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- PDB-7nex: Crystal structure of alpha Carbonic anhydrase from Schistosoma ma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nex
タイトルCrystal structure of alpha Carbonic anhydrase from Schistosoma mansoni bound to 1-(4-fluorophenyl)-3-(4-sulfamoylph enyl)thiourea
要素Carbonic anhydrase
キーワードLYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8JS / Carbonic anhydrase
類似検索 - 構成要素
生物種Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Ferraroni, M. / Angeli, A. / Supuran, C.T.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structural Insights into Schistosoma mansoni Carbonic Anhydrase (SmCA) Inhibition by Selenoureido-Substituted Benzenesulfonamides.
著者: Angeli, A. / Ferraroni, M. / Da'dara, A.A. / Selleri, S. / Pinteala, M. / Carta, F. / Skelly, P.J. / Supuran, C.T.
履歴
登録2021年2月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase
B: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,45212
ポリマ－75,8632
非ポリマー2,58910
水5,044280
1
A: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0606
ポリマ－37,9321
非ポリマー1,1285
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3926
ポリマ－37,9321
非ポリマー1,4615
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)103.800, 103.800, 133.030
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase


分子量: 37931.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: A0A3Q0KSG2, carbonic anhydrase

-
糖 , 2種, 5分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 285分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-8JS / 4-{[(4-fluorophenyl)carbamothioyl]amino}benzene-1-sulfonamide


分子量: 325.382 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H12FN3O2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.02 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M POTASSIUM NITRATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→30 Å / Num. obs: 75050 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 19.2 % / Biso Wilson estimate: 40.09 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rrim(I) all: 0.062 / Rsym value: 0.06 / Χ2: 0.813 / Net I/σ(I): 33.1 / Num. measured all: 2056854
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsRrim(I) all% possible allMean I/σ(I) obsCC1/2Rmerge(I) obsRsym value
1.37-1.452.4058343209.28529.7
1.45-1.555.2071820012.74168.70.1
1.55-1.678.646229566.0993.20.3
1.67-1.8315.672226822.27499.91.220.627
1.83-2.0519.211200740.79397.24.320.9580.772
2.05-2.3619.174176140.29496.512.160.9920.286
2.36-2.919.841154720.09610034.310.9990.094
2.9-4.0919.403120770.03710078.8910.036
4.09-3017.93368800.02799.9109.0610.026
1.81-1.9218.8117851.32696.72.390.9211.29

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 6QQM

6qqm


解像度: 1.81→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 2.775 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2277 3668 5 %RANDOM
Rwork0.1953 ---
obs0.1969 69990 96.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 119.82 Å2 / Biso mean: 36.727 Å2 / Biso min: 20.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.81→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4468 0 162 280 4910
Biso mean--68.34 39.27 -
残基数----554
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0124866
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6871.6766662
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1915583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.74122.045264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.13315755
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2131531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2664
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023899
LS精密化 シェル解像度: 1.81→1.856 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 284 -
Rwork0.252 5290 -
obs--99.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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