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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7nsd | ||||||||||||
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タイトル | Triphosphate tunnel metalloenzyme from Sulfolobus acidocaldarius in complex with ATP and calcium | ||||||||||||
![]() | Triphosphate tunnel metalloenzyme Saci_0718 | ||||||||||||
![]() | HYDROLASE / TTM / CYTH / ATP | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Vogt, M.S. / Essen, L.-O. / Banerjee, A. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The archaeal triphosphate tunnel metalloenzyme SaTTM defines structural determinants for the diverse activities in the CYTH protein family. 著者: Vogt, M.S. / Ngouoko Nguepbeu, R.R. / Mohr, M.K.F. / Albers, S.V. / Essen, L.O. / Banerjee, A. #1: ![]() タイトル: The archaeal triphosphate tunnel metalloenzyme Sa TTM defines structural determinants for the diverse activities in the CYTH protein family 著者: Vogt, M.S. / Nguepbeu, R.R.N. / Mohr, M.K.F. / Albers, S.V. / Essen, L.O. / Banerjee, A. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 136.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 98 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23698.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770 遺伝子: Saci_0718 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q4JAT2 | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-ACT / | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-ATP / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.61 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: Reservoir: 0.2 M Calcium acetate, 0.1 M MES pH 6.0, 20% (w/v) PEG 8000 Protein buffer: 200 mM NaCl, 50 mM Tris, pH 9.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.19→45.75 Å / Num. obs: 14072 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 48.39 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 17.15 |
反射 シェル | 解像度: 2.19→2.269 Å / Num. unique obs: 1367 / CC1/2: 0.861 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7NS9 解像度: 2.19→45.75 Å / SU ML: 0.3632 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.7477 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 63.42 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.19→45.75 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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