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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7o58 | |||||||||
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タイトル | Human phosphomannomutase 2 (PMM2) with mutation T237M in complex with the activator glucose 1,6-bisphosphate | |||||||||
![]() | Phosphomannomutase 2 | |||||||||
![]() | ISOMERASE / glycobiology / congenital disorders of glycosylation / phosphotransferase / phosphomutase | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Defective PMM2 causes PMM2-CDG / Synthesis of GDP-mannose / phosphomannomutase / phosphomannomutase activity / GDP-mannose biosynthetic process / mannose metabolic process / protein N-linked glycosylation / protein glycosylation / neuronal cell body / nucleoplasm ...Defective PMM2 causes PMM2-CDG / Synthesis of GDP-mannose / phosphomannomutase / phosphomannomutase activity / GDP-mannose biosynthetic process / mannose metabolic process / protein N-linked glycosylation / protein glycosylation / neuronal cell body / nucleoplasm / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Ramon-Maiques, S. / Briso-Montiano, A. / Del Cano-Ochoa, F. / Vilas, A. / Perez, B. / Rubio, V. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Insight on molecular pathogenesis and pharmacochaperoning potential in phosphomannomutase 2 deficiency, provided by novel human phosphomannomutase 2 structures. 著者: Briso-Montiano, A. / Del Cano-Ochoa, F. / Vilas, A. / Velazquez-Campoy, A. / Rubio, V. / Perez, B. / Ramon-Maiques, S. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 253.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 166.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB![](data/chem/img/G16.gif)
![](data/chem/img/G16.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 28304.428 Da / 分子数: 2 / 変異: T237M / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Residues GPMAAP at the N-terminus are not seen in the electron density map. The most N-terminal GP sequence is part of the fusion tag after cleavage Protein has mutation T237M 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #3: 糖 | ChemComp-G16 / | |
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-非ポリマー , 5種, 314分子 ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | ChemComp-CL / | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.5 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Drops made by mixing 1 microliter of protein solution and 1 microliter of crystallization deposit solution. Protein solution contained 5 mg/ml protein and 3 mM glucose 1,6-bisphophate in 20 ...詳細: Drops made by mixing 1 microliter of protein solution and 1 microliter of crystallization deposit solution. Protein solution contained 5 mg/ml protein and 3 mM glucose 1,6-bisphophate in 20 mM Hepes pH 7.5 and 0.2 M NaCl. Crystallization solution contained 0.3-0.4 M MgCl2, 24% PEG3350 and 0.1 M HEPES pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97926 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.965→59.95 Å / Num. obs: 37985 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 18.3 % / Biso Wilson estimate: 30.67 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.174 / Rpim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 14.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.965→2.01 Å / 冗長度: 19.2 % / Rmerge(I) obs: 2.22 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2683 / CC1/2: 0.751 / Rpim(I) all: 0.524 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7O0C 解像度: 1.97→59.95 Å / SU ML: 0.1822 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.6521 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.5 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.97→59.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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