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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6szs | ||||||
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タイトル | Release factor-dependent ribosome rescue by BrfA in the Gram-positive bacterium Bacillus subtilis | ||||||
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![]() | RIBOSOME / Cryo-EM / bacterial ribosome rescue / Bacillus ribosome rescue factor A / Bacillus subtilis peptide chain release factor 2 | ||||||
機能・相同性 | ![]() translation release factor activity, codon specific / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / positive regulation of ribosome biogenesis / endoribonuclease inhibitor activity ...translation release factor activity, codon specific / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / positive regulation of ribosome biogenesis / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / negative regulation of cytoplasmic translation / four-way junction DNA binding / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / positive regulation of RNA splicing / ribosome assembly / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / cytosolic ribosome assembly / response to reactive oxygen species / DNA endonuclease activity / transcription antitermination / translational initiation / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / response to radiation / maintenance of translational fidelity / mRNA 5'-UTR binding / ribosome biogenesis / regulation of translation / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / viral translational frameshifting / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å | ||||||
![]() | Muller, C. / Beckert, B. / Wilson, D.N. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Release factor-dependent ribosome rescue by BrfA in the Gram-positive bacterium Bacillus subtilis. 著者: Naomi Shimokawa-Chiba / Claudia Müller / Keigo Fujiwara / Bertrand Beckert / Koreaki Ito / Daniel N Wilson / Shinobu Chiba / ![]() ![]() 要旨: Rescue of the ribosomes from dead-end translation complexes, such as those on truncated (non-stop) mRNA, is essential for the cell. Whereas bacteria use trans-translation for ribosome rescue, some ...Rescue of the ribosomes from dead-end translation complexes, such as those on truncated (non-stop) mRNA, is essential for the cell. Whereas bacteria use trans-translation for ribosome rescue, some Gram-negative species possess alternative and release factor (RF)-dependent rescue factors, which enable an RF to catalyze stop-codon-independent polypeptide release. We now discover that the Gram-positive Bacillus subtilis has an evolutionarily distinct ribosome rescue factor named BrfA. Genetic analysis shows that B. subtilis requires the function of either trans-translation or BrfA for growth, even in the absence of proteotoxic stresses. Biochemical and cryo-electron microscopy (cryo-EM) characterization demonstrates that BrfA binds to non-stop stalled ribosomes, recruits homologous RF2, but not RF1, and induces its transition into an open active conformation. Although BrfA is distinct from E. coli ArfA, they use convergent strategies in terms of mode of action and expression regulation, indicating that many bacteria may have evolved as yet unidentified ribosome rescue systems. | ||||||
履歴 |
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ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 211.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 374.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
+50S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 012345CDEFGHJKLMNOPQRSTUVWXYZ
-RNA鎖 , 5種, 5分子 ABavx
#7: RNA鎖 | 分子量: 941306.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#8: RNA鎖 | 分子量: 38790.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
#32: RNA鎖 | 分子量: 499054.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
#53: RNA鎖 | 分子量: 1866.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#54: RNA鎖 | 分子量: 24846.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
-30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 bcdefghijklmnopqrstu
#33: タンパク質 | 分子量: 26781.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpsB, b0169, JW0164 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#34: タンパク質 | 分子量: 26031.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpsC, b3314, JW3276 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#35: タンパク質 | 分子量: 23514.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpsD, ramA, b3296, JW3258 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#36: タンパク質 | 分子量: 17629.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpsE, spc, b3303, JW3265 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#37: タンパク質 | 分子量: 15727.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpsF, b4200, JW4158 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#38: タンパク質 | 分子量: 20055.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpsG, b3341, JW3303 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#39: タンパク質 | 分子量: 14146.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpsH, b3306, JW3268 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#40: タンパク質 | 分子量: 14886.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpsI, b3230, JW3199 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#41: タンパク質 | 分子量: 11755.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpsJ, nusE, b3321, JW3283 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#42: タンパク質 | 分子量: 13870.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpsK, b3297, JW3259 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#43: タンパク質 | 分子量: 13768.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpsL, strA, b3342, JW3304 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#44: タンパク質 | 分子量: 13128.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpsM, b3298, JW3260 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#45: タンパク質 | 分子量: 11606.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpsN, b3307, JW3269 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#46: タンパク質 | 分子量: 10290.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpsO, secC, b3165, JW3134 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#47: タンパク質 | 分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpsP, b2609, JW2590 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#48: タンパク質 | 分子量: 9724.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpsQ, neaA, b3311, JW3273 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#49: タンパク質 | 分子量: 9005.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpsR, b4202, JW4160 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#50: タンパク質 | 分子量: 10455.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpsS, b3316, JW3278 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#51: タンパク質 | 分子量: 9708.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpsT, b0023, JW0022 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#52: タンパク質 | 分子量: 8524.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpsU, b3065, JW3037 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-タンパク質 , 2種, 2分子 yz
#55: タンパク質 | 分子量: 8113.376 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: yqkK, BSU23540 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#56: タンパク質 | 分子量: 41638.559 Da / 分子数: 1 / Mutation: Q251P / 由来タイプ: 組換発現 詳細: -Q251P mutation (hydrolysis defective release factor) -low resolution regions were only the backbone was traced were kept as ALA 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: prfB, BSU35290 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.2 | ||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 83 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 154405 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5MGP Accession code: 5MGP / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 立体化学のターゲット値: CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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