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- PDB-7nlc: Crystallographic structure of human Tsg101 UEV domain in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nlc
タイトルCrystallographic structure of human Tsg101 UEV domain in complex with a HEV ORF3 peptide
要素
  • Protein ORF3
  • Tsg101 UEV domain
キーワードPROTEIN TRANSPORT / HEV / proline-rich / ESCRT-I complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of viral budding via host ESCRT complex / positive regulation of ubiquitin-dependent endocytosis / extracellular transport / ESCRT I complex / negative regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / regulation of extracellular exosome assembly / viral budding / regulation of MAP kinase activity / exosomal secretion / protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway ...positive regulation of viral budding via host ESCRT complex / positive regulation of ubiquitin-dependent endocytosis / extracellular transport / ESCRT I complex / negative regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / regulation of extracellular exosome assembly / viral budding / regulation of MAP kinase activity / exosomal secretion / protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / positive regulation of exosomal secretion / membrane fission / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / multivesicular body assembly / Flemming body / virion binding / endosome to lysosome transport / viral budding via host ESCRT complex / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / viral release from host cell / autophagosome maturation / keratinocyte differentiation / multivesicular body / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / HCMV Late Events / ubiquitin binding / regulation of cell growth / macroautophagy / Late endosomal microautophagy / Budding and maturation of HIV virion / protein modification process / calcium-dependent protein binding / transcription corepressor activity / late endosome membrane / late endosome / early endosome membrane / early endosome / regulation of cell cycle / endosome / endosome membrane / host cell endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of cell population proliferation / cell division / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / nucleolus / host cell plasma membrane / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / DNA binding / extracellular exosome / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hepatitis E virus Orf2, capsid / Hepatitis E virus ORF-2 (Putative capsid protein) / Steadiness box (SB) domain / Vps23 core domain / Steadiness box (SB) domain profile. / Ubiquitin E2 variant, N-terminal / : / UEV domain / UEV domain profile. / ESCRT assembly domain ...Hepatitis E virus Orf2, capsid / Hepatitis E virus ORF-2 (Putative capsid protein) / Steadiness box (SB) domain / Vps23 core domain / Steadiness box (SB) domain profile. / Ubiquitin E2 variant, N-terminal / : / UEV domain / UEV domain profile. / ESCRT assembly domain / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like
類似検索 - ドメイン・相同性
AMMONIUM ION / Protein ORF3 / Tumor susceptibility gene 101 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Hepatitis E virus (E 型肝炎ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.398 Å
データ登録者Moschidi, D. / Dupre, E. / Villeret, V. / Hanoulle, X.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de Recherches Sur le Sida et les Hepatites Virales (ANRS)ECTZ101316 フランス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystallographic structure of human Tsg101 UEV domain in complex with a HEV ORF3 peptide
著者: Moschidi, D. / Dupre, E. / Villeret, V. / Hanoulle, X.
履歴
登録2021年2月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tsg101 UEV domain
B: Protein ORF3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,79355
ポリマ－17,7252
非ポリマー1,06953
水1,60389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7610 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area8260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.570, 42.570, 188.160
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Tsg101 UEV domain / ESCRT-I complex subunit TSG101 / Tumor susceptibility gene 101 protein


分子量: 16761.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TSG101 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99816
#2: タンパク質・ペプチド Protein ORF3


分子量: 963.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Hepatitis E virus (E 型肝炎ウイルス)
参照: UniProt: E9N3C1

-
非ポリマー , 4種, 142分子

#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物...
ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.85 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: 0.1M Citric Acid, 2M Ammonium sulfate pH 3.5, 13.34% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.980108 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.980108 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.398→47.084 Å / Num. obs: 35532 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.6 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 23.7
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / Num. unique obs: 5587 / CC1/2: 0.875

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Cootモデル構築
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OBQ

3obq


解像度: 1.398→47.084 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 1.334 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.07 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 1777 5.001 %
Rwork0.2199 33754 -
all0.221 --
obs-35531 99.952 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 24.312 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.244 Å2-0 Å20 Å2
2--0.244 Å20 Å2
3----0.489 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.398→47.084 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1210 0 57 89 1356
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0131314
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171251
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7861.6581815
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3741.5712909
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2825168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.86422.552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.0315214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.385155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2175
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.021468
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02270
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.2261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1860.21115
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1930.2620
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.080.2638
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1810.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.3190.211
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2270.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1370.28
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.398-1.4340.4641280.4642439X-RAY DIFFRACTION99.4191
1.434-1.4740.4411250.3922375X-RAY DIFFRACTION100
1.474-1.5160.3041220.3042318X-RAY DIFFRACTION100
1.516-1.5630.3361180.2922230X-RAY DIFFRACTION100
1.563-1.6140.2651150.2652189X-RAY DIFFRACTION100
1.614-1.6710.2611120.2612127X-RAY DIFFRACTION100
1.671-1.7340.2471070.2472036X-RAY DIFFRACTION100
1.734-1.8050.2761040.2471977X-RAY DIFFRACTION100
1.805-1.8850.2531010.2371909X-RAY DIFFRACTION100
1.885-1.9770.237950.2231821X-RAY DIFFRACTION100
1.977-2.0840.278920.2341742X-RAY DIFFRACTION100
2.084-2.2110.241870.221660X-RAY DIFFRACTION100
2.211-2.3630.221830.211573X-RAY DIFFRACTION100
2.363-2.5520.218760.2051447X-RAY DIFFRACTION100
2.552-2.7960.227720.1951366X-RAY DIFFRACTION100
2.796-3.1260.229650.21232X-RAY DIFFRACTION100
3.126-3.6090.205590.21110X-RAY DIFFRACTION100
3.609-4.420.162500.151956X-RAY DIFFRACTION100
4.42-6.2490.286410.214775X-RAY DIFFRACTION100
6.249-100.252250.252472X-RAY DIFFRACTION99.5992

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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