PDB-7o06: Crystal structure of the N-terminal domain of CEP164(1-109) bound...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7o06

タイトル

Crystal structure of the N-terminal domain of CEP164(1-109) bound to camelid nanobody 10Z

要素

Camelid nanobody 10Z
Centrosomal protein of 164 kDa

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Centriole / Centrosome / Basal body / Ciliogenesis / Cell cycle

機能・相同性

機能・相同性情報

ciliary transition fiber / cilium assembly / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / centriole / AURKA Activation by TPX2 / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Camelidae mixed library (哺乳類)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

e Silva, I.R. / van Breugel, M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Molecular mechanisms underlying the role of the centriolar CEP164-TTBK2 complex in ciliopathies.
著者: Rosa E Silva, I. / Bino, L. / Johnson, C.M. / Rutherford, T.J. / Neuhaus, D. / Andreeva, A. / Cajanek, L. / van Breugel, M.

履歴

登録	2021年3月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年9月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年9月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2021年9月22日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn_source / pdbx_database_proc Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2022年1月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_source Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.4	2022年12月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_last
改定 1.5	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7o06.cif.gz	235.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7o06.ent.gz	156.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7o06.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7o06_validation.pdf.gz	916 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7o06_full_validation.pdf.gz	917.8 KB	表示
XML形式データ	7o06_validation.xml.gz	19.7 KB	表示
CIF形式データ	7o06_validation.cif.gz	28.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/7o06 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/7o06	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7nwjC 7o0sC 7o3bC 5vlvS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7o06-2 1hh1-1 3ih2-d 1868 3q3f-d 5m2s-d 5wuq-2 4huf-1 4hue-1 2qst-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Camelid nanobody 10Z

B: Camelid nanobody 10Z

C: Centrosomal protein of 164 kDa

D: Centrosomal protein of 164 kDa

ヘテロ分子

54 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Camelid nanobody 10Z

C: Centrosomal protein of 164 kDa

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: The nanobody binds the CEP164 N-terminal target through its CDR3 loop, as expected.
27.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Camelid nanobody 10Z

D: Centrosomal protein of 164 kDa

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: The nanobody binds the CEP164 N-terminal target through its CDR3 loop, as expected.
27 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.852, 70.734, 61.969
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.090, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: 抗体	Camelid nanobody 10Z 分子量: 14023.665 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Camelidae mixed library (哺乳類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	Centrosomal protein of 164 kDa / Cep164 分子量: 12950.511 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CEP164, KIAA1052, NPHP15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UPV0
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.46 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 M Hepes, pH 7.5, 1.26 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97942 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→61.97 Å / Num. obs: 57658 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 19.2 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.097 / R_pim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 9.9
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 1.463 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2820 / CC_1/2: 0.649 / R_pim(I) all: 0.627 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0009	精密化
PHENIX	1.18_3845	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5VLV

5vlv

解像度: 1.6→61.97 Å / SU ML: 0.1781 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.7707
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2108	2843	4.95 %
R_work	0.1804	54611	-
obs	0.1819	57454	99.12 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→61.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3396	0	5	275	3676

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0058	3617
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7967	4926
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0507	511
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0048	657
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.0903	519

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.63	0.3058	179	0.2765	2646	X-RAY DIFFRACTION	97.95
1.63-1.66	0.2903	146	0.2657	2658	X-RAY DIFFRACTION	97.6
1.66-1.69	0.2564	128	0.2442	2690	X-RAY DIFFRACTION	97.98
1.69-1.72	0.272	142	0.2405	2705	X-RAY DIFFRACTION	98.27
1.72-1.76	0.2965	139	0.2315	2700	X-RAY DIFFRACTION	98.37
1.76-1.8	0.2564	118	0.2194	2721	X-RAY DIFFRACTION	98.47
1.8-1.85	0.2518	132	0.2101	2738	X-RAY DIFFRACTION	98.56
1.85-1.9	0.2836	144	0.1995	2688	X-RAY DIFFRACTION	98.74
1.9-1.95	0.2086	142	0.1935	2738	X-RAY DIFFRACTION	99.11
1.95-2.02	0.2661	128	0.1824	2715	X-RAY DIFFRACTION	99.16
2.02-2.09	0.219	152	0.1898	2728	X-RAY DIFFRACTION	99.38
2.09-2.17	0.2067	144	0.1828	2734	X-RAY DIFFRACTION	99.58
2.17-2.27	0.2269	137	0.1895	2737	X-RAY DIFFRACTION	99.62
2.27-2.39	0.2328	181	0.1882	2722	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.39-2.54	0.2017	141	0.1886	2770	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.54-2.74	0.2138	114	0.189	2766	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.74-3.01	0.2197	145	0.1869	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
3.01-3.45	0.2018	119	0.1745	2809	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-4.34	0.1597	155	0.1413	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
4.34-61.97	0.1847	157	0.1563	2828	X-RAY DIFFRACTION	99.87

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.50594932876	0.486801547197	-3.85231673539	5.0596644516	-0.0543477410551	4.30577660622	0.386349237192	0.225469711967	1.07678658536	-0.593895047883	0.531606045829	-0.833272376852	-0.838978567567	0.61793487232	-0.992954395281	0.382592698431	-0.0338513405964	0.0580991213472	0.334262884366	-0.0105113280161	0.44723868586	16.9329495647	-0.50261949375	-21.8622192264
2	4.58631429837	0.492266295114	0.17365034616	4.40770208604	-4.18915376539	9.4014093788	-0.142319922422	-0.199531128794	0.322863849367	0.115640892211	0.11654244027	-0.00700779900705	-0.288437607879	-0.326184400376	0.0158132829966	0.196413073609	0.0465415997956	0.00200812126007	0.192299427394	-0.0433418411202	0.213977076598	8.76065113478	-2.75993081024	-9.14910732559
3	5.70892889596	-1.95187439085	4.49542145352	3.36321035186	-0.621902746292	5.14136725198	0.0395837267322	0.407382525004	0.264146951278	-0.229133930712	-0.154934223994	-0.0736211185283	-0.149966940959	0.283426112377	0.223884129305	0.132282403868	-0.0153820107982	0.0237580058469	0.213566307914	0.0286896809892	0.177839106193	13.0319454309	-9.05909450444	-22.2267703728
4	2.27587040652	1.47568290031	2.1267344504	0.95343030797	1.48942288001	7.46387548709	0.117120400846	0.0680014758444	-0.159164875597	0.046760071365	0.0547183233301	-0.107703999814	0.182977224286	0.32014083771	-0.224501270564	0.131376149265	0.00836565746448	0.000443591150252	0.161610858764	0.000447243452792	0.162198864965	17.8566758187	-14.9067868735	-12.0109157079
5	6.20395014867	-0.93586989054	3.52836679119	3.85288352785	-2.59985128592	3.15518416934	0.172236859614	-0.0073979357713	-0.445294012468	-0.188190592087	0.00344658299525	-0.0063658173628	0.862084195764	-0.50062670811	-0.213659591403	0.180043400167	-0.00856033447767	-0.00883151760457	0.196745151802	-0.00294731942604	0.235770429904	6.83896082522	-17.7255646582	-18.4669473494
6	4.00724657827	1.0087221335	-0.785149285205	4.26747901727	-3.19377926736	5.55816879588	0.000515777471717	0.0142280049626	0.099518323306	0.0613027177692	0.188678009217	0.106360152349	-0.178581681348	-0.295813926059	-0.239035140313	0.118795132104	0.0249078180281	0.00200784342263	0.192704833768	0.00221653653282	0.16100352318	5.033301798	-7.44774071353	-16.9263579514
7	0.802874985853	-0.309488349266	1.29584412869	1.01026588407	1.16783241656	5.17747856103	0.0551703696878	-0.180809622398	-0.067573386451	0.0431474847558	0.0565725570108	0.032741962283	-0.327125348469	-0.198170160604	-0.119746912097	0.114098702313	-0.00459530451709	-0.0260292422128	0.196016674355	0.00337716187823	0.147752472693	13.5693107506	-10.4375668343	-11.3993622014
8	4.6328795745	-2.88851061746	-0.965735783136	5.03226359823	1.63441516167	5.12472257049	0.217275068397	0.0444890037997	-0.481871789069	-0.153567137817	-0.228031024457	0.353288234911	0.425756405249	-0.321983961269	0.0335006225811	0.165197321745	-0.0461675684786	-0.00535089709097	0.159797401914	0.0173613465186	0.201134543286	18.1385511721	-13.7362293845	-31.9392837757
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30	0.270356275915	0.061421045825	-0.581270831145	3.53518321853	-1.93870157334	3.66270990296	-0.11557620312	-0.0447852842889	-0.165631973158	-0.218355873247	0.190887556484	0.412675240342	0.491159850335	-0.119994743544	-0.110733647103	0.202393481302	-0.00511109685997	-0.00775768870047	0.181181557023	0.0325074918556	0.311759507399	-22.12450879	-27.8746843874	-7.15245428698
31	5.60112926061	-1.77891014264	-4.23673198406	9.51098842518	-0.311913124239	8.9678970092	-0.239359600439	-0.108985880037	-0.706886459262	0.708117863111	0.0211372935293	0.517673793492	0.582281719153	-0.683370815981	0.245268449119	0.318467480657	-0.0829267009259	0.0558647080725	0.30941254632	0.0389392921412	0.444295566022	-36.4758440414	-24.3182068511	8.71834575098

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 8 through 14 )	A	A	8 - 14	1 - 7
2	2	chain 'A' and (resid 15 through 32 )	A	A	15 - 32	8 - 31
3	3	chain 'A' and (resid 33 through 46 )	A	A	33 - 46	32 - 48
4	4	chain 'A' and (resid 47 through 58 )	A	A	47 - 58	49 - 62
5	5	chain 'A' and (resid 59 through 70 )	A	A	59 - 70	63 - 77
6	6	chain 'A' and (resid 71 through 89 )	A	A	71 - 89	78 - 97
7	7	chain 'A' and (resid 90 through 107 )	A	A	90 - 107	98 - 115
8	8	chain 'A' and (resid 108 through 119 )	A	A	108 - 119	116 - 129
9	9	chain 'A' and (resid 120 through 131 )	A	A	120 - 131	130 - 141
10	10	chain 'B' and (resid 8 through 14 )	B	C	8 - 14	1 - 8
11	11	chain 'B' and (resid 15 through 24 )	B	C	15 - 24	9 - 18
12	12	chain 'B' and (resid 25 through 39 )	B	C	25 - 39	19 - 38
13	13	chain 'B' and (resid 40 through 58 )	B	C	40 - 58	39 - 59
14	14	chain 'B' and (resid 59 through 66 )	B	C	59 - 66	60 - 69
15	15	chain 'B' and (resid 67 through 79 )	B	C	67 - 79	70 - 83
16	16	chain 'B' and (resid 80 through 89 )	B	C	80 - 89	84 - 95
17	17	chain 'B' and (resid 90 through 107 )	B	C	90 - 107	96 - 113
18	18	chain 'B' and (resid 108 through 119 )	B	C	108 - 119	114 - 125
19	19	chain 'B' and (resid 120 through 131 )	B	C	120 - 131	126 - 137
20	20	chain 'C' and (resid 3 through 25 )	C	D	3 - 25	1 - 14
21	21	chain 'C' and (resid 26 through 35 )	C	D	26 - 35	15 - 24
22	22	chain 'C' and (resid 36 through 55 )	C	D	36 - 55	25 - 46
23	23	chain 'C' and (resid 56 through 76 )	C	D	56 - 76	47 - 67
24	24	chain 'C' and (resid 77 through 88 )	C	D	77 - 88	68 - 81
25	25	chain 'C' and (resid 89 through 104 )	C	D	89 - 104	82 - 97
26	26	chain 'D' and (resid 3 through 19 )	D	E	3 - 19	1 - 8
27	27	chain 'D' and (resid 20 through 25 )	D	E	20 - 25	9 - 14
28	28	chain 'D' and (resid 26 through 35 )	D	E	26 - 35	15 - 24
29	29	chain 'D' and (resid 36 through 54 )	D	E	36 - 54	25 - 43
30	30	chain 'D' and (resid 55 through 88 )	D	E	55 - 88	44 - 79
31	31	chain 'D' and (resid 89 through 103 )	D	E	89 - 103	80 - 94

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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