PDB-7o78: Structure of the PL6 family chondroitinase B from Pseudopedobacte...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7o78

タイトル

Structure of the PL6 family chondroitinase B from Pseudopedobacter saltans, Pedsa3807

要素

Polysaccharide lyase from Pseudopedobacter saltans, Pedsa3807

キーワード

LYASE / beta helix

機能・相同性

PL-6 family / Chondroitinase B / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Pseudopedobacter saltans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.58 Å

データ登録者

Ballut, L. / Violot, S. / Carrique, L. / Aghajari, N.

引用

ジャーナル: Glycobiology / 年: 2021
タイトル: Exploring molecular determinants of polysaccharide lyase family 6-1 enzyme activity.
著者: Violot, S. / Galisson, F. / Carrique, L. / Jugnarain, V. / Conchou, L. / Robert, X. / Thureau, A. / Helbert, W. / Aghajari, N. / Ballut, L.

履歴

登録	2021年4月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2 Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7o78.cif.gz	221.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7o78.ent.gz	172.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7o78.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7o78_validation.pdf.gz	423.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7o78_full_validation.pdf.gz	425.5 KB	表示
XML形式データ	7o78_validation.xml.gz	42.4 KB	表示
CIF形式データ	7o78_validation.cif.gz	66 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/7o78 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/7o78	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7o77C 7o79C 7o7aC 7o7tC 7o84C 1ofmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4d5a-d 1tvh-d 3elq-d 3o3d-d 2x4t-d 6aio-d 2wxz-d 3h9h-d 1tvb-d 3o3a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Polysaccharide lyase from Pseudopedobacter saltans, Pedsa3807

B: Polysaccharide lyase from Pseudopedobacter saltans, Pedsa3807

111 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: SAXS, SAXS and gel filtration indicate a monomer

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.330, 87.450, 148.490
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Polysaccharide lyase from Pseudopedobacter saltans, Pedsa3807 分子量: 55481.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudopedobacter saltans (strain ATCC 51119 / DSM 12145 / JCM 21818 / LMG 10337 / NBRC 100064 / NCIMB 13643) (バクテリア) 株: ATCC 51119 / DSM 12145 / JCM 21818 / LMG 10337 / NBRC 100064 / NCIMB 13643 遺伝子: Pedsa_3807 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F0S763
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 908 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Polysaccharide lyase from Pseudopedobacter saltans, Pedsa3807

分子量: 55481.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudopedobacter saltans (strain ATCC 51119 / DSM 12145 / JCM 21818 / LMG 10337 / NBRC 100064 / NCIMB 13643) (バクテリア)
株: ATCC 51119 / DSM 12145 / JCM 21818 / LMG 10337 / NBRC 100064 / NCIMB 13643
遺伝子: Pedsa_3807 / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F0S763

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 908 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.35 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M tri-Li citrate, 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.58→75.36 Å / Num. obs: 135111 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 13 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 19.4
反射シェル	解像度: 1.58→1.62 Å / Num. unique obs: 10276 / CC_1/2: 0.844

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1OFM

1ofm

解像度: 1.58→58.35 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.88 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2102	6756	5 %
R_work	0.1785	128252	-
obs	0.1802	135008	95.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 63.81 Å² / B_iso mean: 24.5804 Å² / B_iso min: 12.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.58→58.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7617	0	0	908	8525
B_iso mean	-	-	-	35.53	-
残基数	-	-	-	-	983

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.58-1.6	0.2622	245	0.2463	4408	4653	99
1.6-1.61	0.2781	229	0.2476	4356	4585	99
1.61-1.63	0.3089	219	0.2467	4382	4601	99
1.63-1.65	0.2505	254	0.2349	4366	4620	100
1.65-1.68	0.2838	245	0.2187	4431	4676	100
1.68-1.7	0.2519	222	0.2195	4386	4608	100
1.7-1.72	0.2649	229	0.2162	4409	4638	100
1.72-1.75	0.2596	245	0.2093	4412	4657	100
1.75-1.78	0.2291	239	0.2069	4394	4633	100
1.78-1.81	0.245	208	0.2032	4429	4637	100
1.81-1.84	0.2517	225	0.2038	4409	4634	100
1.84-1.87	0.2262	234	0.1961	4379	4613	100
1.87-1.91	0.2481	252	0.1919	4385	4637	99
1.91-1.94	0.2512	112	0.2157	2027	2139	46
1.94-1.99	0.2186	227	0.1783	4422	4649	100
1.99-2.03	0.223	232	0.1737	4440	4672	100
2.03-2.08	0.2048	178	0.1738	3687	3865	83
2.08-2.14	0.2073	219	0.1769	4455	4674	100
2.14-2.2	0.1982	279	0.1726	4402	4681	100
2.2-2.27	0.2196	204	0.1742	3871	4075	88
2.27-2.36	0.2223	196	0.179	4508	4704	100
2.36-2.45	0.2242	204	0.183	4471	4675	99
2.45-2.56	0.2074	228	0.1763	4443	4671	100
2.56-2.7	0.2092	194	0.1743	3874	4068	86
2.7-2.87	0.1832	199	0.1698	4497	4696	100
2.87-3.09	0.19	250	0.1693	4472	4722	100
3.09-3.4	0.2094	217	0.1701	4522	4739	100
3.4-3.87	0.195	251	0.1564	3916	4167	91
3.91-4.9	0.1687	264	0.1495	4372	4636	99
4.9-58.35	0.2267	256	0.1947	4727	4983	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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