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- PDB-7njc: Crystal structure of the Toxoplasma CPSF4 YTH-domain in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7njc
タイトルCrystal structure of the Toxoplasma CPSF4 YTH-domain in complex with a 7 mer m6A-modified RNA
要素
  • RNA (5'-R(*(6MZ)P*CP*A)-3')
  • Zinc finger (CCCH type) motif-containing protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN / YTH / Cleavage and Polyadenylation / RNA / m6A / RNA recognition protein
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
YTH domain containing protein / YTH domain / YT521-B-like domain / YTH domain profile. / Zinc finger, CCCH-type superfamily / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
N-methyladenosine / 2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL / RNA / Zinc finger (CCCH type) motif-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.38 Å
データ登録者Swale, C. / Bowler, M.W.
資金援助 フランス, European Union, 2件
組織認可番号国
Laboratories of Excellence (LabEx)ANR-11-LABX-0024 フランス
European Research Council (ERC)614880European Union
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: A plant-like mechanism coupling m6A reading to polyadenylation safeguards transcriptome integrity and developmental gene partitioning in Toxoplasma .
著者: Farhat, D.C. / Bowler, M.W. / Communie, G. / Pontier, D. / Belmudes, L. / Mas, C. / Corrao, C. / Coute, Y. / Bougdour, A. / Lagrange, T. / Hakimi, M.A. / Swale, C.
履歴
登録2021年2月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc finger (CCCH type) motif-containing protein
B: RNA (5'-R(*(6MZ)P*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1134
ポリマ－20,6672
非ポリマー4452
水1,09961
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1410 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area7900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.442, 35.153, 38.350
Angle α, β, γ (deg.)114.679, 100.702, 97.653
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質 Zinc finger (CCCH type) motif-containing protein / CPSF4


分子量: 18447.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (strain ATCC 50611 / Me49) (トキソプラズマ)
株: ATCC 50611 / Me49 / 遺伝子: TGME49_201200 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-RIL / Variant (発現宿主): BL21-RIL / 参照: UniProt: S8F6K2
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*(6MZ)P*CP*A)-3')


分子量: 2219.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Modified N6-Adenosine / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-TOE / 2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL / トリエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 164.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16O4
#4: 化合物 ChemComp-6MD / N-methyladenosine / N6-メチルアデノシン


分子量: 281.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N5O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M sodium acetate pH: 4.6 in 40% PEG 200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.38→31.04 Å / Num. obs: 19180 / % possible obs: 62.9 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 18.45 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 1.38→1.45 Å / 冗長度: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 288 / CC1/2: 0.989 / % possible all: 6.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
STARANISOdata processing
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.17.1_3660精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4r3i

4r3i


解像度: 1.38→31.04 Å / SU ML: 0.0986 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.13 / 位相誤差: 21.2755
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1685 1918 10 %
Rwork0.143 17262 -
obs0.1456 19180 62.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 14.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.38→31.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1178 42 31 61 1312
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00561302
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91541769
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.44190
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0047217
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6246486
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.38-1.410.189880.162276X-RAY DIFFRACTION3.82
1.41-1.450.1883190.162171X-RAY DIFFRACTION8.97
1.45-1.490.1448370.1038333X-RAY DIFFRACTION16.93
1.49-1.540.1617540.1127482X-RAY DIFFRACTION24.31
1.54-1.590.1385750.1029675X-RAY DIFFRACTION34.53
1.59-1.660.16961020.1135919X-RAY DIFFRACTION46.81
1.66-1.730.16091480.11051337X-RAY DIFFRACTION69.04
1.73-1.820.16712080.11611868X-RAY DIFFRACTION94.71
1.83-1.940.14942080.11671875X-RAY DIFFRACTION96.26
1.94-2.090.15562110.12541893X-RAY DIFFRACTION96.51
2.09-2.30.16072120.13541913X-RAY DIFFRACTION97.21
2.3-2.630.1732110.15751901X-RAY DIFFRACTION97.33
2.63-3.310.17962120.16281898X-RAY DIFFRACTION96.92
3.32-31.040.17642130.15881921X-RAY DIFFRACTION97.62

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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