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- PDB-7nt8: Influenza virus H3N2 nucleoprotein - R416A mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nt8
タイトルInfluenza virus H3N2 nucleoprotein - R416A mutant
要素Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme,Nucleoprotein
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Influenza virus / nucleoprotein / RNA-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / viral penetration into host nucleus / host cell / viral nucleocapsid / symbiont entry into host cell / ribonucleoprotein complex / host cell nucleus ...helical viral capsid / glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / viral penetration into host nucleus / host cell / viral nucleocapsid / symbiont entry into host cell / ribonucleoprotein complex / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Influenza virus nucleoprotein (NP) / Influenza virus nucleoprotein / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. ...Influenza virus nucleoprotein (NP) / Influenza virus nucleoprotein / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Schistosoma japonicum (にほんじゅうけつきゅうちゅう)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Keown, J.R. / Knight, M.L. / Grimes, J.M. / Fodor, E.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust200835/Z/16/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/R009945/1 英国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Structure of an H3N2 influenza virus nucleoprotein.
著者: Knight, M.L. / Fan, H. / Bauer, D.L.V. / Grimes, J.M. / Fodor, E. / Keown, J.R.
履歴
登録2021年3月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme,Nucleoprotein
B: Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme,Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,7782
ポリマ－165,7782
非ポリマー00
水91951
1
A: Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme,Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,8891
ポリマ－82,8891
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme,Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,8891
ポリマ－82,8891
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.775, 63.376, 105.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.318, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme,Nucleoprotein / GST 26 / Sj26 antigen / SjGST / Nucleocapsid protein / Protein N


分子量: 82888.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schistosoma japonicum (にほんじゅうけつきゅうちゅう), (組換発現) Influenza A virus (A/Northern Territory/60/1968(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: NP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P08515, UniProt: Q1AR08, glutathione transferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10% w/v PEG 8000, 20% v/v ethylene glycol, 0.02 M of each alcohol (1,6-hexanediol, 0.2 M 1-butanol, 0.2 M (RS)-1,2- propanediol, 0.2 M 2-propanol, 0.2 M 1,4-butanediol, 0.2 M 1,3-propanediol) ...詳細: 10% w/v PEG 8000, 20% v/v ethylene glycol, 0.02 M of each alcohol (1,6-hexanediol, 0.2 M 1-butanol, 0.2 M (RS)-1,2- propanediol, 0.2 M 2-propanol, 0.2 M 1,4-butanediol, 0.2 M 1,3-propanediol), 0.1 M MES/imidazole pH 6.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.22→86.85 Å / Num. obs: 38053 / % possible obs: 90.9 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 46.09 Å2 / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2.22→2.3 Å / Num. unique obs: 203 / CC1/2: 0.51 / % possible all: 55.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18rc2_3794精密化
PHASER位相決定
XDSdata processing
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ZDP

3zdp


解像度: 2.22→86.85 Å / SU ML: 0.2667 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.6091
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2648 1830 4.81 %
Rwork0.2122 36223 -
obs0.2147 38053 66.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 59.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.22→86.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6762 0 0 51 6813
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00316875
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53549232
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0373980
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00291212
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0075958
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.22-2.280.334660.2455108X-RAY DIFFRACTION2.63
2.28-2.350.3428200.2709432X-RAY DIFFRACTION10.43
2.35-2.430.3555430.299891X-RAY DIFFRACTION21.43
2.43-2.510.2729630.30471398X-RAY DIFFRACTION33.49
2.51-2.610.3321720.29581909X-RAY DIFFRACTION45.61
2.61-2.730.36721500.29782713X-RAY DIFFRACTION65.28
2.73-2.880.31781870.27813592X-RAY DIFFRACTION86.48
2.88-3.060.29261990.27584128X-RAY DIFFRACTION99.06
3.06-3.290.31342110.25464175X-RAY DIFFRACTION99.95
3.29-3.620.29592200.21754177X-RAY DIFFRACTION99.98
3.62-4.150.26712130.18344187X-RAY DIFFRACTION99.77
4.15-5.220.21272000.17324237X-RAY DIFFRACTION99.78
5.23-86.850.22962460.18564276X-RAY DIFFRACTION99.49
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.54959020347-0.0560652944336-0.07088775130733.35036467804-0.8445401566162.16354703861-0.1066521571670.3923484605711.209800579780.0408679827485-0.139111598122-0.305517377877-0.2558328595080.3432910420350.1756868436520.297760433304-0.0778077313778-0.07298649056250.3689665139220.1711070515130.59692775684111.33878755368.6870556537410.1541195652
23.08953043399-0.3662922282220.7439967766253.09526979917-1.789980656164.94662401380.3436650913320.885948671046-0.73157747809-0.601734910588-0.08786863716920.3280437017020.729803613280.24710391953-0.06434588150740.4231315181410.04742005731760.07230441932030.772504047295-0.007773441186230.68163893850210.6424834209-4.52879717711.93862316506
33.790483806170.1129519260860.464196011942.39308685521-1.157958941922.25912610539-0.092551944820.7656119648980.657854806369-0.226215002996-0.105826813357-0.265487013999-0.06960361292490.4117624069040.2981608250430.326665729547-0.0003514552296450.002830513860290.3745581403930.1258241372810.3962582685911.63656203152.422840126118.42375604841
45.128588364021.61738124417-0.6117136125573.26833409551-0.466079117632.16996181238-0.0976363650097-0.279078916237-0.1662978657210.150442821216-0.0926046547921-0.3974292547130.1124342765850.122224914540.09928560081210.2632618023790.0511821801933-0.01180775502520.311140605502-0.02151578653470.347626707153-2.36376323003-5.4417724474621.0689386779
54.782046285211.66684923491-0.8602119030734.14259477639-1.946899071784.79842878687-0.0631395308651-0.6454700116970.1718832384140.419695031449-0.03979492303080.1241456763910.0503816309932-0.07730378540670.08611252309490.1762115794340.138686506121-0.04977128097240.428549335554-0.1248523803580.429588768258-13.4895853325-4.4651799669425.6287167375
65.576716179361.42373290247-0.4038306376395.590913228951.996815411213.08645782296-0.0812483112093-0.5794017615861.195297909730.266841709632-0.1644109810031.17507639656-0.471736391245-0.03951344628090.2390445889560.5307873621440.02280172052430.002131091397250.4971655990850.04035091910510.709767926738-12.9658730297.7700420449922.8224260471
74.68624320509-0.5835092708110.3571987955863.562488155460.3248118046193.095256903340.03105224839280.344124519724-0.610636929106-0.3675349542510.07196715461210.5011665105230.144859882579-0.202310264671-0.02539236962110.263371419746-0.0124791265872-0.00322184469940.2823173765080.03712785023260.32633251799834.3997299057-13.987416577618.262127909
83.86019867021-1.74054944007-0.8475932641253.69562956945-0.9670542230922.0580017461-0.1131350618350.3904398458210.0177007901817-0.4945407044350.192750270250.301917600049-0.416585662162-0.12725721424-0.1369433747130.4694967171520.00567919680324-0.00988722227910.3175133047640.002575411318650.33046042092144.900656300510.697063957223.6576832641
92.806596617150.3115960582660.08683140404722.10346785658-0.05508824345751.75041183909-0.0615067584427-0.399920016698-0.08558887965470.2511257831730.1009719147470.120029712846-0.1873082484760.014033049937-0.04210161788870.3687782509090.05031733115020.05648063192850.4297725189550.03323559190620.23118540746244.0957573382-3.4052064566134.4961675038
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 21 through 72 )AA21 - 721 - 52
22chain 'A' and (resid 73 through 102 )AA73 - 10253 - 82
33chain 'A' and (resid 103 through 147 )AA103 - 14783 - 127
44chain 'A' and (resid 148 through 370 )AA148 - 370128 - 350
55chain 'A' and (resid 371 through 450 )AA371 - 450351 - 402
66chain 'A' and (resid 451 through 497 )AA451 - 497403 - 439
77chain 'B' and (resid 20 through 147 )BB20 - 1471 - 125
88chain 'B' and (resid 148 through 208 )BB148 - 208126 - 186
99chain 'B' and (resid 209 through 497 )BB209 - 497187 - 419

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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