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- PDB-7nmq: Bacillus cereus HblL1 toxin component -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nmq
タイトルBacillus cereus HblL1 toxin component
要素Hemolysin BL lytic component L1
キーワードTOXIN / Bacillus cereus / Haemolysin BL / alpha helical pore forming toxin
機能・相同性
機能・相同性情報


Hemolysin BL-binding component / Bacillus haemolytic enterotoxin (HBL) / : / Hemolysin E; Chain: A; / Hemolysin E; Chain: A; - #10 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Hemolysin BL lytic component L1
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.36 Å
データ登録者Rizkallah, P.J. / Berry, C.
資金援助 英国, 米国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M009122/1 英国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Toxins / 年: 2021
タイトル: The Crystal Structure of Bacillus cereus HblL 1 .
著者: Worthy, H.L. / Williamson, L.J. / Auhim, H.S. / Leppla, S.H. / Sastalla, I. / Jones, D.D. / Rizkallah, P.J. / Berry, C.
履歴
登録2021年2月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年4月21日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / struct / Item: _citation.title / _struct.title
改定 1.32021年4月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemolysin BL lytic component L1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9748
ポリマ－39,4071
非ポリマー5677
水8,809489
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1430 Å2
ΔGint17 kcal/mol
Surface area16080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.660, 72.960, 133.050
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Hemolysin BL lytic component L1 / Hemolysin BL-binding component / Hemolysin D / Hemolytic enterotoxin HBL lytic component L1


分子量: 39407.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア)
遺伝子: hblD, hblA_3, hblA_5, A9485_22250, B4080_2259, BACERE00184_05564, BLD50_23415, BLX06_15130, C1N66_23990, C6A78_05365, C6Y54_18295, CJ306_16805, CN357_02795, CN490_15095, CN508_00570, CN516_ ...遺伝子: hblD, hblA_3, hblA_5, A9485_22250, B4080_2259, BACERE00184_05564, BLD50_23415, BLX06_15130, C1N66_23990, C6A78_05365, C6Y54_18295, CJ306_16805, CN357_02795, CN490_15095, CN508_00570, CN516_18660, CN950_19490, CN959_26890, CN980_29445, COA01_24215, COA24_28650, COA26_17090, COC69_20455, COD14_28250, COD86_04255, COI98_28045, COK33_32670, CON36_29700, CON37_30715, CSW12_15440, D0437_29230, DR116_0005010, FC693_25985, FHP23_10995, FHR06_03165, FOC92_03975, FORC47_2296, FXB61_000321, HLB41_12235, NCTC7464_00229, TU58_21945, TU68_26310
発現宿主: Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株 (発現宿主): BH460 / 参照: UniProt: Q1XBV1
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 489 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M cacodylate Bis Tris propionate, 25% w/v PEG 1500, pH 4.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.36→64.05 Å / Num. obs: 77106 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.36-1.384.61.3571687636980.3970.7011.534199
7.45-63.975.10.02228735650.9990.0110.0253698.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5KUD

5kud


解像度: 1.36→64.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 2.516 / SU ML: 0.048 / SU R Cruickshank DPI: 0.0632 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.06 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1994 3764 4.9 %RANDOM
Rwork0.1623 ---
obs0.1641 73264 99.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 72.75 Å2 / Biso mean: 17.393 Å2 / Biso min: 10.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å20 Å2
2--1.12 Å2-0 Å2
3----1.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.36→64.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2769 0 37 489 3295
Biso mean--32.58 29.81 -
残基数----365
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0133065
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172962
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6861.634164
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6211.5876859
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3655415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.93526.741135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.20315556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.889154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2413
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023647
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02649
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.6733035
LS精密化 シェル解像度: 1.36→1.395 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 281 -
Rwork0.332 5260 -
all-5541 -
obs--98.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.35760.83920.20332.64160.64050.1951-0.0041-0.0035-0.00530.03240.01190.01090.0198-0.0054-0.00770.0754-0.0043-0.00170.00260.00050.121716.92593.57111.824
21.33160.9084-0.021.205-0.18360.87550.0054-0.01880.044-0.040.0120.0186-0.0451-0.0015-0.01740.04980.00420.00170.00560.0060.1358.644108.39826.308
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A42 - 210
2X-RAY DIFFRACTION1A315 - 406
3X-RAY DIFFRACTION2A211 - 314

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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