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- PDB-7nwk: Crystal structure of CDK9-Cyclin T1 bound by compound 6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nwk
タイトルCrystal structure of CDK9-Cyclin T1 bound by compound 6
要素
  • Cyclin-T1
  • Cyclin-dependent kinase 9
キーワードTRANSFERASE / inhibitor / kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


P-TEFb complex / Interactions of Tat with host cellular proteins / nucleus localization / 7SK snRNA binding / cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex / regulation of mRNA 3'-end processing / regulation of muscle cell differentiation / positive regulation of protein localization to chromatin / transcription elongation factor activity / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity ...P-TEFb complex / Interactions of Tat with host cellular proteins / nucleus localization / 7SK snRNA binding / cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex / regulation of mRNA 3'-end processing / regulation of muscle cell differentiation / positive regulation of protein localization to chromatin / transcription elongation factor activity / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / host-mediated activation of viral transcription / [RNA-polymerase]-subunit kinase / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / RNA polymerase binding / negative regulation of protein localization to chromatin / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / cellular response to cytokine stimulus / replication fork processing / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / cyclin-dependent kinase / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / regulation of DNA repair / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / transcription elongation factor complex / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / molecular condensate scaffold activity / PML body / transcription coactivator binding / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / kinase activity / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase II / cell population proliferation / protein phosphorylation / transcription cis-regulatory region binding / protein kinase activity / regulation of cell cycle / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / response to xenobiotic stimulus / cell division / protein serine kinase activity / DNA repair / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / protein kinase binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Cyclin-T2-like, C-terminal domain / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / : / Serine/threonine-protein kinase, active site ...: / Cyclin-T2-like, C-terminal domain / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-UT5 / Cyclin-T1 / Cyclin-dependent kinase 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Collie, G.W. / Ferguson, A.D.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Discovery of a Series of 7-Azaindoles as Potent and Highly Selective CDK9 Inhibitors for Transient Target Engagement.
著者: Barlaam, B. / De Savi, C. / Dishington, A. / Drew, L. / Ferguson, A.D. / Ferguson, D. / Gu, C. / Hande, S. / Hassall, L. / Hawkins, J. / Hird, A.W. / Holmes, J. / Lamb, M.L. / Lister, A.S. / ...著者: Barlaam, B. / De Savi, C. / Dishington, A. / Drew, L. / Ferguson, A.D. / Ferguson, D. / Gu, C. / Hande, S. / Hassall, L. / Hawkins, J. / Hird, A.W. / Holmes, J. / Lamb, M.L. / Lister, A.S. / McGuire, T.M. / Moore, J.E. / O'Connell, N. / Patel, A. / Pike, K.G. / Sarkar, U. / Shao, W. / Stead, D. / Varnes, J.G. / Vasbinder, M.M. / Wang, L. / Wu, L. / Xue, L. / Yang, B. / Yao, T.
履歴
登録2021年3月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月10日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-dependent kinase 9
B: Cyclin-T1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,3653
ポリマ－67,9962
非ポリマー3681
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1740 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area26720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)172.880, 172.880, 98.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 9 / C-2K / Cell division cycle 2-like protein kinase 4 / Cell division protein kinase 9 / ...C-2K / Cell division cycle 2-like protein kinase 4 / Cell division protein kinase 9 / Serine/threonine-protein kinase PITALRE / Tat-associated kinase complex catalytic subunit


分子量: 38031.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK9, CDC2L4, TAK
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P50750, cyclin-dependent kinase, [RNA-polymerase]-subunit kinase
#2: タンパク質 Cyclin-T1 / CycT1 / Cyclin-T


分子量: 29965.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCNT1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O60563
#3: 化合物 ChemComp-UT5 / N-((1R,3R)-3-(7-(4-fluoro-2-methoxyphenyl)-3H-imidazo[4,5-b]pyridin-2-yl)cyclopentyl)acetamide / ~{N}-[(1~{R},3~{R})-3-[7-(4-fluoranyl-2-methoxy-phenyl)-1~{H}-imidazo[4,5-b]pyridin-2-yl]cyclopentyl]ethanamide


分子量: 368.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H21FN4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 14% PEG1000, 100 mM sodium potassium phosphate, pH 6.2, 500 mM NaCl, 4 mM TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.81→86.44 Å / Num. obs: 26767 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 81.3 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 13 / Num. measured all: 116117
反射 シェル解像度: 2.81→3.14 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. measured all: 1171 / Num. unique obs: 261 / CC1/2: 0.683 / Rpim(I) all: 0.354 / Rrim(I) all: 0.759 / Net I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: internal

解像度: 2.81→32.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU R Cruickshank DPI: 0.355 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.316 / SU Rfree Blow DPI: 0.222 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.234
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.205 1344 5.04 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.182 26685 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 161.97 Å2 / Biso mean: 66.17 Å2 / Biso min: 24.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7169 Å20 Å20 Å2
2--0.7169 Å20 Å2
3----1.4338 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.81→32.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4408 0 27 0 4435
Biso mean--55.46 --
残基数----550
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1569SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes775HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4537HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion586SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5129SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4537HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6164HARMONIC21.04
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.01
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.39
LS精密化 シェル解像度: 2.81→2.83 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3186 25 4.68 %
Rwork0.2354 509 -
all0.2391 534 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8975-0.2911-0.48951.8262-0.65933.4806-0.2831-0.08730.19850.4280.32150.2903-0.2682-0.5788-0.0385-0.09510.07810.0337-0.13470.0376-0.057-39.236-32.82188.1044
23.29460.83940.15592.3770.41681.81950.0177-0.15-0.36470.05090.0513-0.11870.12860.0796-0.069-0.1309-0.05450.0131-0.20950.0797-0.1378-7.6059-20.4136-10.3646
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A7 - 326
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B8 - 259

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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