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- PDB-7o2w: Structure of the C9orf72-SMCR8 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o2w
タイトルStructure of the C9orf72-SMCR8 complex
要素
  • Guanine nucleotide exchange protein SMCR8,Guanine nucleotide exchange protein SMCR8,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
  • Ubiquitin-like protein SMT3,Guanine nucleotide exchange C9orf72
キーワードPROTEIN BINDING / Denn domain / Coiled-coil / GTPase-activating protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Atg1/ULK1 kinase complex / SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / late endosome to lysosome transport / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / SUMOylation of transcription cofactors / negative regulation of immune response / regulation of TORC1 signaling ...Atg1/ULK1 kinase complex / SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / late endosome to lysosome transport / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / SUMOylation of transcription cofactors / negative regulation of immune response / regulation of TORC1 signaling / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / autophagosome-lysosome fusion / septin ring / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / regulation of actin filament organization / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / guanyl-nucleotide exchange factor complex / negative regulation of autophagosome assembly / SUMOylation of DNA replication proteins / regulation of autophagosome assembly / SUMOylation of SUMOylation proteins / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / Flemming body / SUMOylation of RNA binding proteins / regulation of synaptic vesicle cycle / axon extension / positive regulation of autophagosome maturation / SUMOylation of chromatin organization proteins / negative regulation of exocytosis / negative regulation of macroautophagy / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / negative regulation of protein phosphorylation / protein kinase inhibitor activity / carbohydrate transport / ubiquitin-like protein ligase binding / positive regulation of macroautophagy / protein sumoylation / main axon / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / positive regulation of TOR signaling / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / axonal growth cone / presynaptic cytosol / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / stress granule assembly / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / GTPase activator activity / autophagosome / guanyl-nucleotide exchange factor activity / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / condensed nuclear chromosome / cell chemotaxis / cell projection / P-body / small GTPase binding / autophagy / protein tag activity / endocytosis / cytoplasmic stress granule / presynapse / regulation of protein localization / outer membrane-bounded periplasmic space / nuclear membrane / perikaryon / periplasmic space / lysosome / postsynapse / endosome / regulation of autophagy / negative regulation of gene expression / intracellular membrane-bounded organelle / DNA damage response / dendrite / protein kinase binding / chromatin / glutamatergic synapse / extracellular space / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Guanine nucleotide exchange factor C9orf72 / C9orf72-like protein family / Tripartite DENN C9ORF72-type domain profile. / Folliculin/SMCR8, longin domain / Folliculin/SMCR8, tripartite DENN domain / Vesicle coat protein involved in Golgi to plasma membrane transport / Tripartite DENN FLCN/SMCR8-type domain profile. / Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein ...Guanine nucleotide exchange factor C9orf72 / C9orf72-like protein family / Tripartite DENN C9ORF72-type domain profile. / Folliculin/SMCR8, longin domain / Folliculin/SMCR8, tripartite DENN domain / Vesicle coat protein involved in Golgi to plasma membrane transport / Tripartite DENN FLCN/SMCR8-type domain profile. / Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Ubiquitin-like protein SMT3 / Guanine nucleotide exchange protein SMCR8 / Guanine nucleotide exchange factor C9orf72
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Noerpel, J. / Cavadini, S. / Schenk, A.D. / Graff-Meyer, A. / Chao, J. / Bhaskar, V.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2021
タイトル: Structure of the human C9orf72-SMCR8 complex reveals a multivalent protein interaction architecture.
著者: Julia Nörpel / Simone Cavadini / Andreas D Schenk / Alexandra Graff-Meyer / Daniel Hess / Jan Seebacher / Jeffrey A Chao / Varun Bhaskar /
要旨: A major cause of familial amyotrophic lateral sclerosis (ALS) and frontotemporal dementia (FTD) spectrum disorder is the hexanucleotide G4C2 repeat expansion in the first intron of the C9orf72 gene. ...A major cause of familial amyotrophic lateral sclerosis (ALS) and frontotemporal dementia (FTD) spectrum disorder is the hexanucleotide G4C2 repeat expansion in the first intron of the C9orf72 gene. Many underlying mechanisms lead to manifestation of disease that include toxic gain-of-function by repeat G4C2 RNAs, dipeptide repeat proteins, and a reduction of the C9orf72 gene product. The C9orf72 protein interacts with SMCR8 and WDR41 to form a trimeric complex and regulates multiple cellular pathways including autophagy. Here, we report the structure of the C9orf72-SMCR8 complex at 3.8 Å resolution using single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). The structure reveals 2 distinct dimerization interfaces between C9orf72 and SMCR8 that involves an extensive network of interactions. Homology between C9orf72-SMCR8 and Folliculin-Folliculin Interacting Protein 2 (FLCN-FNIP2), a GTPase activating protein (GAP) complex, enabled identification of a key residue within the active site of SMCR8. Further structural analysis suggested that a coiled-coil region within the uDenn domain of SMCR8 could act as an interaction platform for other coiled-coil proteins, and its deletion reduced the interaction of the C9orf72-SMCR8 complex with FIP200 upon starvation. In summary, this study contributes toward our understanding of the biological function of the C9orf72-SMCR8 complex.
履歴
登録2021年3月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月21日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02021年7月21日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月21日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 1.32025年4月2日Group: Data collection / Data processing / Structure summary
カテゴリ: em_3d_reconstruction / em_admin / pdbx_entry_details
Item: _em_3d_reconstruction.resolution / _em_3d_reconstruction.resolution_method / _em_admin.last_update
改定 1.12025年4月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_3d_reconstruction / em_admin / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _em_3d_reconstruction.resolution / _em_3d_reconstruction.resolution_method / _em_admin.last_update
改定 1.42025年7月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.22025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12700
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-like protein SMT3,Guanine nucleotide exchange C9orf72
B: Guanine nucleotide exchange protein SMCR8,Guanine nucleotide exchange protein SMCR8,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,5572
ポリマ－201,5572
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area4630 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area42110 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-like protein SMT3,Guanine nucleotide exchange C9orf72


分子量: 67167.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: SMT3, YDR510W, D9719.15, C9orf72
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q12306, UniProt: Q96LT7
#2: タンパク質 Guanine nucleotide exchange protein SMCR8,Guanine nucleotide exchange protein SMCR8,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Smith-Magenis syndrome chromosomal region candidate gene 8 protein / Smith-Magenis syndrome ...Smith-Magenis syndrome chromosomal region candidate gene 8 protein / Smith-Magenis syndrome chromosomal region candidate gene 8 protein / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP


分子量: 134389.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌)
遺伝子: SMCR8, malE, b4034, JW3994
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8TEV9, UniProt: P0AEX9
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: C9orf72-SMCR8 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.201 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 0.37 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 284568 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0066573
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.9338923
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d20.537893
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.051049
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051121

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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