PDB-7nzo: D-lyxose isomerasefrom the hyperthermophilic archaeon Thermofilum sp

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nzo

タイトル

D-lyxose isomerasefrom the hyperthermophilic archaeon Thermofilum sp

要素

D-lyxose/D-mannose family sugar isomerase

キーワード

ISOMERASE / Complex / thermostability / biocatalysis.

機能・相同性

D-lyxose ketol-isomerase / RmlC-like cupin domain superfamily / isomerase activity / RmlC-like jelly roll fold / metal ion binding / : / D-lyxose ketol-isomerase

機能・相同性情報

生物種

Thermofilum sp. ex4484_79 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.67 Å

データ登録者

De Rose, S.A. / Isupov, M.N. / Littlechild, J.A. / Schoenheit, P.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Front Bioeng Biotechnol / 年: 2021
タイトル: Biochemical and Structural Characterisation of a Novel D-Lyxose Isomerase From the Hyperthermophilic Archaeon Thermofilum sp.
著者: De Rose, S.A. / Kuprat, T. / Isupov, M.N. / Reinhardt, A. / Schonheit, P. / Littlechild, J.A.

履歴

登録	2021年3月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年10月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nzo.cif.gz	99 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nzo.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nzo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7nzo_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nzo_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	7nzo_validation.xml.gz	18 KB	表示
CIF形式データ	7nzo_validation.cif.gz	25.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/7nzo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/7nzo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nzpC 7nzqC 2y0oS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7nzp-d 4ga7-2 1nhe-2 4g8o-3 5cfp-d 3h1w-d 7jrx-2 4tpw-d 1nhe-1 1oqm-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: D-lyxose/D-mannose family sugar isomerase

BBB: D-lyxose/D-mannose family sugar isomerase

ヘテロ分子

48.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.770, 86.910, 54.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.930, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth seq-ID: 0 - 174 / Label seq-ID: 24 - 198

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	AAA	A
2	BBB	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	D-lyxose/D-mannose family sugar isomerase 分子量: 23898.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermofilum sp. ex4484_79 (古細菌) 遺伝子: B6U94_07925 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A256XLS3
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7 / 詳細: 150 mM Potassium bromide, 30% w/v PEG 2000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.67→39.26 Å / Num. obs: 43436 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 6.2 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 19.4
反射シェル	解像度: 1.67→1.7 Å / Num. unique obs: 1266 / CC_1/2: 0.326

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2Y0O

2y0o

解像度: 1.67→39.252 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 3.034 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.103 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2107	2053	4.73 %
R_work	0.1792	41355	-
all	0.181	-	-
obs	-	43408	92.132 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.016 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.535 Å²	0 Å²	0.653 Å²
2-	-	-2.531 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.409 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.67→39.252 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2907	0	46	247	3200

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	3112
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.612	1.665	4198
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.396	5	376
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.862	21.348	178
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.972	15	561
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.665	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	397
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2359
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	1398
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.318	0.2	2098
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	237
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.194	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.34	3.721	1438
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.241	5.546	1800
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.8	4.212	1674
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.553	6.082	2386
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.334	71.769	13108
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.071	0.05	5925

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07052	0.0501
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07052	0.0501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.67-1.713	0.42	100	0.436	1785	0.435	3464	0.185	0.248	54.4169	0.433
1.713-1.76	0.42	119	0.416	2163	0.416	3393	0.451	0.451	67.2561	0.411
1.76-1.811	0.37	134	0.339	2473	0.341	3266	0.583	0.598	79.8224	0.322
1.811-1.867	0.292	130	0.302	2777	0.301	3204	0.77	0.731	90.7303	0.276
1.867-1.928	0.282	130	0.251	2926	0.253	3105	0.794	0.818	98.4219	0.222
1.928-1.995	0.24	113	0.211	2867	0.212	2981	0.885	0.902	99.9665	0.179
1.995-2.07	0.236	156	0.196	2758	0.198	2914	0.919	0.925	100	0.168
2.07-2.155	0.208	127	0.181	2639	0.182	2767	0.928	0.94	99.9639	0.157
2.155-2.25	0.221	132	0.179	2547	0.181	2679	0.931	0.944	100	0.158
2.25-2.36	0.244	92	0.187	2465	0.189	2557	0.924	0.937	100	0.169
2.36-2.487	0.223	102	0.172	2309	0.174	2411	0.931	0.951	100	0.158
2.487-2.637	0.209	106	0.168	2206	0.17	2312	0.944	0.95	100	0.156
2.637-2.818	0.242	95	0.178	2071	0.181	2166	0.941	0.945	100	0.17
2.818-3.043	0.233	111	0.18	1895	0.183	2007	0.933	0.942	99.9502	0.175
3.043-3.331	0.194	92	0.177	1776	0.178	1868	0.946	0.951	100	0.18
3.331-3.721	0.214	88	0.174	1600	0.176	1689	0.951	0.963	99.9408	0.182
3.721-4.29	0.153	78	0.148	1417	0.148	1495	0.975	0.977	100	0.162
4.29-5.239	0.126	62	0.118	1206	0.118	1268	0.982	0.984	100	0.141
5.239-7.343	0.234	59	0.179	927	0.182	988	0.952	0.965	99.7976	0.203
7.343-39.252	0.24	27	0.205	548	0.207	576	0.943	0.966	99.8264	0.257

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