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- PDB-7o0s: Crystal structure of the N-terminal domain of CEP164(1-109) bound... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7o0s | ||||||
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Title | Crystal structure of the N-terminal domain of CEP164(1-109) bound to camelid nanobody 36Z | ||||||
![]() |
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![]() | STRUCTURAL PROTEIN / Centriole Centrosome Basal body Ciliogenesis | ||||||
Function / homology | ![]() ciliary transition fiber / cilium assembly / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / centriole / AURKA Activation by TPX2 / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition ...ciliary transition fiber / cilium assembly / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / centriole / AURKA Activation by TPX2 / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / cell cycle / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair / centrosome / extracellular space / nucleoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | e Silva, I.R. / van Breugel, M. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Molecular mechanisms underlying the role of the centriolar CEP164-TTBK2 complex in ciliopathies. Authors: Rosa E Silva, I. / Bino, L. / Johnson, C.M. / Rutherford, T.J. / Neuhaus, D. / Andreeva, A. / Cajanek, L. / van Breugel, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 80.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 429.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 11.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 15.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7nwjC ![]() 7o06SC ![]() 7o3bC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Antibody | Mass: 13226.526 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: Protein | Mass: 12950.511 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.3 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion / Details: 0.18 M tri-ammonium citrate, 20 % (w/v) PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 4, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97942 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→59.2 Å / Num. obs: 25042 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 24.9 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Rpim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 6.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.73 Å / Redundancy: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 1.658 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1331 / CC1/2: 0.798 / Rpim(I) all: 0.7 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 7O06 Resolution: 1.7→59.2 Å / SU ML: 0.2127 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 33.5332 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 31.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→59.2 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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