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- PDB-7o06: Crystal structure of the N-terminal domain of CEP164(1-109) bound... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7o06 | ||||||
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Title | Crystal structure of the N-terminal domain of CEP164(1-109) bound to camelid nanobody 10Z | ||||||
![]() |
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![]() | STRUCTURAL PROTEIN / Centriole / Centrosome / Basal body / Ciliogenesis / Cell cycle | ||||||
Function / homology | ![]() ciliary transition fiber / cilium assembly / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / centriole / AURKA Activation by TPX2 / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition ...ciliary transition fiber / cilium assembly / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / centriole / AURKA Activation by TPX2 / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / cell cycle / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair / centrosome / extracellular space / nucleoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | e Silva, I.R. / van Breugel, M. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Molecular mechanisms underlying the role of the centriolar CEP164-TTBK2 complex in ciliopathies. Authors: Rosa E Silva, I. / Bino, L. / Johnson, C.M. / Rutherford, T.J. / Neuhaus, D. / Andreeva, A. / Cajanek, L. / van Breugel, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 917.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 19.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 28.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7nwjC ![]() 7o0sC ![]() 7o3bC ![]() 5vlvS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Antibody | Mass: 14023.665 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 12950.511 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #3: Chemical | ChemComp-SO4 / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.07 Å3/Da / Density % sol: 40.46 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion / Details: 0.1 M Hepes, pH 7.5, 1.26 M ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 4, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97942 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.6→61.97 Å / Num. obs: 57658 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 19.2 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 9.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.63 Å / Redundancy: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 1.463 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2820 / CC1/2: 0.649 / Rpim(I) all: 0.627 / % possible all: 98.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5VLV Resolution: 1.6→61.97 Å / SU ML: 0.1781 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.7707 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 28.06 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→61.97 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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