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- PDB-7ntk: PALS1 PDZ1 domain with SARS-CoV-2_E PBM complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ntk
タイトルPALS1 PDZ1 domain with SARS-CoV-2_E PBM complex
要素
  • Envelope small membrane protein
  • MAGUK p55 subfamily member 5
キーワードCELL ADHESION / cell polarity / PALS1 / SARS-CoV-2_E
機能・相同性
機能・相同性情報


disruption of cellular anatomical structure in another organism / protein localization to myelin sheath abaxonal region / symbiont-mediated perturbation of host cell endomembrane system / SARS-CoV-1 targets PDZ proteins in cell-cell junction / viral budding from Golgi membrane / myelin assembly / establishment or maintenance of polarity of embryonic epithelium / morphogenesis of an epithelial sheet / Tight junction interactions / SARS-CoV-2 targets PDZ proteins in cell-cell junction ...disruption of cellular anatomical structure in another organism / protein localization to myelin sheath abaxonal region / symbiont-mediated perturbation of host cell endomembrane system / SARS-CoV-1 targets PDZ proteins in cell-cell junction / viral budding from Golgi membrane / myelin assembly / establishment or maintenance of polarity of embryonic epithelium / morphogenesis of an epithelial sheet / Tight junction interactions / SARS-CoV-2 targets PDZ proteins in cell-cell junction / myelin sheath adaxonal region / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / lateral loop / Regulation of gap junction activity / Schmidt-Lanterman incisure / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / peripheral nervous system myelin maintenance / apical junction complex / generation of neurons / central nervous system neuron development / host cell Golgi membrane / bicellular tight junction / Maturation of protein E / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / protein localization to plasma membrane / adherens junction / cerebral cortex development / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / perikaryon / gene expression / Induction of Cell-Cell Fusion / Attachment and Entry / apical plasma membrane / protein domain specific binding / axon / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / virion membrane / Golgi apparatus / protein-containing complex / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
L27-N / MPP5, SH3 domain / L27_N / Envelope small membrane protein, SARS-CoV-2-like / Envelope small membrane protein, coronavirus / Envelope small membrane protein, betacoronavirus / Coronavirus small envelope protein E / Coronavirus envelope (CoV E) protein profile. / L27 domain, C-terminal / L27 domain ...L27-N / MPP5, SH3 domain / L27_N / Envelope small membrane protein, SARS-CoV-2-like / Envelope small membrane protein, coronavirus / Envelope small membrane protein, betacoronavirus / Coronavirus small envelope protein E / Coronavirus envelope (CoV E) protein profile. / L27 domain, C-terminal / L27 domain / : / domain in receptor targeting proteins Lin-2 and Lin-7 / L27 domain / L27 domain profile. / L27 domain superfamily / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Variant SH3 domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Envelope small membrane protein / Protein PALS1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Javorsky, A. / Kvansakul, M.
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Structural basis of coronavirus E protein interactions with human PALS1 PDZ domain.
著者: Javorsky, A. / Humbert, P.O. / Kvansakul, M.
履歴
登録2021年3月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MAGUK p55 subfamily member 5
B: MAGUK p55 subfamily member 5
C: Envelope small membrane protein
D: MAGUK p55 subfamily member 5
E: Envelope small membrane protein
F: MAGUK p55 subfamily member 5
G: Envelope small membrane protein
H: Envelope small membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,66314
ポリマ－41,1638
非ポリマー4996
水6,467359
1
A: MAGUK p55 subfamily member 5
C: Envelope small membrane protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2912
ポリマ－10,2912
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1100 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area5150 Å2
手法PISA
2
B: MAGUK p55 subfamily member 5
G: Envelope small membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6666
ポリマ－10,2912
非ポリマー3754
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1180 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area5630 Å2
手法PISA
3
D: MAGUK p55 subfamily member 5
E: Envelope small membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3533
ポリマ－10,2912
非ポリマー621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1190 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area5330 Å2
手法PISA
4
F: MAGUK p55 subfamily member 5
H: Envelope small membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3533
ポリマ－10,2912
非ポリマー621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area910 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area5540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)28.688, 103.762, 59.076
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.979, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
MAGUK p55 subfamily member 5


分子量: 9391.783 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: At the n-terminal of chain A,B,D,F, sequence GPLGS is part of the expression tag
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MPP5, PALS1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Codon+ / 参照: UniProt: Q8N3R9
#2: タンパク質・ペプチド
Envelope small membrane protein / E / sM protein


分子量: 899.067 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
参照: UniProt: P0DTC4
#3: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 359 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.66 % / 解説: plate
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M Sodium acetate trihydrate, 0.1M TRIS pH 8.5, 30% w/v PEG 4000
PH範囲: 7.2-8.5 / Temp details: 293.15

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→34.59 Å / Num. obs: 26253 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 21.91 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 3.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / Rmerge(I) obs: 0.725 / Num. unique obs: 4885 / CC1/2: 0.431

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874+SVN精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER1.15.2-3472-000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4UU6

4uu6


解像度: 1.9→29.61 Å / SU ML: 0.2398 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 22.9017
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2287 1316 5.03 %
Rwork0.1957 24844 -
obs0.1975 26160 99.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2753 0 33 359 3145
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00552816
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.58143800
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0538468
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0039493
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.85861059
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.980.31151600.28262711X-RAY DIFFRACTION98.69
1.98-2.070.24741220.23012764X-RAY DIFFRACTION98.36
2.07-2.180.25781230.21842778X-RAY DIFFRACTION99.18
2.18-2.310.24621350.20542747X-RAY DIFFRACTION99.17
2.31-2.490.25551560.20522753X-RAY DIFFRACTION99.28
2.49-2.740.23661370.21442764X-RAY DIFFRACTION99.21
2.74-3.140.21541590.19782786X-RAY DIFFRACTION99.29
3.14-3.950.19951650.16892755X-RAY DIFFRACTION99.62
3.95-29.610.2211590.17292786X-RAY DIFFRACTION99.16
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.27730525179-1.18126848027-2.030202434741.274789942612.174558566469.231785979890.0610558196027-0.05203275759-0.0777703641055-0.1658664746-0.05969746808040.104574463396-0.08145669968560.04143646410830.07411903412080.1578773905030.02672625197910.00555631283780.145777320675-0.004168252449180.197517965178-15.579357548747.26410709762.21536907679
23.405840667441.509098361850.8543375175946.775635510131.812737454463.099486110310.2050401939130.191565278158-0.0100057549514-0.290404520513-0.312239577692-0.107525191958-0.2164399358190.2612506615180.220660460060.2714090677360.0823624189471-0.007121039801680.220413048040.003604813505480.191490904406-5.9718745803344.2142852816-12.1196403175
32.23548373767-0.7784472942391.100109298162.31858601895-0.201197346725.186519930260.0981712301583-0.03521612064350.385229198189-0.128168914659-0.104296037974-0.140672458172-0.200931599684-0.04939742372370.04576339454930.185596593464-0.0007467721568470.03668289326630.187903784373-0.006695695427120.26954840307-6.2550520647154.8185744806-0.682351636478
43.836142503440.9801638129550.9711344892713.167665687310.3580313410181.202650200910.253911928706-0.193689263389-0.2783812493430.295124493172-0.178678465897-0.1048875005590.1743174903850.193824156957-0.110784811110.160506864996-0.01563557667340.008110035971550.1579584136340.007591197138570.149411014581-5.9552193076244.05211527096.32212140385
54.176267364932.498509498615.088360593921.488115098743.037706604886.998232525980.3282210609570.463407895051-0.4136151586810.0383977297965-0.0942841642957-0.2304612967970.5450505782460.0613426281939-0.2415040434960.2064241295020.0003166647954590.04230303404320.213155252484-0.03571316897930.2997908570940.55573574528242.5620524015-2.35719065323
63.84073345963-1.03933069419-0.6861351198341.741765217031.312486652174.440189053540.02200770069330.2224438241-0.131331463949-0.0429827240894-0.2248199509370.1752779438690.310480476155-0.2172431316190.07967793735610.182607616136-0.02476206377690.01607626773250.196016411032-0.0106028429970.156896594029-11.995400277846.0008711359-0.126719348977
70.7139062037250.635827085340.936278688350.7881648534221.18688331835.52803180956-0.0384273216924-0.0445348556273-0.2049166625480.0324814534873-0.157469245922-0.00978837243692-0.130818851186-0.410601935520.1519179433540.2045792092140.0224987290352-0.009645205843890.305575206585-0.01525425697960.217393375735-13.728627100126.2142161371-2.23702430127
82.2205330671-1.21560306141-1.087739044322.045691190981.689111524354.752458125650.0331261503297-0.0395008458898-0.06707856228610.1954988120070.141766204294-0.1537735962950.170045374332-0.0261816426991-0.05372905828380.138939345535-0.0259400630984-0.04128439333090.168659459919-0.0006465961904970.151581111972-0.87895495725822.18070212040.727655673132
98.37088359511-3.800057618383.652383204175.807705018790.6662261009552.916340655760.0637112601497-1.042653325730.2516747493630.585225700748-0.1206384563440.460879726680.417524395322-0.5271585615810.02646004958740.169548162596-0.0328515458690.04065459948610.3232203841860.08157536454750.291485165402-9.0456473269117.21591798219.64347152564
104.34383795993-1.65994741098-4.497708877294.462259240393.786020855265.77003258981-0.1874408886750.032241159384-0.6491767050120.896094954917-0.02340909915570.3497816691711.08588931427-0.7075376909660.09220600300310.237661603668-0.0791137516787-0.03248562084580.2706248096630.08511095738080.314259482131-9.4984223370317.0436200988-0.597676424242
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225.16435234353-1.687709499611.949236496432.58828471646-4.559545907158.294105576710.199672258307-0.516984323172-0.4411441094370.5680595048570.08746564110990.150105282631-0.198631015912-0.290905895192-0.2799346335390.2424965972150.00229989941384-0.03853739456330.2899465356080.03150080550450.159937815359-26.07188008145.565903362336.4322234636
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242.93722972043-0.6347205583880.8202776564591.42673783164-1.106542023181.8341025724-0.062715023052-0.4001079178660.07095198347470.1352285093670.05704290219580.0968902225866-0.124716375166-0.2865031588410.0343791913080.2393059342840.0561137284269-0.01129774853040.19710367792-0.02144080760680.200973070305-13.113589294554.004779635430.6693038083
256.46330050405-7.10506435268-3.107587198688.368635874365.441572672478.82722124191.129518333631.2617042755-0.851011105154-0.576713035307-0.557317012694-0.438904593194-0.1126169122960.3762196868570.1108785996510.382502847092-0.00243355660297-0.05473174678290.446230187383-0.1423249162750.3769046828056.3065864591519.4396547389-0.0119021042016
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 250 through 261 )AA250 - 2611 - 12
22chain 'A' and (resid 262 through 268 )AA262 - 26813 - 19
33chain 'A' and (resid 269 through 299 )AA269 - 29920 - 50
44chain 'A' and (resid 300 through 313 )AA300 - 31351 - 64
55chain 'A' and (resid 314 through 323 )AA314 - 32365 - 74
66chain 'A' and (resid 324 through 335 )AA324 - 33575 - 86
77chain 'B' and (resid 250 through 261 )BC250 - 2611 - 12
88chain 'B' and (resid 262 through 283 )BC262 - 28313 - 34
99chain 'B' and (resid 284 through 292 )BC284 - 29235 - 43
1010chain 'B' and (resid 293 through 299 )BC293 - 29944 - 50
1111chain 'B' and (resid 300 through 334 )BC300 - 33451 - 85
1212chain 'H' and (resid 206 through 211 )HN206 - 2111 - 6
1313chain 'C' and (resid 205 through 211 )CH205 - 2111 - 7
1414chain 'D' and (resid 250 through 261 )DI250 - 2611 - 12
1515chain 'D' and (resid 262 through 283 )DI262 - 28313 - 34
1616chain 'D' and (resid 284 through 291 )DI284 - 29135 - 42
1717chain 'D' and (resid 292 through 335 )DI292 - 33543 - 88
1818chain 'E' and (resid 205 through 211 )EK205 - 2111 - 7
1919chain 'F' and (resid 250 through 261 )FL250 - 2611 - 12
2020chain 'F' and (resid 262 through 276 )FL262 - 27613 - 27
2121chain 'F' and (resid 277 through 283 )FL277 - 28328 - 34
2222chain 'F' and (resid 284 through 292 )FL284 - 29235 - 43
2323chain 'F' and (resid 293 through 313 )FL293 - 31344 - 64
2424chain 'F' and (resid 314 through 335 )FL314 - 33565 - 88
2525chain 'G' and (resid 205 through 211 )GM205 - 2111 - 7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る