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- PDB-7nhk: LsaA, an antibiotic resistance ABCF, in complex with 70S ribosome... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nhk
タイトルLsaA, an antibiotic resistance ABCF, in complex with 70S ribosome from Enterococcus faecalis
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 19
  • (50S ribosomal protein ...) x 28
  • 16S rRNA
  • 23S rRNA
  • 5S rRNA
  • ABC-F type ribosomal protection protein Lsa(A)
  • RNA (5'-R(P*GP*GP*AP*GP*GP*UP*AP*UP*GP*AP*CP*AP*A)-3')
  • tRNA-fMETi
キーワードRIBOSOME / Antibiotic resistance element / ribosomal protein / LsaA / ABCF / target protection / antibiotic resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / regulation of translation / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit ...large ribosomal subunit / regulation of translation / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / ATP hydrolysis activity / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L31 type B / Type-1 KH domain profile. / Ribosomal protein L1, bacterial-type / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L1-like ...Ribosomal protein L31 type B / Type-1 KH domain profile. / Ribosomal protein L1, bacterial-type / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / : / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / : / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein S18 signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / L28p-like / : / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal protein L20 / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L20
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / 1,4-DIAMINOBUTANE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 ...ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / 1,4-DIAMINOBUTANE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL31B / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL34 / 50S ribosomal protein L6 / 50S ribosomal protein L4 / ABC-F type ribosomal protection protein Lsa(A)
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Crowe-McAuliffe, C. / Kasari, M. / Hauryliuk, V.H. / Wilson, D.N.
資金援助 ドイツ, スウェーデン, Estonia, 6件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)WI3285/8-1 ドイツ
Swedish Research Council2017-03783 スウェーデン
Swedish Research Council2019-01085 スウェーデン
European Regional Development Fund2014-2020.4.01.15-0013 スウェーデン
Estonian Research CouncilPRG335 Estonia
Swedish Research Council2018-00956 スウェーデン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis of ABCF-mediated resistance to pleuromutilin, lincosamide, and streptogramin A antibiotics in Gram-positive pathogens.
著者: Caillan Crowe-McAuliffe / Victoriia Murina / Kathryn Jane Turnbull / Marje Kasari / Merianne Mohamad / Christine Polte / Hiraku Takada / Karolis Vaitkevicius / Jörgen Johansson / Zoya ...著者: Caillan Crowe-McAuliffe / Victoriia Murina / Kathryn Jane Turnbull / Marje Kasari / Merianne Mohamad / Christine Polte / Hiraku Takada / Karolis Vaitkevicius / Jörgen Johansson / Zoya Ignatova / Gemma C Atkinson / Alex J O'Neill / Vasili Hauryliuk / Daniel N Wilson /
要旨: Target protection proteins confer resistance to the host organism by directly binding to the antibiotic target. One class of such proteins are the antibiotic resistance (ARE) ATP-binding cassette ...Target protection proteins confer resistance to the host organism by directly binding to the antibiotic target. One class of such proteins are the antibiotic resistance (ARE) ATP-binding cassette (ABC) proteins of the F-subtype (ARE-ABCFs), which are widely distributed throughout Gram-positive bacteria and bind the ribosome to alleviate translational inhibition from antibiotics that target the large ribosomal subunit. Here, we present single-particle cryo-EM structures of ARE-ABCF-ribosome complexes from three Gram-positive pathogens: Enterococcus faecalis LsaA, Staphylococcus haemolyticus VgaA and Listeria monocytogenes VgaL. Supported by extensive mutagenesis analysis, these structures enable a general model for antibiotic resistance mediated by these ARE-ABCFs to be proposed. In this model, ABCF binding to the antibiotic-stalled ribosome mediates antibiotic release via mechanistically diverse long-range conformational relays that converge on a few conserved ribosomal RNA nucleotides located at the peptidyltransferase center. These insights are important for the future development of antibiotics that overcome such target protection resistance mechanisms.
履歴
登録2021年2月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年7月10日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12331
  • UCSF Chimeraによる作画
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
0: ABC-F type ribosomal protection protein Lsa(A)
1: 50S ribosomal protein L29
2: 50S ribosomal protein L30
4: 50S ribosomal protein L32
5: 50S ribosomal protein L33
6: 50S ribosomal protein L34
7: 50S ribosomal protein L35
8: 50S ribosomal protein L36
A: 23S rRNA
B: 5S rRNA
G: 50S ribosomal protein L2
H: 50S ribosomal protein L3
I: 50S ribosomal protein L4
J: 50S ribosomal protein L5
K: 50S ribosomal protein L6
M: 50S ribosomal protein L13
N: 50S ribosomal protein L14
O: 50S ribosomal protein L15
P: 50S ribosomal protein L16
Q: 50S ribosomal protein L17
R: 50S ribosomal protein L18
S: 50S ribosomal protein L19
T: 50S ribosomal protein L20
U: 50S ribosomal protein L21
V: 50S ribosomal protein L22
W: 50S ribosomal protein L23
X: 50S ribosomal protein L24
Y: 50S ribosomal protein L27
Z: 50S ribosomal protein L28
a: 16S rRNA
c: 30S ribosomal protein S2
d: 30S ribosomal protein S3
e: 30S ribosomal protein S4
f: 30S ribosomal protein S5
g: 30S ribosomal protein S6
h: 30S ribosomal protein S7
i: 30S ribosomal protein S8
j: 30S ribosomal protein S9
k: 30S ribosomal protein S10
l: 30S ribosomal protein S11
m: 30S ribosomal protein S12
n: 30S ribosomal protein S13
o: 30S ribosomal protein S14 type Z
p: 30S ribosomal protein S15
q: 30S ribosomal protein S16
r: 30S ribosomal protein S17
s: 30S ribosomal protein S18
t: 30S ribosomal protein S19
u: 30S ribosomal protein S20
D: tRNA-fMETi
b: RNA (5'-R(P*GP*GP*AP*GP*GP*UP*AP*UP*GP*AP*CP*AP*A)-3')
F: 50S ribosomal protein L1
3: 50S ribosomal protein L31 type B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,232,137238
ポリマ－2,225,86753
非ポリマー6,270185
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: Map and tRNA microarray indicate that 70S ribosome is initiating.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 0

#1: タンパク質 ABC-F type ribosomal protection protein Lsa(A)


分子量: 62372.363 Da / 分子数: 1 / 変異: E142Q, E452Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 遺伝子: DVW78_08325 / 発現宿主: Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 株 (発現宿主): TX5332 / 参照: UniProt: A0A4U4C430

+
50S ribosomal protein ... , 28種, 28分子 1245678GHIJKMNOPQRSTUVWXYZF3

#2: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 7342.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKV0
#3: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6365.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKW1
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6548.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XMM2
#5: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L33


分子量: 6052.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XR98
#6: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5373.507 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XSI4
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7727.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XM73
#8: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 4440.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKT9
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 30291.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKR6
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 22758.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKR3
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 22549.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A4U4BZI1
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 20123.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKS2
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 19437.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A4U4BXV7
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 16325.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XSB2
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13165.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKS1
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 15602.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKT1
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 16261.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKU1
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 14503.704 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKX1
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 12937.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKS7
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 13244.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XPL8
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13674.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XM76
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11166.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XMC1
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 12473.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKT6
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 11089.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKR7
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 11137.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKV5
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 10175.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XMB1
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 7005.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XRZ8
#52: タンパク質 50S ribosomal protein L1


分子量: 24495.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XR48
#53: タンパク質 50S ribosomal protein L31 type B


分子量: 10138.101 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XMV6

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 ABaDb

#9: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 944000.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
#10: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 37433.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
#30: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 504170.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
#50: RNA鎖 tRNA-fMETi


分子量: 24811.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
#51: RNA鎖 RNA (5'-R(P*GP*GP*AP*GP*GP*UP*AP*UP*GP*AP*CP*AP*A)-3')


分子量: 5617.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌)

-
30S ribosomal protein ... , 19種, 19分子 cdefghijklmnopqrstu

#31: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 29500.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XQD8
#32: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 24415.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKR8
#33: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 23273.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XRV7
#34: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 17444.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKW0
#35: タンパク質 30S ribosomal protein S6


分子量: 11621.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKB6
#36: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 17864.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKQ3
#37: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 14936.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKS6
#38: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14271.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XSA2
#39: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11731.739 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKR5
#40: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 13739.913 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKV1
#41: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 15309.817 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKQ7
#42: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 13595.774 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKT7
#43: タンパク質 30S ribosomal protein S14 type Z


分子量: 7172.593 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKT0
#44: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10668.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XRW3
#45: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 10356.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XP69
#46: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 10332.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKS3
#47: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 9262.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKB3
#48: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 10586.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKS0
#49: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 8972.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XQJ7

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非ポリマー , 5種, 185分子

#54: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#55: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#56: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#57: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#58: 化合物
ChemComp-PUT / 1,4-DIAMINOBUTANE / PUTRESCINE


分子量: 88.151 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12N2

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: LsaA-in complex with 70S ribosome, mRNA, and tRNA / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#53 / 由来: NATURAL
分子量値: 2.2 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K / 詳細: 5s blotting

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: -2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: -700 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 38 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4CTFFIND4CTF補正
11RELION最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 59262 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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