PDB-7nzp: D-lyxose isomerase from the hyperthermophilic archaeon Thermofilu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nzp

タイトル

D-lyxose isomerase from the hyperthermophilic archaeon Thermofilum sp complexed with D-fructose

要素

D-lyxose/D-mannose family sugar isomerase

キーワード

ISOMERASE / Complex / thermostability / biocatalysis

機能・相同性

D-lyxose ketol-isomerase / RmlC-like cupin domain superfamily / isomerase activity / RmlC-like jelly roll fold / metal ion binding / beta-D-fructofuranose / : / D-lyxose ketol-isomerase

機能・相同性情報

生物種

Thermofilum sp. ex4484_79 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.345 Å

データ登録者

De Rose, S.A. / Isupov, M.N. / Littlechild, J.A. / Schoenheit, P.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Front Bioeng Biotechnol / 年: 2021
タイトル: Biochemical and Structural Characterisation of a Novel D-Lyxose Isomerase From the Hyperthermophilic Archaeon Thermofilum sp.
著者: De Rose, S.A. / Kuprat, T. / Isupov, M.N. / Reinhardt, A. / Schonheit, P. / Littlechild, J.A.

履歴

登録	2021年3月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年10月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nzp.cif.gz	105.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nzp.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nzp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7nzp_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nzp_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	7nzp_validation.xml.gz	20.2 KB	表示
CIF形式データ	7nzp_validation.cif.gz	29.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/7nzp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/7nzp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nzoC 7nzqC 2y0oS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7nzo-d 4ga7-2 7jrx-2 7nzq-1 3e5h-1 4jzs-d 6p35-d 6dwu-3 3apw-d 7jr1-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: D-lyxose/D-mannose family sugar isomerase

BBB: D-lyxose/D-mannose family sugar isomerase

ヘテロ分子

48.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.958, 86.647, 53.837
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.274, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Auth seq-ID: -1 - 179 / Label seq-ID: 23 - 203

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	AAA	A
2	BBB	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質

D-lyxose/D-mannose family sugar isomerase

分子量: 23898.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermofilum sp. ex4484_79 (古細菌)
遺伝子: B6U94_07925 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A256XLS3

#2: 糖

ChemComp-FRU / beta-D-fructofuranose / beta-D-fructose / D-fructose / fructose / β-D-フルクトフラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル

分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#4: 化合物

ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION

分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.25 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.5 詳細: 200 mM ammonium acetate, 100 mM Bis-Tris pH 5.5, 25 % w/v PEG 3350, 15 mM fructose

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.345→86.65 Å / Num. obs: 88231 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.9
反射シェル	解像度: 1.345→1.37 Å / Num. unique obs: 4299 / CC_1/2: 0.333

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2y0o

2y0o

解像度: 1.345→49.819 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.971 / SU B: 1.842 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.06 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2126	4293	4.871 %
R_work	0.1837	83837	-
all	0.185	-	-
obs	-	88130	99.906 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.936 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.019 Å²	-0 Å²	0.367 Å²
2-	-	-1.609 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.532 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.345→49.819 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3001	0	38	340	3379

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	3293
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.838	1.671	4485
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.583	5	410
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.964	21.309	191
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.443	15	599
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.687	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	435
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2527
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	1479
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.319	0.2	2216
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	296
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.211	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.229	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.912	3.138	1506
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.235	4.681	1891
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.906	3.521	1787
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.666	5.133	2568
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.368	59.314	14109
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.096	0.05	6239

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09577	0.0501
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09577	0.0501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.345-1.38	0.371	279	0.383	6214	0.382	6512	0.454	0.46	99.7082	0.391
1.38-1.418	0.393	325	0.361	5979	0.363	6317	0.479	0.471	99.7942	0.364
1.418-1.459	0.327	306	0.342	5816	0.342	6138	0.498	0.494	99.7393	0.338
1.459-1.504	0.341	303	0.32	5680	0.321	5987	0.64	0.652	99.9332	0.309
1.504-1.553	0.266	293	0.285	5491	0.284	5795	0.782	0.764	99.8102	0.267
1.553-1.607	0.265	262	0.263	5364	0.263	5628	0.825	0.82	99.9645	0.238
1.607-1.668	0.271	258	0.243	5202	0.244	5460	0.862	0.87	100	0.218
1.668-1.736	0.29	229	0.236	4955	0.238	5185	0.87	0.889	99.9807	0.211
1.736-1.813	0.272	222	0.217	4806	0.22	5030	0.88	0.906	99.9602	0.193
1.813-1.901	0.274	250	0.207	4503	0.21	4754	0.894	0.916	99.979	0.189
1.901-2.004	0.234	232	0.193	4350	0.196	4582	0.924	0.936	100	0.179
2.004-2.125	0.223	212	0.19	4096	0.192	4308	0.936	0.944	100	0.179
2.125-2.272	0.229	182	0.189	3883	0.191	4065	0.93	0.941	100	0.18
2.272-2.454	0.221	201	0.183	3579	0.185	3780	0.94	0.947	100	0.177
2.454-2.687	0.194	189	0.172	3296	0.173	3485	0.95	0.953	100	0.17
2.687-3.003	0.191	177	0.176	2972	0.177	3149	0.956	0.955	100	0.178
3.003-3.466	0.209	143	0.17	2638	0.172	2781	0.946	0.957	100	0.179
3.466-4.239	0.163	119	0.134	2250	0.135	2369	0.971	0.978	100	0.146
4.239-5.974	0.143	70	0.126	1772	0.127	1842	0.978	0.981	100	0.146
5.974-49.819	0.193	41	0.203	990	0.202	1045	0.966	0.961	98.6603	0.218

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