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- PDB-7ntd: The structure of the SBP TarP_Csal in complex with ferulate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ntd
タイトルThe structure of the SBP TarP_Csal in complex with ferulate
要素TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit
キーワードTRANSPORT PROTEIN / TRAP transporter / solute binding protein / periplasmic / hydroxycinnamate / lignin
機能・相同性TRAP transporter solute receptor DctP / TRAP transporter solute receptor DctP superfamily / Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / transmembrane transport / metal ion binding / 3-(4-HYDROXY-3-METHOXYPHENYL)-2-PROPENOIC ACID / TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit
機能・相同性情報
生物種Chromohalobacter salexigens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Bisson, C. / Salmon, R.C. / West, L. / Rafferty, J.B. / Hitchcock, A. / Thomas, G.H. / Kelly, D.J.
資金援助1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2022
タイトル: The structural basis for high-affinity uptake of lignin-derived aromatic compounds by proteobacterial TRAP transporters.
著者: Bisson, C. / Salmon, R.C. / West, L. / Rafferty, J.B. / Hitchcock, A. / Thomas, G.H. / Kelly, D.J.
履歴
登録2021年3月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit
BBB: TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,1417
ポリマ－74,6082
非ポリマー5335
水8,503472
1
AAA: TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6184
ポリマ－37,3041
非ポリマー3153
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
BBB: TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5223
ポリマ－37,3041
非ポリマー2182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.860, 52.280, 68.530
Angle α, β, γ (deg.)101.680, 98.590, 104.900
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit


分子量: 37303.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal 6xHis tag and linker
由来: (組換発現) Chromohalobacter salexigens (strain ATCC BAA-138 / DSM 3043 / CIP 106854 / NCIMB 13768 / 1H11) (バクテリア)
株: ATCC BAA-138 / DSM 3043 / CIP 106854 / NCIMB 13768 / 1H11
遺伝子: Csal_0280 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1R0W5
#2: 化合物 ChemComp-FER / 3-(4-HYDROXY-3-METHOXYPHENYL)-2-PROPENOIC ACID / FERULIC ACID / フェルラ酸


分子量: 194.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H10O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 472 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.44 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris pH 8.5 and 20 % (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→48.89 Å / Num. obs: 62516 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.687 / Num. unique obs: 4572 / CC1/2: 0.47 / Rpim(I) all: 0.62 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7NSW

7nsw


解像度: 1.75→47.124 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 3.876 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.138 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2517 3047 4.875 %
Rwork0.1912 59460 -
all0.194 --
obs-62507 96.822 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 33.081 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.778 Å2-0.73 Å20.443 Å2
2--0.895 Å20.543 Å2
3---0.474 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→47.124 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5006 0 35 472 5513
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0135152
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174759
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4581.6467001
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3281.57310970
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6475640
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.66522.226283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.04515834
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3121536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2672
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025890
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021146
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.21091
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1760.24539
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.160.22467
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0780.22372
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2373
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0050.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1010.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2050.29
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1880.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1420.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it15.08532566
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other15.0692.9992565
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it14.3384.4413204
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other14.3364.4423205
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it32.7073.8722586
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other32.7063.8652581
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it24.5445.3223797
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other24.5045.3063792
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it23.34137.7085890
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other23.33937.7065891
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.7950.3822250.3384340X-RAY DIFFRACTION95.3425
1.795-1.8450.3522400.3114214X-RAY DIFFRACTION95.477
1.845-1.8980.3312220.264071X-RAY DIFFRACTION95.6125
1.898-1.9560.3322260.2324008X-RAY DIFFRACTION96.0526
1.956-2.020.3252040.2373911X-RAY DIFFRACTION96.483
2.02-2.0910.2811860.2073790X-RAY DIFFRACTION96.5986
2.091-2.170.3021520.2053685X-RAY DIFFRACTION96.3102
2.17-2.2580.2811640.1983531X-RAY DIFFRACTION97.0071
2.258-2.3580.2491700.1823385X-RAY DIFFRACTION96.8401
2.358-2.4730.2691810.1793218X-RAY DIFFRACTION97.1698
2.473-2.6070.2591490.1833104X-RAY DIFFRACTION97.3661
2.607-2.7640.2941490.1792932X-RAY DIFFRACTION97.5
2.764-2.9550.2351380.1722747X-RAY DIFFRACTION97.7635
2.955-3.190.2361300.1872546X-RAY DIFFRACTION98.1298
3.19-3.4930.2261130.1942412X-RAY DIFFRACTION98.1345
3.493-3.9030.2221170.1662146X-RAY DIFFRACTION98.3485
3.903-4.5020.197980.1511905X-RAY DIFFRACTION98.67
4.502-5.5020.188810.1591595X-RAY DIFFRACTION98.5303
5.502-7.7330.217610.2021241X-RAY DIFFRACTION97.4551
7.733-47.1240.268410.214679X-RAY DIFFRACTION96.9044

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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