PDB-7nsz: Drosophila PGRP-LB Y78F mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nsz

タイトル

Drosophila PGRP-LB Y78F mutant

要素

Isoform A of Peptidoglycan-recognition protein LB

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Peptidoglycan recognition protein / PGRP / PGRP-LB / Drosophila

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of biosynthetic process of antibacterial peptides active against Gram-negative bacteria / negative regulation of peptidoglycan recognition protein signaling pathway / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / peptidoglycan binding / peptidoglycan catabolic process / defense response to Gram-positive bacterium / innate immune response / zinc ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Orlans, J. / Aller, P. / Da Silva, P.

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2021
タイトル: PGRP-LB: An Inside View into the Mechanism of the Amidase Reaction.
著者: Orlans, J. / Vincent-Monegat, C. / Rahioui, I. / Sivignon, C. / Butryn, A. / Soulere, L. / Zaidman-Remy, A. / Orville, A.M. / Heddi, A. / Aller, P. / Da Silva, P.

履歴

登録	2021年3月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年5月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nsz.cif.gz	55.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nsz.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nsz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7nsz_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nsz_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7nsz_validation.xml.gz	10.1 KB	表示
CIF形式データ	7nsz_validation.cif.gz	14.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/7nsz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/7nsz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nsxC 7nsyC 7nt0C 1ohtS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1oht-d 4xfu-2 6fa2-2 3sea-2 5fre-3 5vay-1 6fa2-5 3gft-2 6fa4-4 4eo7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Isoform A of Peptidoglycan-recognition protein LB

ヘテロ分子

24.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.502, 40.502, 338.941
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	Isoform A of Peptidoglycan-recognition protein LB / PGRP-LB 分子量: 23771.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Please can you count the first two residue as -1 and -2 because they belong to the cleavage site of the tag. The number 1 of the sequence would be third residue. 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: PGRP-LB, CG14704 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8INK6, N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 27.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M Sodium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.0, 20 % w/v PEG 6000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.3→338.94 Å / Num. obs: 42802 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 31.5 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.096 / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 20.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
7.12-338.94	24.2	0.054	398	0.985	0.013	0.055
1.3-1.32	13	0.443	1995	0.955	0.176	0.478

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless	0.7.4	データ削減
DIALS		data processing
Coot		モデル構築
GDA		データ収集
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1OHT

1oht

解像度: 1.3→56.554 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 0.805 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.056

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2207	2133	5.009 %
R_work	0.1864	40449	-
all	0.188	-	-
obs	-	42582	99.939 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.906 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.147 Å²	0.073 Å²	0 Å²
2-	-	0.147 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.476 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→56.554 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1337	0	17	136	1490

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	1405
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1266
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.904	1.644	1910
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.524	1.579	2922
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.009	5	175
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.19	21.37	73
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.466	15	212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.455	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	174
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	1599
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	335
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	267
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	1228
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	691
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	617
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	85
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.231	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.26	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.063	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.288	1.291	691
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.277	1.288	689
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.868	1.937	863
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.861	1.936	863
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.099	1.515	714
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.099	1.515	712
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.098	2.199	1045
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.096	2.199	1046
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.116	16.213	1589
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.115	16.218	1590

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3-1.334	0.304	140	0.27	2843	X-RAY DIFFRACTION	99.1359
1.334-1.37	0.239	139	0.242	2858	X-RAY DIFFRACTION	100
1.37-1.41	0.292	149	0.22	2774	X-RAY DIFFRACTION	100
1.41-1.453	0.212	152	0.215	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
1.453-1.501	0.213	138	0.202	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
1.501-1.554	0.221	129	0.201	2557	X-RAY DIFFRACTION	100
1.554-1.612	0.243	132	0.191	2416	X-RAY DIFFRACTION	100
1.612-1.678	0.198	127	0.192	2368	X-RAY DIFFRACTION	100
1.678-1.753	0.207	119	0.179	2282	X-RAY DIFFRACTION	100
1.753-1.838	0.218	111	0.184	2201	X-RAY DIFFRACTION	100
1.838-1.938	0.223	120	0.185	2062	X-RAY DIFFRACTION	100
1.938-2.055	0.198	95	0.184	1989	X-RAY DIFFRACTION	100
2.055-2.197	0.2	88	0.188	1880	X-RAY DIFFRACTION	100
2.197-2.373	0.207	83	0.181	1780	X-RAY DIFFRACTION	100
2.373-2.6	0.202	84	0.166	1630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.907	0.214	82	0.174	1518	X-RAY DIFFRACTION	100
2.907-3.356	0.191	82	0.16	1325	X-RAY DIFFRACTION	100
3.356-4.111	0.234	69	0.162	1161	X-RAY DIFFRACTION	100
4.111-5.813	0.209	55	0.188	936	X-RAY DIFFRACTION	100
5.813-56.554	0.355	39	0.242	584	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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