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- PDB-7nff: An octameric barrel state of a de novo coiled-coil assembly: CC-T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nff
タイトルAn octameric barrel state of a de novo coiled-coil assembly: CC-Type2-(LaId)4-I24A.
要素CC-Type2-(LaId)4-I24A
キーワードDE NOVO PROTEIN (De novo) / Coiled coil (コイルドコイル) / synthetic peptide (ペプチド合成) / homomeric assembly
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Rhys, G.G. / Dawson, W.M. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.
資金援助European Union, 英国, 2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)340764European Union
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/G036764/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Differential sensing with arrays of de novo designed peptide assemblies.
著者: Dawson, W.M. / Shelley, K.L. / Fletcher, J.M. / Scott, D.A. / Lombardi, L. / Rhys, G.G. / LaGambina, T.J. / Obst, U. / Burton, A.J. / Cross, J.A. / Davies, G. / Martin, F.J.O. / Wiseman, F.J. ...著者: Dawson, W.M. / Shelley, K.L. / Fletcher, J.M. / Scott, D.A. / Lombardi, L. / Rhys, G.G. / LaGambina, T.J. / Obst, U. / Burton, A.J. / Cross, J.A. / Davies, G. / Martin, F.J.O. / Wiseman, F.J. / Brady, R.L. / Tew, D. / Wood, C.W. / Woolfson, D.N.
履歴
登録2021年2月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn.ambient_temp
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CC-Type2-(LaId)4-I24A
B: CC-Type2-(LaId)4-I24A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7846
ポリマ－6,3862
非ポリマー3984
水61334
1
A: CC-Type2-(LaId)4-I24A
B: CC-Type2-(LaId)4-I24A
ヘテロ分子

A: CC-Type2-(LaId)4-I24A
B: CC-Type2-(LaId)4-I24A
ヘテロ分子

A: CC-Type2-(LaId)4-I24A
B: CC-Type2-(LaId)4-I24A
ヘテロ分子

A: CC-Type2-(LaId)4-I24A
B: CC-Type2-(LaId)4-I24A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,13624
ポリマ－25,5428
非ポリマー1,59416
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_775-x+2,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_755-y+2,x,z1
crystal symmetry operation4_575y,-x+2,z1
Buried area16830 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area11000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.435, 47.435, 127.515
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

TRS

21A-103-

GOL

31B-101-

GOL

41A-201-

HOH

51A-219-

HOH

61B-214-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 1 - 30 / Label seq-ID: 2 - 31

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質・ペプチド CC-Type2-(LaId)4-I24A


分子量: 3192.791 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.2 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: After 1:1 dilution with the peptide solution, the resulting conditions were 50 mM 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol (TRIS) and 10% v/v ethanol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9174 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9174 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→63.76 Å / Num. obs: 10901 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 23.7 % / Biso Wilson estimate: 27.13 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 20.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.55-1.5916.63.0950.87110.4880.763.19487.6
6.93-63.7421.50.03163.71630.9990.0080.03299.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALS1.14.13-g10ecfbb15-releaseデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
xia20.5.902-gffa11588-dials-1.14データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: model helices

解像度: 1.55→63.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 3.444 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.074 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1986 507 4.7 %RANDOM
Rwork0.1876 ---
obs0.1882 10389 98.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 109.02 Å2 / Biso mean: 32.385 Å2 / Biso min: 20.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.1 Å20 Å20 Å2
2--1.1 Å20 Å2
3----2.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→63.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数445 0 26 34 505
Biso mean--33.19 49.01 -
残基数----62
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.013547
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.017547
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8861.627740
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6111.5811280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.259574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.72826.66724
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.52915104
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.270
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02617
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.0291
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 898 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.591 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 27 -
Rwork0.336 683 -
all-710 -
obs--86.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.12460.0959-0.94310.8842-1.11047.6754-0.0311-0.0884-0.11160.0323-0.0384-0.09250.30320.05930.06950.03020.0032-0.0130.01080.00990.025154.35638.74150.021
20.96160.06630.12130.8223-1.39749.156-0.0107-0.07440.0080.0423-0.0606-0.11280.20950.29150.07120.0160.011-0.01440.028-0.00540.024258.40746.094149.847
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 30
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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