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- PDB-7o5i: Crystal structure of apo-SwHKA (Hydroxy ketone aldolase) from Sph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o5i
タイトルCrystal structure of apo-SwHKA (Hydroxy ketone aldolase) from Sphingomonas wittichii RW1
要素HpcH/HpaI aldolase
キーワードLYASE / Class II pyruvate aldolase / Metal dependent aldolase / aldol reaction / carbon bond formation / apo
機能・相同性HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase domain / HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / catalytic activity / BROMIDE ION / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / HpcH/HpaI aldolase
機能・相同性情報
生物種Sphingomonas wittichii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Laustsen, J. / Justo, I. / Marsden, S.R. / Hanefeld, U. / Bento, I.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2022
タイトル: Substrate Induced Movement of the Metal Cofactor between Active and Resting State.
著者: Marsden, S.R. / Wijma, H.J. / Mohr, M.K.F. / Justo, I. / Hagedoorn, P.L. / Laustsen, J. / Jeffries, C.M. / Svergun, D. / Mestrom, L. / McMillan, D.G.G. / Bento, I. / Hanefeld, U.
履歴
登録2021年4月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年12月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HpcH/HpaI aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4407
ポリマ－26,9231
非ポリマー5176
水5,963331
1
A: HpcH/HpaI aldolase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,64042
ポリマ－161,5366
非ポリマー3,10436
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_665-z+1,-x+1,y1
crystal symmetry operation10_656-y+1,z,-x+11
crystal symmetry operation13_545y+1/2,x-1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation19_655-x+3/2,-z+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation22_554z+1/2,-y+1/2,x-1/21
Buried area29000 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area45070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.376, 116.376, 116.376
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number208
Space group name H-MP4232
Space group name HallP4n23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-404-

HOH

21A-616-

HOH

31A-650-

HOH

41A-675-

HOH

51A-676-

HOH

61A-679-

HOH

71A-687-

HOH

81A-688-

HOH

91A-691-

HOH

101A-703-

HOH

111A-706-

HOH

121A-719-

HOH

131A-725-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 HpcH/HpaI aldolase


分子量: 26922.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphingomonas wittichii (strain RW1 / DSM 6014 / JCM 10273) (バクテリア)
株: RW1 / DSM 6014 / JCM 10273 / 遺伝子: Swit_5035 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5VH82
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Br
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.15 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: HEPES, Sodium Citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月26日
放射モノクロメーター: Oxford-FNB / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→116.38 Å / Num. obs: 59487 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.3 % / Biso Wilson estimate: 16.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.114 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allDiffraction-ID
7.39-116.380.06333.24630.0160.0651
1.35-1.372.3191.728920.6272.4051

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.35→52.04 Å / SU ML: 0.1101 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.8811
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1606 2870 4.85 %
Rwork0.1322 56350 -
obs0.1335 59220 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→52.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1893 0 18 331 2242
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01052027
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09542762
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0894312
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0139370
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.1309305
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.35-1.370.27671240.25192773X-RAY DIFFRACTION99.45
1.37-1.40.24061390.1962782X-RAY DIFFRACTION100
1.4-1.430.14831240.1582756X-RAY DIFFRACTION99.79
1.43-1.450.20391220.15422812X-RAY DIFFRACTION99.66
1.45-1.490.22381380.16512751X-RAY DIFFRACTION99.14
1.49-1.520.16521450.14062780X-RAY DIFFRACTION99.63
1.52-1.560.17091410.12422763X-RAY DIFFRACTION99.62
1.56-1.60.14071720.11532774X-RAY DIFFRACTION99.97
1.6-1.650.14111390.10992778X-RAY DIFFRACTION99.9
1.65-1.70.15361330.11552809X-RAY DIFFRACTION99.93
1.7-1.760.18291320.13462813X-RAY DIFFRACTION99.97
1.76-1.830.17231440.12832814X-RAY DIFFRACTION99.93
1.83-1.920.16791640.12812745X-RAY DIFFRACTION98.74
1.92-2.020.16781520.12372769X-RAY DIFFRACTION98.45
2.02-2.140.15451540.12062816X-RAY DIFFRACTION99.87
2.14-2.310.14121480.11672830X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.540.15251490.11332859X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.910.14831490.12362892X-RAY DIFFRACTION99.93
2.91-3.660.16591510.13362922X-RAY DIFFRACTION99.97
3.67-52.040.15481500.14493112X-RAY DIFFRACTION99.82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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