PDB-7o5r: Crystal structure of holo-SwHPA-Mn (hydroxyketoacid aldolase) fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7o5r

タイトル

Crystal structure of holo-SwHPA-Mn (hydroxyketoacid aldolase) from Sphingomonas wittichii RW1

要素

hydroxyketoacid aldolase

キーワード

LYASE / Class II Pyruvate Aldolase / Metal Dependent / Aldol Reaction / Aldolase / holo / Manganese / Carbon Bond Formation

機能・相同性

BROMIDE ION / : / :

機能・相同性情報

生物種

Rhizorhabdus wittichii RW1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Laustsen, J. / Justo, I. / Marsden, S.R. / Hanefeld, U. / Bento, I.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2022
タイトル: Substrate Induced Movement of the Metal Cofactor between Active and Resting State.
著者: Marsden, S.R. / Wijma, H.J. / Mohr, M.K.F. / Justo, I. / Hagedoorn, P.L. / Laustsen, J. / Jeffries, C.M. / Svergun, D. / Mestrom, L. / McMillan, D.G.G. / Bento, I. / Hanefeld, U.

履歴

登録	2021年4月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年10月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2022年12月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.3	2024年5月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7o5r.cif.gz	208.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7o5r.ent.gz	161.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7o5r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7o5r_validation.pdf.gz	438.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7o5r_full_validation.pdf.gz	442.2 KB	表示
XML形式データ	7o5r_validation.xml.gz	25 KB	表示
CIF形式データ	7o5r_validation.cif.gz	37.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/7o5r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/7o5r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nnkC 7nr1C 7nujC 7o5iC 7o5vC 7o5wC 7o87C 7o9rC 7obuC 8adqC 6r62 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: hydroxyketoacid aldolase

B: hydroxyketoacid aldolase

ヘテロ分子

53.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.540, 71.540, 225.394
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-303- K
2	1	A-416- HOH
3	1	A-423- HOH
4	1	A-448- HOH
5	1	A-599- HOH
6	1	A-612- HOH
7	1	A-615- HOH
8	1	A-617- HOH
9	1	A-621- HOH
10	1	A-623- HOH
11	1	A-626- HOH
12	1	A-627- HOH
13	1	A-628- HOH
14	1	A-629- HOH
15	1	A-630- HOH
16	1	B-607- HOH
17	1	B-628- HOH
18	1	B-630- HOH
19	1	B-634- HOH

#1: タンパク質	hydroxyketoacid aldolase 分子量: 26784.525 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhizorhabdus wittichii RW1 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 464 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.64 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: HEPES, Sodium Citrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月10日

放射

モノクロメーター: Oxforf-FNB / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9763 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.7562
pseudo-merohedral	2	2	K, H, -L	2	0.2438

反射

解像度: 1.65→75.131 Å / Num. obs: 51766 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.9 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.15 / R_pim(I) all: 0.106 / R_rim(I) all: 0.184 / Net I/σ(I): 9.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
9.04-75.13	6.2	0.059	322	0.996	0.039	0.071	99.2
1.65-1.68	6	0.997	2600	0.325	0.69	1.222	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: apo-SwHKA

解像度: 1.65→75.131 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / WR_factor R_free: 0.177 / WR_factor R_work: 0.147 / SU B: 1.366 / SU ML: 0.05 / Average fsc free: 0.9776 / Average fsc work: 0.9865 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.021 / ESU R Free: 0.02 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1931	2506	4.841 %
R_work	0.1596	49255	-
all	0.161	-	-
obs	-	51761	99.929 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.952 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.316 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.316 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.633 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→75.131 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3754	0	7	464	4225

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	3918
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3629
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.869	1.637	5328
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.631	1.558	8422
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.135	5	524
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.267	5	35
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.629	10	607
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.423	10	166
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	613
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	4626
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	770
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.238	0.2	878
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	3425
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	1947
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	2146
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.229	0.2	328
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.154	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.195	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.34	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.163	0.2	89
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.227	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.254	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.328	1.197	2048
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.32	1.196	2048
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.916	1.792	2567
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.918	1.793	2568
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.906	1.406	1870
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.876	1.407	1862
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.789	2.033	2754
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.788	2.033	2755
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.763	20.712	4590
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.511	19.32	4442

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.693	0.264	176	0.201	3682	X-RAY DIFFRACTION	99.8706
1.693-1.739	0.242	182	0.179	3542	X-RAY DIFFRACTION	100
1.739-1.79	0.284	180	0.196	3470	X-RAY DIFFRACTION	99.9179
1.79-1.845	0.276	175	0.21	3299	X-RAY DIFFRACTION	99.8563
1.845-1.905	0.223	156	0.199	3276	X-RAY DIFFRACTION	100
1.905-1.972	0.238	167	0.179	3141	X-RAY DIFFRACTION	100
1.972-2.046	0.22	156	0.176	3043	X-RAY DIFFRACTION	100
2.046-2.13	0.2	144	0.16	2907	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.224	0.184	124	0.15	2824	X-RAY DIFFRACTION	100
2.224-2.333	0.206	139	0.164	2663	X-RAY DIFFRACTION	99.9287
2.333-2.459	0.181	119	0.157	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.459-2.608	0.199	145	0.157	2366	X-RAY DIFFRACTION	100
2.608-2.788	0.165	111	0.146	2273	X-RAY DIFFRACTION	99.9581
2.788-3.011	0.19	109	0.155	2101	X-RAY DIFFRACTION	99.7292
3.011-3.298	0.164	101	0.146	1924	X-RAY DIFFRACTION	100
3.298-3.686	0.179	86	0.141	1756	X-RAY DIFFRACTION	99.8374
3.686-4.255	0.151	75	0.122	1548	X-RAY DIFFRACTION	100
4.255-5.207	0.123	80	0.131	1290	X-RAY DIFFRACTION	99.8542
5.207-7.346	0.136	49	0.181	1012	X-RAY DIFFRACTION	99.3446
7.346-75.131	0.213	32	0.16	561	X-RAY DIFFRACTION	99.4966

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