PDB-7nnk: Crystal structure of S116A mutant of hydroxy ketone aldolase (SwH...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nnk

タイトル

Crystal structure of S116A mutant of hydroxy ketone aldolase (SwHKA) from Sphingomonas wittichii RW1 in complex with hydroxypyruvate

要素

HpcH/HpaI aldolase

キーワード

LYASE / Class II Pyruvate Aldolase / Metal Dependent / Aldol Reaction / Hydroxypyruvate / Pyruvate / Aldolase / Class II

機能・相同性

HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase domain / HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / catalytic activity / 3-HYDROXYPYRUVIC ACID / HpcH/HpaI aldolase

機能・相同性情報

生物種

Sphingomonas wittichii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Justo, I. / Marsden, S.R. / Hanefeld, U. / Bento, I.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2022
タイトル: Substrate Induced Movement of the Metal Cofactor between Active and Resting State.
著者: Marsden, S.R. / Wijma, H.J. / Mohr, M.K.F. / Justo, I. / Hagedoorn, P.L. / Laustsen, J. / Jeffries, C.M. / Svergun, D. / Mestrom, L. / McMillan, D.G.G. / Bento, I. / Hanefeld, U.

履歴

登録	2021年2月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年12月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nnk.cif.gz	201.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nnk.ent.gz	156.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nnk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/7nnk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/7nnk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nr1C 7nujC 7o5iC 7o5rC 7o5vC 7o5wC 7o87C 7o9rC 7obuC 8adqC 6r62S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: HpcH/HpaI aldolase

B: HpcH/HpaI aldolase

ヘテロ分子

53.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HpcH/HpaI aldolase

B: HpcH/HpaI aldolase

ヘテロ分子

A: HpcH/HpaI aldolase

B: HpcH/HpaI aldolase

ヘテロ分子

A: HpcH/HpaI aldolase

B: HpcH/HpaI aldolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
161 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.327, 71.327, 223.185
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-403- HOH
2	1	A-454- HOH
3	1	A-534- HOH
4	1	A-559- HOH
5	1	A-562- HOH
6	1	A-563- HOH
7	1	A-564- HOH
8	1	B-403- HOH
9	1	B-533- HOH

#1: タンパク質	HpcH/HpaI aldolase / Hydroxy Ketoacid Aldolase 分子量: 26768.525 Da / 分子数: 2 / 変異: S116A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sphingomonas wittichii (strain RW1 / DSM 6014 / JCM 10273) (バクテリア) 株: RW1 / DSM 6014 / JCM 10273 / 遺伝子: Swit_5035 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5VH82
#2: 化合物	ChemComp-3PY / 3-HYDROXYPYRUVIC ACID / ヒドロキシピルビン酸分子量: 104.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.1 %
結晶化	温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG400, HEPES, Magnesium Chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月17日

放射

モノクロメーター: Oxford-FNB / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9763 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→74.39 Å / Num. obs: 38705 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.101 / R_pim(I) all: 0.085 / R_rim(I) all: 0.132 / Net I/σ(I): 8.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
9-74.39	3.6	0.026	297	0.999	0.022	0.035	92.8
1.8-1.84	3.2	1.196	2292	0.365	1.037	1.589	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6R62

6r62

解像度: 1.8→59.533 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / WR_factor R_free: 0.206 / WR_factor R_work: 0.171 / SU B: 3.708 / SU ML: 0.111 / Average fsc free: 0.8879 / Average fsc work: 0.9052 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.138 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2247	1936	5.002 %
R_work	0.1831	36765	-
all	0.185	-	-
obs	-	38701	98.533 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.099 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.165 Å²	-0.083 Å²	0 Å²
2-	-	-0.165 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.536 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→59.533 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3731	0	9	299	4039

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	3886
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	3700
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.666	1.633	5282
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.343	1.574	8488
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.954	5	517
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.644	21.005	199
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.608	15	592
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.454	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	516
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	4508
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	874
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.184	0.2	702
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.146	0.2	3353
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.142	0.2	1842
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	1789
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	235
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.116	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.122	0.2	116
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.002	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.529	2.216	2038
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.525	2.217	2036
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.113	3.317	2553
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.112	3.317	2554
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.083	2.44	1848
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.074	2.44	1843
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.139	3.575	2725
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.138	3.574	2726
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.351	26.959	4141
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.185	26.668	4079

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.8-1.847	0.315	175	0.289	2706	0.29	2907	0.725	0.73	99.1056	0.285
1.847-1.897	0.295	147	0.257	2644	0.259	2820	0.794	0.826	98.9716	0.25
1.897-1.952	0.274	112	0.231	2603	0.233	2742	0.842	0.869	99.0153	0.219
1.952-2.012	0.299	134	0.223	2508	0.227	2673	0.855	0.872	98.8403	0.204
2.012-2.078	0.229	113	0.195	2456	0.197	2604	0.904	0.907	98.6559	0.176
2.078-2.151	0.246	89	0.19	2385	0.192	2496	0.909	0.917	99.1186	0.169
2.151-2.232	0.242	93	0.179	2346	0.181	2456	0.909	0.926	99.3078	0.158
2.232-2.323	0.219	134	0.176	2121	0.178	2286	0.927	0.937	98.6439	0.154
2.323-2.426	0.23	134	0.162	2096	0.166	2247	0.93	0.948	99.2434	0.144
2.426-2.544	0.186	115	0.154	1981	0.156	2133	0.946	0.952	98.2654	0.138
2.544-2.682	0.219	105	0.165	1910	0.168	2036	0.935	0.949	98.9686	0.148
2.682-2.844	0.24	66	0.16	1826	0.162	1918	0.934	0.955	98.6444	0.145
2.844-3.04	0.185	85	0.166	1685	0.167	1789	0.944	0.953	98.938	0.155
3.04-3.283	0.196	102	0.177	1548	0.178	1687	0.934	0.944	97.8068	0.166
3.283-3.595	0.227	82	0.176	1418	0.179	1551	0.928	0.941	96.7118	0.171
3.595-4.018	0.25	72	0.17	1275	0.174	1392	0.881	0.936	96.7672	0.169
4.018-4.636	0.206	61	0.17	1146	0.172	1228	0.926	0.941	98.2899	0.171
4.636-5.669	0.192	55	0.173	969	0.174	1047	0.948	0.952	97.8032	0.176
5.669-7.981	0.232	38	0.201	734	0.202	806	0.908	0.929	95.7816	0.204
7.981-59.533	0.173	24	0.2	407	0.199	457	0.971	0.954	94.3107	0.205

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