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- PDB-7nft: Fujian capbinding domain in complex with Nb8208 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nft
タイトルFujian capbinding domain in complex with Nb8208
要素
  • Nb8208
  • Polymerase basic protein 2
キーワードVIRAL PROTEIN / Influenza polymerase / cap-binding domain / nanobody
機能・相同性
機能・相同性情報


cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / host cell mitochondrion / virion component / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 C-terminal domain ...Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 C-terminal domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 6th domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 CAP binding domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 helical domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Polymerase basic protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.14 Å
データ登録者Keown, J.R. / Grimes, J.M. / Fodor, E.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust200835/Z/16/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/R009945/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Mapping inhibitory sites on the RNA polymerase of the 1918 pandemic influenza virus using nanobodies.
著者: Jeremy R Keown / Zihan Zhu / Loïc Carrique / Haitian Fan / Alexander P Walker / Itziar Serna Martin / Els Pardon / Jan Steyaert / Ervin Fodor / Jonathan M Grimes /
要旨: Influenza A viruses cause seasonal epidemics and global pandemics, representing a considerable burden to healthcare systems. Central to the replication cycle of influenza viruses is the viral RNA- ...Influenza A viruses cause seasonal epidemics and global pandemics, representing a considerable burden to healthcare systems. Central to the replication cycle of influenza viruses is the viral RNA-dependent RNA polymerase which transcribes and replicates the viral RNA genome. The polymerase undergoes conformational rearrangements and interacts with viral and host proteins to perform these functions. Here we determine the structure of the 1918 influenza virus polymerase in transcriptase and replicase conformations using cryo-electron microscopy (cryo-EM). We then structurally and functionally characterise the binding of single-domain nanobodies to the polymerase of the 1918 pandemic influenza virus. Combining these functional and structural data we identify five sites on the polymerase which are sensitive to inhibition by nanobodies. We propose that the binding of nanobodies at these sites either prevents the polymerase from assuming particular functional conformations or interactions with viral or host factors. The polymerase is highly conserved across the influenza A subtypes, suggesting these sites as effective targets for potential influenza antiviral development.
履歴
登録2021年2月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase basic protein 2
C: Nb8208
B: Polymerase basic protein 2
D: Nb8208
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,69114
ポリマ－97,7314
非ポリマー96110
水00
1
A: Polymerase basic protein 2
C: Nb8208
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3467
ポリマ－48,8652
非ポリマー4805
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Polymerase basic protein 2
D: Nb8208
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3467
ポリマ－48,8652
非ポリマー4805
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)128.195, 128.195, 70.266
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number168
Space group name H-MP6
Space group name HallP6
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z
#3: y,-x+y,z
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: -x,-y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 324 through 482 or resid 501 through 701))
d_2ens_1chain "B"
d_1ens_2chain "C"
d_2ens_2chain "D"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1SERLYSA3 - 161
d_12ens_1SO4SO4B
d_13ens_1SO4SO4C
d_14ens_1SO4SO4D
d_21ens_1SERLYSH1 - 159
d_22ens_1SO4SO4I
d_23ens_1SO4SO4J
d_24ens_1SO4SO4K
d_11ens_2GLNVALE1 - 120
d_12ens_2SO4SO4F
d_13ens_2SO4SO4G
d_21ens_2GLNVALL1 - 120
d_22ens_2SO4SO4M
d_23ens_2SO4SO4N

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.667044656877, 0.744951798716, -0.0099117769175), (0.744811857252, -0.667114052521, -0.0146334625485), (-0.0175135099141, 0.00237876402998, -0.999843797026)52.2781953714, -116.19592844, -4.36363424076
2given(0.664736877731, 0.747045235368, 0.00694979837713), (0.747067518386, -0.6647474149, -0.000998676740968), (0.00387380380426, 0.00585582588554, -0.99997535117)52.2673107476, -116.236368007, -5.0920019229

-
要素

#1: タンパク質 Polymerase basic protein 2 / RNA-directed RNA polymerase subunit P3


分子量: 34249.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/duck/Fujian/13/2002(H5N1)) (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: PB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6E3N3
#2: 抗体 Nb8208


分子量: 14616.222 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Influenza A virus (A/duck/Fujian/13/2002(H5N1)) (A型インフルエンザウイルス)
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% w/v PEG3350, 1 M (NH4)2SO4, 0.1M BIS-TRIS propane pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.14→70.27 Å / Num. obs: 10820 / % possible obs: 92.94 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 70.21 Å2 / CC1/2: 0.989 / Net I/σ(I): 9.85
反射 シェル解像度: 3.144→3.256 Å / Num. unique obs: 377 / CC1/2: 0.595

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6S5V

6s5v


解像度: 3.14→70.27 Å / SU ML: 0.4419 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.2421
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2914 582 5.38 %
Rwork0.2438 10234 -
obs0.2463 10816 92.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 71.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.14→70.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4387 0 50 0 4437
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00214500
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.49786056
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0412658
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0023775
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.9045616
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.681474972315
ens_2d_2CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.666248394319
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.14-3.460.32381250.31221952X-RAY DIFFRACTION71.87
3.46-3.960.33191350.27922746X-RAY DIFFRACTION100
3.96-4.990.24861680.22772726X-RAY DIFFRACTION100
4.99-70.270.30071540.21822810X-RAY DIFFRACTION99.76
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.076573763341.48040980437-0.3562193824275.66497496844-0.5685689600931.595325117820.360398440631-0.379212131396-0.7356755677190.798267194193-0.214782764213-0.8053272298330.1550747110920.303159173518-0.06969750189910.377652068453-0.0137177458113-0.03740731202280.6279687494620.02626145181710.54324824771251.7971584869-59.665304914225.4256663313
20.02091597031011.31049355038-0.6803106930697.75492460682-1.142090665020.9254783624770.1657070680740.0389671558196-0.0360480703286-0.214351408409-0.300233146708-0.1090222425740.03054994134610.2778817204830.08459671258160.365064277027-0.0100372047866-0.05415993852620.5626202244870.006887823846710.40727863791545.8021452472-54.131990573916.1925009469
34.037485563780.184686982753-0.1739966701643.79072959747-0.1635807213316.18190076464-1.0832718383-0.3402909135461.427060878870.2800178898631.07275634606-0.02996100282150.1320649757780.6630279817090.03327818839590.417426844726-0.0639196665680.04361058500220.550351358104-0.0160265550110.50411154516726.7538614015-26.0809735893-1.67999823916
48.4935155238-0.979228991893-2.883589175284.43902351411-0.300308801272.66473826325-0.2633169234840.64776647549-1.30038482420.144961502921-0.747551587860.3312829693150.563639191227-0.06031229002170.9442799503220.448195057284-0.0421822405722-0.1501371355390.5594183603280.02340847053650.43562266330135.2466783122-32.34083513950.041122795004
56.58292424232-2.16000219284-4.14316106154.738039916410.9282092052272.798021888191.612207964921.626961368361.20714678277-0.269958159104-1.144446461830.2239208578930.274888554768-0.353137431746-0.5535614672190.578124621996-0.0585704331157-0.05990823117140.394295667120.1505869930290.76595649802533.2669350813-22.84138295179.7767995038
66.35950297557-0.328225084786-0.03985678745956.056680929970.8568793193013.81304436121-0.140949880289-0.657283301437-0.2156301212651.28721700325-0.00838506261717-0.5154911068670.7899249464860.09822989920720.4679373894870.590955990874-0.03243927214910.08299809898180.5190674932150.134105723890.38910196665530.1007967728-36.24865627779.47774376582
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96.51797265436-1.466960045410.8305181337898.2858072711-0.8918405611990.1466148165830.177393155572-0.6102965407640.534535811308-0.60595518097-0.414995829265-0.64459091459-0.4705601140860.2275996649630.0782274450080.587452891844-0.06785442356730.06015919828050.641012874413-0.0159934339350.34523665045750.0996958772-42.5693225602-27.465504778
102.13121912105-2.54273869245-1.176600783138.57532705527-0.2253181749256.2084430226-0.321104568093-0.1247848172350.297046110143-0.4794163841310.06541589338111.17804146368-0.692060737956-0.910798239775-0.08701825068640.535402592997-0.1270725899070.005052966831920.556934914804-0.1390205571310.8022297621245.4742226391-43.3066739614-20.2119995954
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148.33760475038-4.02095779672-1.359162440678.49362958583-0.7420254436366.615159328720.444873945132.10570845813-0.144982884611-0.649668196944-1.09534377530.8659910179080.8735011336520.3781426143470.601050188930.411404957137-0.0230196628939-0.09398345550610.4755850975010.0346778548360.65445662542751.6110304884-55.3727582796-22.5326821333
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 322 through 379 )AA322 - 3791 - 58
22chain 'A' and (resid 380 through 482 )AA380 - 48259 - 161
33chain 'C' and (resid 1 through 17 )CE1 - 171 - 17
44chain 'C' and (resid 18 through 39 )CE18 - 3918 - 39
55chain 'C' and (resid 40 through 51 )CE40 - 5140 - 51
66chain 'C' and (resid 52 through 73 )CE52 - 7352 - 73
77chain 'C' and (resid 74 through 120 )CE74 - 12074 - 120
88chain 'B' and (resid 324 through 358 )BH324 - 3581 - 35
99chain 'B' and (resid 359 through 390 )BH359 - 39036 - 67
1010chain 'B' and (resid 391 through 405 )BH391 - 40568 - 82
1111chain 'B' and (resid 406 through 429 )BH406 - 42983 - 106
1212chain 'B' and (resid 430 through 449 )BH430 - 449107 - 126
1313chain 'B' and (resid 450 through 468 )BH450 - 468127 - 145
1414chain 'B' and (resid 469 through 482 )BH469 - 482146 - 159
1515chain 'D' and (resid 1 through 39 )DL1 - 391 - 39
1616chain 'D' and (resid 40 through 51 )DL40 - 5140 - 51
1717chain 'D' and (resid 52 through 120 )DL52 - 12052 - 120

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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