PDB-7nr1: Crystal structure of holo-S116A mutant of Hydroxy ketone aldolase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nr1

タイトル

Crystal structure of holo-S116A mutant of Hydroxy ketone aldolase (SwHKA) from Sphingomonas wittichii RW1

要素

HpcH/HpaI aldolase

キーワード

LYASE / Class II pyruvate aldolase / Metal dependent aldolase / aldol reaction / Magnesium / carbon bond formation

機能・相同性

HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase domain / HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / catalytic activity / HpcH/HpaI aldolase

機能・相同性情報

生物種

Sphingomonas wittichii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Justo, I. / Marsden, S.R. / Hanefeld, U. / Bento, I.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2022
タイトル: Substrate Induced Movement of the Metal Cofactor between Active and Resting State.
著者: Marsden, S.R. / Wijma, H.J. / Mohr, M.K.F. / Justo, I. / Hagedoorn, P.L. / Laustsen, J. / Jeffries, C.M. / Svergun, D. / Mestrom, L. / McMillan, D.G.G. / Bento, I. / Hanefeld, U.

履歴

登録	2021年3月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年10月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年11月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2022年12月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.4	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nr1.cif.gz	193.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nr1.ent.gz	149.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nr1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7nr1_validation.pdf.gz	526.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nr1_full_validation.pdf.gz	527.7 KB	表示
XML形式データ	7nr1_validation.xml.gz	18.4 KB	表示
CIF形式データ	7nr1_validation.cif.gz	25.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/7nr1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/7nr1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nnkC 7nujC 7o5iC 7o5rC 7o5vC 7o5wC 7o87C 7o9rC 7obuC 8adqC 6r62S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: HpcH/HpaI aldolase

B: HpcH/HpaI aldolase

ヘテロ分子

53.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HpcH/HpaI aldolase

B: HpcH/HpaI aldolase

ヘテロ分子

A: HpcH/HpaI aldolase

B: HpcH/HpaI aldolase

ヘテロ分子

A: HpcH/HpaI aldolase

B: HpcH/HpaI aldolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
160 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.052, 71.052, 222.689
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-420- HOH
2	1	A-425- HOH
3	1	A-435- HOH
4	1	A-436- HOH
5	1	A-437- HOH
6	1	A-438- HOH
7	1	A-439- HOH
8	1	B-322- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 1 - 251 / Label seq-ID: 1 - 251

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	HpcH/HpaI aldolase 分子量: 26630.377 Da / 分子数: 2 / 変異: S116A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sphingomonas wittichii (strain RW1 / DSM 6014 / JCM 10273) (バクテリア) 株: RW1 / DSM 6014 / JCM 10273 / 遺伝子: Swit_5035 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5VH82
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.58 %
結晶化	温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 400, HEPES, Magnesium Chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月17日

放射

モノクロメーター: Oxford-FNB / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9763 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→74.23 Å / Num. obs: 18614 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.5 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.189 / R_pim(I) all: 0.102 / R_rim(I) all: 0.215 / Net I/σ(I): 7.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
8.91-74.23	9.8	0.057	326	0.999	0.028	0.064	99.8
2.3-2.38	6.1	1.418	1792	0.408	0.934	1.706	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6R62

6r62

解像度: 2.3→59.31 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 10.882 / SU ML: 0.246 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.627 / ESU R Free: 0.273 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2512	910	4.894 %
R_work	0.2149	17684	-
all	0.217	-	-
obs	-	18594	99.882 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.21 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.303 Å²	-0.151 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.303 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.982 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→59.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3744	0	1	63	3808

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	3822
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	3672
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.482	1.632	5192
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.109	1.573	8408
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.41	5	500
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.717	20.816	196
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.554	15	588
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.183	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	506
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4412
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	864
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.144	0.2	629
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.126	0.2	3317
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.125	0.2	1812
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.069	0.2	1816
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.088	0.2	97
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.072	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.121	0.2	97
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.069	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.485	4.1	2006
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.485	4.1	2005
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.383	6.147	2504
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.382	6.148	2505
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.558	4.316	1816
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.542	4.318	1812
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.62	6.392	2688
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.618	6.393	2688
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.059	48.478	3899
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.058	48.486	3898
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.069	0.05	7667

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06927	0.05009
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06927	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.3-2.36	0.338	55	0.327	1311	0.328	1368	0.673	0.695	99.8538	0.324
2.36-2.424	0.318	67	0.317	1248	0.317	1315	0.758	0.731	100	0.312
2.424-2.494	0.352	75	0.284	1243	0.288	1319	0.761	0.782	99.9242	0.277
2.494-2.571	0.27	78	0.274	1195	0.273	1273	0.826	0.818	100	0.266
2.571-2.655	0.309	64	0.264	1157	0.266	1222	0.823	0.855	99.9182	0.25
2.655-2.748	0.281	87	0.23	1102	0.233	1189	0.868	0.897	100	0.215
2.748-2.852	0.282	47	0.233	1109	0.235	1156	0.862	0.897	100	0.213
2.852-2.968	0.329	47	0.235	1050	0.239	1097	0.856	0.895	100	0.212
2.968-3.099	0.259	44	0.228	1014	0.229	1058	0.881	0.891	100	0.206
3.099-3.25	0.29	44	0.208	966	0.212	1011	0.895	0.908	99.9011	0.19
3.25-3.426	0.218	43	0.196	919	0.197	962	0.919	0.936	100	0.179
3.426-3.633	0.205	40	0.178	853	0.179	896	0.941	0.942	99.6652	0.167
3.633-3.882	0.286	37	0.193	829	0.196	867	0.903	0.934	99.8847	0.181
3.882-4.192	0.205	32	0.173	768	0.174	801	0.954	0.952	99.8752	0.163
4.192-4.59	0.175	33	0.179	686	0.178	722	0.962	0.956	99.5845	0.171
4.59-5.128	0.232	39	0.18	624	0.183	666	0.942	0.956	99.5496	0.177
5.128-5.913	0.382	13	0.2	581	0.204	596	0.91	0.94	99.6644	0.194
5.913-7.225	0.225	33	0.201	462	0.203	497	0.931	0.941	99.5976	0.195
7.225-10.142	0.17	23	0.2	358	0.199	382	0.97	0.965	99.7382	0.196
10.142-59.31	0.154	9	0.239	209	0.236	218	0.972	0.962	100	0.238

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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