PDB-7o6h: Crystal structure of Paradendryphiella salina PL7A alginate lyase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7o6h

タイトル

Crystal structure of Paradendryphiella salina PL7A alginate lyase mutant Y223F in complex with tri-mannuronic acid

要素

Alginate lyase (PL7)

キーワード

LYASE / complex / beta jelly roll / mutant / alginate lyase

機能・相同性

Alginate lyase 2 / Alginate lyase / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / lyase activity / alpha-D-mannopyranuronic acid / Alginate lyase (PL7)

機能・相同性情報

生物種

Paradendryphiella salina (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.66 Å

データ登録者

Fredslund, F. / Welner, D.H. / Wilkens, C.

資金援助

デンマーク, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Paradendryphiella salina PL7A alginate lyase mutant Y223F in complex with tri-mannuronic acid
著者: Fredslund, F. / Welner, D.H. / Wilkens, C.

履歴

登録	2021年4月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7o6h.cif.gz	172.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7o6h.ent.gz	113 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7o6h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7o6h_validation.pdf.gz	848.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7o6h_full_validation.pdf.gz	848.8 KB	表示
XML形式データ	7o6h_validation.xml.gz	11.7 KB	表示
CIF形式データ	7o6h_validation.cif.gz	16.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/7o6h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/7o6h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nczS 6ywf 7nl3 7nm6 7npp 7ny3 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alginate lyase (PL7)

ヘテロ分子

26.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.980, 81.220, 80.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質

Alginate lyase (PL7)

分子量: 25452.715 Da / 分子数: 1 / 変異: Y223F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Paradendryphiella salina (菌類) / 遺伝子: PsAlg7A / 発現宿主:

Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: A0A485PVH1, mannuronate-specific alginate lyase

#2: 多糖

beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 546.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpAb1-4DManpAb1-4DManpAb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a1122A-1b_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-ManpA]{[(4+1)][b-D-ManpA]{[(4+1)][b-D-ManpA]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-MAV / alpha-D-mannopyranuronic acid / alpha-D-mannuronic acid / D-mannuronic acid / mannuronic acid

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 194.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₆H₁₀O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DManpAa	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
a-D-mannopyranuronic acid	COMMON NAME	GMML 1.0
a-D-ManpA	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
ManA	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.45 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 20% PEG 1500 and 0.1 M TBG buffer pH 4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.972425 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.972425 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.66→40.61 Å / Num. obs: 27953 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.34 % / B_iso Wilson estimate: 28.64 Å² / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 14.16
反射シェル	解像度: 1.66→1.76 Å / Num. unique obs: 4424 / CC_1/2: 0.58

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
MxCuBE		データ収集
XDS		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHASER	1.18.2_3874	位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7NCZ

7ncz

解像度: 1.66→36.28 Å / SU ML: 0.1997 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.0786
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2036	1397	5 %
R_work	0.1745	26534	-
obs	0.1759	27931	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.66→36.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1741	0	50	114	1905

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0079	1863
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0408	2554
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0593	313
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0058	326
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.4709	634

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.66-1.72	0.3243	135	0.3312	2563	X-RAY DIFFRACTION	99.37
1.72-1.79	0.372	137	0.2932	2622	X-RAY DIFFRACTION	99.78
1.79-1.87	0.2982	137	0.2428	2604	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.87-1.97	0.2559	139	0.211	2633	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.97-2.09	0.2235	138	0.1892	2614	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.09-2.25	0.2222	139	0.1803	2640	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.25-2.48	0.2299	139	0.183	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.84	0.2269	141	0.1882	2666	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.84-3.57	0.1999	142	0.1798	2704	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.58-36.28	0.1506	150	0.1349	2840	X-RAY DIFFRACTION	99.97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.36886224713	1.53287750844	-0.192726832195	5.61588900436	-1.40897626173	3.55109367143	-0.136514029247	0.0436977755987	-0.0245968317045	0.326631901697	0.0433823094261	0.21000385109	-0.266407904638	-0.305480110489	0.0931573825084	0.270685065189	0.0359191186526	0.0255972864049	0.228314701982	-0.0278155544774	0.203011111477	-12.9365830843	15.1295354584	7.33096370393
2	1.26543507091	0.547181163913	0.348943938757	2.61057270944	0.381179233361	2.93510200856	-0.0179654424992	0.0308576447573	-0.141121962816	-0.0224597693398	0.00526389150376	-0.0290129085968	0.335817727782	-0.120025373145	0.015072918514	0.257896917695	-0.0188889393484	0.0123952593223	0.262102451393	-0.00760860738395	0.254794720379	-9.79542941755	-0.57426668589	-2.92830039483
3	4.11032481829	-0.596205949435	0.953586991909	3.37300066462	1.07833183915	2.05589546938	-0.0784021697716	-0.16822018648	-0.171179646632	0.109522454081	-0.0710484420758	-0.186846441418	0.118684396422	-0.0503716560715	0.106318495346	0.264182694724	-0.0459654957551	0.00776225789715	0.238238119047	-0.023454837103	0.145981410612	-10.7781469585	2.90301704429	4.36230927763

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 0 through 63 )	0 - 63	1 - 42
2	2	chain 'A' and (resid 64 through 223 )	64 - 223	43 - 212
3	3	chain 'A' and (resid 224 through 247 )	224 - 247	213 - 239

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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