-MIB/31730/2017 ポルトガル
Foundation for Science and Technology (FCT)RECI/BBB-BEP/0124/2012 ポルトガル
引用ジャーナル: Microbiol Spectr / 年: 2021
タイトル: Mapping Molecular Recognition of beta 1,3-1,4-Glucans by a Surface Glycan-Binding Protein from the Human Gut Symbiont Bacteroides ovatus.
著者: Correia, V.G. / Trovao, F. / Pinheiro, B.A. / Bras, J.L.A. / Silva, L.M. / Nunes, C. / Coimbra, M.A. / Liu, Y. / Feizi, T. / Fontes, C.M.G.A. / Mulloy, B. / Chai, W. / Carvalho, A.L. / Palma, A.S.
履歴
登録2021年4月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年1月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Surface glycan-binding protein BO2743
B: Surface glycan-binding protein BO2743
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,85634
ポリマ－135,8372
非ポリマー3,01932
水9,800544
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11010 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area42340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)207.120, 207.120, 170.584
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Space group name HallI42
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: x,-y,-z
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#11: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#12: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#13: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Surface glycan-binding protein BO2743


分子量: 67918.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides ovatus (strain ATCC 8483 / DSM 1896 / JCM 5824 / NCTC 11153) (バクテリア)
株: ATCC 8483 / DSM 1896 / JCM 5824 / NCTC 11153 / 遺伝子: BACOVA_02743 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A7LY27

-
非ポリマー , 6種, 576分子

#2: 化合物
ChemComp-HED / 2-HYDROXYETHYL DISULFIDE / 2,2′-ジチオビスエタノ-ル


分子量: 154.251 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#3: 化合物
ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル / 2-メルカプトエタノール


分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド / アジ化物


分子量: 42.020 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 544 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein at 13.7 mg/mL; 2.0 M Ammonium Sulphate, 0.1 M BIS-Tris pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.968 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.968 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→55.56 Å / Num. obs: 123741 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 29.4 Å2 / CC1/2: 0.845 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Num. unique obs: 9068 / CC1/2: 0.338

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB-REDO1.19.1_4122精密化
PHENIX1.19.1_4122精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5J5U

5j5u


解像度: 2→55.56 Å / SU ML: 0.2325 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 23.0006
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2293 6114 4.94 %
Rwork0.2006 117583 -
obs0.202 123697 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→55.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9268 0 170 544 9982
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00769650
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.879913063
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04851371
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00721704
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.07231332
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.020.33162200.31383851X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.050.33922230.31753895X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.070.34051820.3173869X-RAY DIFFRACTION99.9
2.07-2.10.32952230.29993880X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.130.30661940.29183879X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.150.29711980.27923911X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.190.29612080.2683866X-RAY DIFFRACTION100
2.19-2.220.26661950.25463893X-RAY DIFFRACTION99.98
2.22-2.250.30381980.25483897X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.290.26831910.23223888X-RAY DIFFRACTION100
2.29-2.330.22561990.21983907X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.370.23352150.21393872X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.420.24441980.21283935X-RAY DIFFRACTION99.93
2.42-2.470.28061790.21113893X-RAY DIFFRACTION99.98
2.47-2.520.24181760.20883932X-RAY DIFFRACTION99.9
2.52-2.580.22892260.20153857X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.640.23852170.19623895X-RAY DIFFRACTION99.98
2.64-2.710.25671820.19353926X-RAY DIFFRACTION99.95
2.71-2.790.24951970.21043928X-RAY DIFFRACTION99.95
2.79-2.880.27582080.21413905X-RAY DIFFRACTION99.95
2.88-2.990.23772350.2023894X-RAY DIFFRACTION99.98
2.99-3.110.2381840.19783929X-RAY DIFFRACTION99.98
3.11-3.250.23032040.19163932X-RAY DIFFRACTION100
3.25-3.420.21231630.19573924X-RAY DIFFRACTION98.93
3.42-3.630.21452450.18023916X-RAY DIFFRACTION99.71
3.63-3.910.19352230.16773918X-RAY DIFFRACTION100
3.91-4.310.18282230.15793952X-RAY DIFFRACTION100
4.31-4.930.17582090.16113998X-RAY DIFFRACTION100
4.93-6.210.20572030.18734029X-RAY DIFFRACTION100
6.21-55.560.2021960.17594212X-RAY DIFFRACTION99.62

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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