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- PDB-7ntj: PALS1 PDZ1 domain with SARS-CoV-1_E PBM complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ntj
タイトルPALS1 PDZ1 domain with SARS-CoV-1_E PBM complex
要素
  • Envelope small membrane protein
  • MAGUK p55 subfamily member 5
キーワードCELL ADHESION / cell polarity / PALS1 / SARS-CoV-1
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to myelin sheath abaxonal region / SARS-CoV-1 targets PDZ proteins in cell-cell junction / viral budding from Golgi membrane / establishment or maintenance of polarity of embryonic epithelium / myelin assembly / morphogenesis of an epithelial sheet / Tight junction interactions / disruption of plasma membrane integrity in another organism / SARS-CoV-2 targets PDZ proteins in cell-cell junction / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway ...protein localization to myelin sheath abaxonal region / SARS-CoV-1 targets PDZ proteins in cell-cell junction / viral budding from Golgi membrane / establishment or maintenance of polarity of embryonic epithelium / myelin assembly / morphogenesis of an epithelial sheet / Tight junction interactions / disruption of plasma membrane integrity in another organism / SARS-CoV-2 targets PDZ proteins in cell-cell junction / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / myelin sheath adaxonal region / lateral loop / Translation of Structural Proteins / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / Virion Assembly and Release / Schmidt-Lanterman incisure / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / peripheral nervous system myelin maintenance / apical junction complex / generation of neurons / central nervous system neuron development / host cell Golgi membrane / bicellular tight junction / Maturation of protein E / Attachment and Entry / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / protein localization to plasma membrane / adherens junction / cerebral cortex development / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / gene expression / host cell Golgi apparatus / perikaryon / apical plasma membrane / protein domain specific binding / axon / apoptotic process / virion membrane / Golgi apparatus / protein-containing complex / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
L27-N / MPP5, SH3 domain / L27_N / Envelope small membrane protein, SARS-CoV-2-like / Envelope small membrane protein, coronavirus / Envelope small membrane protein, betacoronavirus / Coronavirus small envelope protein E / Coronavirus envelope (CoV E) protein profile. / L27 domain, C-terminal / L27 domain ...L27-N / MPP5, SH3 domain / L27_N / Envelope small membrane protein, SARS-CoV-2-like / Envelope small membrane protein, coronavirus / Envelope small membrane protein, betacoronavirus / Coronavirus small envelope protein E / Coronavirus envelope (CoV E) protein profile. / L27 domain, C-terminal / L27 domain / : / domain in receptor targeting proteins Lin-2 and Lin-7 / L27 domain / L27 domain profile. / L27 domain superfamily / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Variant SH3 domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope small membrane protein / Protein PALS1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Javorsky, A. / Kvansakul, M.
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Structural basis of coronavirus E protein interactions with human PALS1 PDZ domain.
著者: Javorsky, A. / Humbert, P.O. / Kvansakul, M.
履歴
登録2021年3月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月21日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: MAGUK p55 subfamily member 5
G: Envelope small membrane protein
A: MAGUK p55 subfamily member 5
C: Envelope small membrane protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4654
ポリマ－20,4654
非ポリマー00
水5,549308
1
B: MAGUK p55 subfamily member 5
G: Envelope small membrane protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2332
ポリマ－10,2332
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area790 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area5140 Å2
手法PISA
2
A: MAGUK p55 subfamily member 5
C: Envelope small membrane protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2332
ポリマ－10,2332
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area800 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area5810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)28.151, 39.963, 40.832
Angle α, β, γ (deg.)94.897, 108.777, 100.842
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

-
要素

#1: タンパク質 MAGUK p55 subfamily member 5


分子量: 9391.783 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MPP5, PALS1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Codon+ / 参照: UniProt: Q8N3R9
#2: タンパク質・ペプチド Envelope small membrane protein / E protein / sM protein


分子量: 840.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)
参照: UniProt: P59637
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.75 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Bis-Tris pH6.5, 25% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→38.76 Å / Num. obs: 16270 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 14.62 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 1.74→1.77 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Num. unique obs: 853 / CC1/2: 0.965 / % possible all: 90.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874+SVN精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER1.18.2_3874+SVN位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4UU6

4uu6


解像度: 1.74→38.76 Å / SU ML: 0.1416 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.04 / 位相誤差: 20.9127
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1852 773 4.75 %
Rwork0.1517 15496 -
obs0.1533 16269 96.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→38.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1378 0 0 308 1686
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00781389
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83931871
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0622229
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045242
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.1265529
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.74-1.850.22311080.17312541X-RAY DIFFRACTION93.8
1.85-1.990.20181290.15812571X-RAY DIFFRACTION96.19
1.99-2.190.19191350.1432580X-RAY DIFFRACTION96.45
2.19-2.50.18761180.14352620X-RAY DIFFRACTION97.3
2.5-3.150.21111360.15742588X-RAY DIFFRACTION96.77
3.15-38.760.16041470.14942596X-RAY DIFFRACTION97.65
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.04832478548-0.4295792954810.1039230397943.5874158265-1.233475751132.238063539750.096328903267-0.157306384081-0.1847973571450.4009306346580.140153455268-0.0183529483772-0.0416421950271-0.05034542318480.01245102984160.151647762473-0.00225973715291-0.01196257417390.1186812969480.01203240553880.15734691900623.2875591362-14.4620743857-8.13717190643
25.40581449641-0.05495119984674.236070560462.26874166865-2.366973438765.963031667720.0224905653407-0.02926476890850.3716972962460.325534082977-0.115878937850.111283741843-0.476783359244-0.2748964066950.02838082055850.1281622970960.008726528910950.05284656634230.1524319467010.04176858343650.12309327366218.5284150396-2.25712827891-19.9334846211
33.615263194164.08363852001-2.228997676925.69234582093-3.98927290074.27511688641-0.0268017745464-0.210818379223-0.564468046278-0.272278187281-0.229621622159-0.4207010337190.324622637443-0.07314180125260.1005060480910.119102539321-0.0207913838461-0.003900994849520.124458116442-0.01134603158560.16980730447312.9726224919-21.8559059471-19.4357105791
44.104006542641.6069327272-2.084065685632.20311585382-0.7893978910812.645801124420.2080915471940.00644435945464-0.455256123085-0.0997995778979-0.276615714164-0.1556495448510.05657996803010.07901684971230.0544832905920.1374985582370.02936450402350.008572361602960.130886856663-0.0006320679772430.15439800365618.6680088038-19.5399901219-20.8361269118
56.386309117591.115928895895.442135887775.39459842657-0.3571687484128.28553981920.1090185621090.225760082388-0.0681529862478-0.498678173772-0.120931309967-0.21761178532-0.04821426543030.611862328137-0.1278086105720.1446466452790.02067723242720.03800539223990.1560500095140.01642806671120.12584073692128.1547230279-9.94672585807-23.967680914
61.920289169320.0600096247818-0.08226759730141.807496178620.5733652668361.16024889825-0.0329596955407-0.0453390196539-0.1840808459050.03923079380330.075347261746-0.02083882821560.05384270015370.07494505184540.004186872864970.1354843738230.01540888716840.004524464250520.1384428226940.01441283506020.11086958256421.5541088615-17.8059160788-14.1989410581
72.420104475542.040844051850.7171207654494.16705506112.55106733192.234372249160.157231643316-0.338244734881-0.2184351420210.2797972219240.00184894230132-0.02060317306030.299209899676-0.293718939640.1017404310660.1809128849360.01141276792870.005926153604320.1683644235220.02893748892260.13361448410210.7899758948-15.9507255762-9.27635971744
84.272173451092.290095630130.1214192727345.2741659458-1.072316700221.30159067595-0.0548627557469-0.07177604091450.2603597790440.144598369362-0.0579475749211-0.128986624666-0.1520321519170.1015414877680.05847850047390.105779128880.01556485838930.00433130486820.1397169782030.001848634075450.1198820568689.68511774009-8.80636119023-16.3550312976
91.61431081731-0.03544315687560.192805599734.4517878655-0.6560579301242.122343624850.05935050624520.0337896752639-0.0777614206570.379924131799-0.08758660696720.001931529321470.06869783083280.19835341339-0.02734223380310.1229846540760.0127204645820.00716515795430.14978673820.01814192854160.15020300309220.5524517868-11.9288423887-10.383229805
102.24360463461-0.53054495607-0.3725625429744.39967547101-1.676451523160.834949516582-0.09974553696590.21177175622-0.514874465552-0.323614316968-0.2802408390970.2378169828420.0715291134268-0.1438237061120.004540846156530.182111778807-0.003207484456270.03964417434530.156474432843-0.0291065718690.14653231792514.8072257504-12.9817169728-24.1254522026
113.217358444620.642414172866-0.3985060507921.66574592435-0.1441712625072.933649480560.1088366139930.1360334487030.165066376836-0.19195740926-0.110425025251-0.2650047436090.01291019826340.0217062675079-0.02009108922420.1057370150470.02146431907360.02036353900130.177549878260.04058062586720.1609183600619.83318391432.203230484560.713445028582
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143.51513771510.630821110707-5.09090637696.233178567130.6339907090567.80163417916-0.0167249210735-0.399473883663-0.1478468173730.5252402504320.0674102220943-0.1397642288790.5802929015780.1152106933470.02971271507890.160772848464-0.00751159252084-0.04380215739040.1579595214790.005162374468320.11732001685713.6394240613-2.1577599523516.7145006661
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172.377133988481.47730190187-1.685458394782.656770890341.058596511936.08362647858-0.0061968384842-0.3262246704560.457930427145-0.378078096127-0.1493508766130.535164055494-0.183534039003-0.5349308601890.008279827719640.124737891733-0.00679527873165-0.04034030326080.192135052527-0.05655654142860.2457583108660.1158138839372.527978945218.49944709046
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 250 through 261 )BA250 - 2611 - 12
22chain 'B' and (resid 262 through 268 )BA262 - 26813 - 19
33chain 'B' and (resid 269 through 276 )BA269 - 27620 - 27
44chain 'B' and (resid 277 through 283 )BA277 - 28328 - 34
55chain 'B' and (resid 284 through 292 )BA284 - 29235 - 43
66chain 'B' and (resid 293 through 304 )BA293 - 30444 - 55
77chain 'B' and (resid 305 through 313 )BA305 - 31356 - 64
88chain 'B' and (resid 314 through 323 )BA314 - 32365 - 74
99chain 'B' and (resid 324 through 335 )BA324 - 33575 - 86
1010chain 'G' and (resid 208 through 211 )GB208 - 2111 - 4
1111chain 'A' and (resid 250 through 261 )AC250 - 2611 - 12
1212chain 'A' and (resid 262 through 268 )AC262 - 26813 - 19
1313chain 'A' and (resid 269 through 283 )AC269 - 28320 - 34
1414chain 'A' and (resid 284 through 292 )AC284 - 29235 - 43
1515chain 'A' and (resid 293 through 313 )AC293 - 31344 - 64
1616chain 'A' and (resid 314 through 335 )AC314 - 33565 - 86
1717chain 'C' and (resid 205 through 211 )CD205 - 2111 - 7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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