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Yorodumi- PDB-7o06: Crystal structure of the N-terminal domain of CEP164(1-109) bound... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7o06 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of the N-terminal domain of CEP164(1-109) bound to camelid nanobody 10Z | ||||||
Components |
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Keywords | STRUCTURAL PROTEIN / Centriole / Centrosome / Basal body / Ciliogenesis / Cell cycle | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationciliary transition fiber / cilium assembly / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / centriole / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition ...ciliary transition fiber / cilium assembly / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / centriole / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / cell division / DNA repair / intracellular membrane-bounded organelle / centrosome / extracellular space / nucleoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Camelidae mixed library (mammal) Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | e Silva, I.R. / van Breugel, M. | ||||||
| Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: Structure / Year: 2022Title: Molecular mechanisms underlying the role of the centriolar CEP164-TTBK2 complex in ciliopathies. Authors: Rosa E Silva, I. / Bino, L. / Johnson, C.M. / Rutherford, T.J. / Neuhaus, D. / Andreeva, A. / Cajanek, L. / van Breugel, M. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7o06.cif.gz | 235.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7o06.ent.gz | 156.1 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7o06.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/7o06 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/7o06 | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7nwjC ![]() 7o0sC ![]() 7o3bC ![]() 5vlvS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Antibody | Mass: 14023.665 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Camelidae mixed library (mammal) / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 12950.511 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: CEP164, KIAA1052, NPHP15 / Production host: ![]() #3: Chemical | ChemComp-SO4 / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.07 Å3/Da / Density % sol: 40.46 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion / Details: 0.1 M Hepes, pH 7.5, 1.26 M ammonium sulfate |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04 / Wavelength: 0.97942 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 4, 2019 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97942 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.6→61.97 Å / Num. obs: 57658 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 19.2 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 9.9 |
| Reflection shell | Resolution: 1.6→1.63 Å / Redundancy: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 1.463 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2820 / CC1/2: 0.649 / Rpim(I) all: 0.627 / % possible all: 98.9 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 5VLV Resolution: 1.6→61.97 Å / SU ML: 0.1781 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.7707 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 28.06 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→61.97 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Controller
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Camelidae mixed library (mammal)
Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
United Kingdom, 1items
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