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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7nzj | ||||||
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タイトル | Structure of bsTrmB apo | ||||||
![]() | tRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase | ||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN / m7G Methyltransferase / Rossman-like fold / tRNA modifying enzyme | ||||||
機能・相同性 | ![]() RNA (guanine-N7)-methylation / tRNA (guanine46-N7)-methyltransferase / tRNA (guanine(46)-N7)-methyltransferase activity / tRNA methyltransferase complex / tRNA methylation 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Blersch, K.F. / Ficner, R. / Neumann, P. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural model of the M7G46 Methyltransferase TrmB in complex with tRNA. 著者: Blersch, K.F. / Burchert, J.P. / August, S.C. / Welp, L. / Neumann, P. / Koster, S. / Urlaub, H. / Ficner, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 271.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 218.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 353.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 363.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 53.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 76.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24537.744 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: 168 / 遺伝子: trmB, ytmQ, BSU29900 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O34522, tRNA (guanine46-N7)-methyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-NA / | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.51 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.2M NaCl, 0.1M MES, 15% v/v 5/4PO/OH, |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月27日 |
放射 | モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.98→44.53 Å / Num. obs: 96395 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 3.861 % / Biso Wilson estimate: 42.408 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 0.85 / Net I/σ(I): 12.47 / Num. measured all: 372163 / Scaling rejects: 51 |
反射 シェル | 解像度: 1.98→2 Å / 冗長度: 3.896 % / Rmerge(I) obs: 1.344 / Mean I/σ(I) obs: 1.08 / Num. unique obs: 2799 / CC1/2: 0.548 / Rrim(I) all: 1.557 / % possible all: 89.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2FCA 解像度: 1.98→44.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / WRfactor Rfree: 0.2146 / WRfactor Rwork: 0.1808 / FOM work R set: 0.7547 / SU B: 5.5 / SU ML: 0.142 / SU R Cruickshank DPI: 0.1853 / SU Rfree: 0.1594 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 135.52 Å2 / Biso mean: 41.456 Å2 / Biso min: 25.9 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.98→44.53 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.98→2.031 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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