PDB-7o82: The L-arginine/agmatine antiporter from E. coli at 1.7 A resolution

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7o82

タイトル

The L-arginine/agmatine antiporter from E. coli at 1.7 A resolution

要素

Arginine/agmatine antiporter

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / AdiC / Transporter / Membrane Protein

機能・相同性

機能・相同性情報

antiporter activity / amino acid transport / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.69 Å

データ登録者

Jeckelmann, J.M. / Ilgue, H. / Kalbermatter, D. / Fotiadis, D.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Bmc Biol. / 年: 2021
タイトル: High-resolution structure of the amino acid transporter AdiC reveals insights into the role of water molecules and networks in oligomerization and substrate binding.
著者: Ilgu, H. / Jeckelmann, J.M. / Kalbermatter, D. / Ucurum, Z. / Lemmin, T. / Fotiadis, D.

履歴

登録	2021年4月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年9月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7o82.cif.gz	356 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7o82.ent.gz	292.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7o82.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7o82_validation.pdf.gz	457.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7o82_full_validation.pdf.gz	502.2 KB	表示
XML形式データ	7o82_validation.xml.gz	38.1 KB	表示
CIF形式データ	7o82_validation.cif.gz	54 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/7o82 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/7o82	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5j4iS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3l1l-1 2agx-d 4dwq-d 4it0-d 6f8c-d 5j4n-d 4kew-d 5jtd-d 3lrc-1 1f61-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Arginine/agmatine antiporter

B: Arginine/agmatine antiporter

ヘテロ分子

97.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.708, 175.592, 73.275
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 5分子 AB

#1: タンパク質

Arginine/agmatine antiporter

分子量: 47841.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: adiC, Z5717, ECs5097
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P60063

#2: 糖

ChemComp-BNG / nonyl beta-D-glucopyranoside / Beta-NONYLGLUCOSIDE / nonyl beta-D-glucoside / nonyl D-glucoside / nonyl glucoside / ノニルβ-D-グルコピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 306.395 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₅H₃₀O₆ / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 5種, 368分子

#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-HEX / HEXANE / ヘキサン分子量: 86.175 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄
#5: 化合物	ChemComp-D10 / DECANE / デカン分子量: 142.282 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂
#6: 化合物	ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン分子量: 114.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.42 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: Tris-HCl pH 8.5, PEG400, NG

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.69→56.81 Å / Num. obs: 118568 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 121.5 % / B_iso Wilson estimate: 39.79 Å² / CC_1/2: 0.992 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.18 / Net I/σ(I): 52.2
反射シェル	解像度: 1.69→1.79 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 5173 / CC_1/2: 0.572 / R_pim(I) all: 0.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS	2018	データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5j4i

5j4i

解像度: 1.69→34.58 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.11

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2031	1999	1.69 %
R_work	0.1949	-	-
obs	0.195	118535	78.28 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 181.35 Å² / B_iso mean: 53.6007 Å² / B_iso min: 26.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.69→34.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6475	0	403	357	7235
B_iso mean	-	-	96.87	61.36	-
残基数	-	-	-	-	873

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.6902-1.7325	0.399	30	0.3775	1773	17
1.7325-1.7793	0.3298	47	0.3151	2682	26
1.7793-1.8317	0.3397	69	0.2827	4081	39
1.8317-1.8908	0.2847	100	0.2605	5759	55
1.8908-1.9584	0.2631	126	0.2473	7371	70
1.9584-2.0368	0.2742	159	0.2339	9287	88
2.0368-2.1294	0.2316	180	0.2187	10518	100
2.1294-2.2417	0.2351	183	0.2001	10585	100
2.2417-2.3821	0.2041	180	0.1844	10593	100
2.3821-2.566	0.2034	183	0.1876	10608	100
2.566-2.8241	0.1788	183	0.1796	10678	100
2.8241-3.2325	0.2239	183	0.1933	10671	100
3.2325-4.0716	0.2106	185	0.1846	10806	100
4.0716-34.58	0.1809	191	0.1968	11124	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4481	-0.198	0.2554	1.1374	-0.4251	1.6826	-0.0403	-0.2526	0.0595	0.0008	0.074	0.1446	0.2242	-0.1611	-0.044	0.283	0.0406	-0.0078	0.3256	-0.0542	0.2403	-17.9941	24.2713	-1.0478
2	1.7313	-1.8319	-0.0084	6.076	-2.1194	1.4333	-0.1447	-0.2605	-0.078	-0.1006	0.3578	0.5021	0.1863	-0.2305	-0.1791	0.294	0.0315	-0.058	0.432	-0.0563	0.2466	-16.3809	19.8013	5.7392
3	2.4327	-0.3504	-0.2993	0.8257	-0.165	0.7902	-0.0119	0.0112	0.1774	-0.1273	0.0149	0.0704	-0.0342	-0.0684	0.0014	0.2924	0.0174	-0.0333	0.3124	-0.0272	0.2562	-8.0342	29.4345	-10.3994
4	5.501	5.2628	2.3613	5.2768	2.2244	3.5605	0.5603	-0.3004	-0.1366	0.4086	-0.5939	-0.3286	0.0628	0.2618	-0.0099	0.2535	-0.0066	0.0653	0.4425	-0.0001	0.3707	27.6073	17.4119	-26.765
5	1.3423	-0.224	0.2893	1.1535	0.5257	2.6089	0.0301	0.0464	0.206	-0.027	-0.0397	-0.1649	0.3084	-0.1319	-0.0152	0.3033	-0.1017	0.0707	0.2961	-0.0025	0.275	23.9902	19.6797	-17.941
6	2.8488	1.5646	0.9376	2.8202	1.0203	1.5303	0.0375	0.3716	0.0018	-0.3093	0.1249	-0.2769	0.0559	0.2198	-0.1754	0.3625	-0.033	0.07	0.4741	0.0305	0.2355	23.6048	14.0616	-32.1728
7	5.0115	4.6961	1.9496	5.4932	-0.9388	7.798	-0.1282	0.1484	-1.749	0.1396	0.7269	-2.0175	0.4791	0.3122	-0.4877	0.5053	0.0506	0.0288	0.5704	-0.2121	0.9402	26.0396	-4.3087	-30.7484
8	3.5275	-0.8095	0.1974	1.1485	0.3095	1.9253	0.0066	-0.0963	0.0174	0.0458	-0.0085	-0.1643	0.1766	-0.0045	0.0171	0.2557	-0.0861	0.0321	0.3098	-0.0355	0.3042	24.6205	21.3624	-13.5324
9	2.1031	-0.3165	-0.2312	3.4252	0.9983	3.6659	0.0257	-0.0065	0.4841	0.0049	0.0443	-0.1317	-0.0523	0.3067	-0.0503	0.0485	-0.0186	0.0084	0.3198	-0.0052	0.3192	7.6414	29.7059	-15.096

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 188 )	A	5 - 188
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 189 through 271 )	A	189 - 271
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 272 through 441 )	A	272 - 441
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 6 through 39 )	B	6 - 39
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 40 through 143 )	B	40 - 143
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 144 through 249 )	B	144 - 249
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 250 through 271 )	B	250 - 271
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 272 through 379 )	B	272 - 379
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 380 through 441 )	B	380 - 441

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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