PDB-7nbg: Crystal structure of human serine racemase in complex with DSiP f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nbg

タイトル

Crystal structure of human serine racemase in complex with DSiP fragment Z52314092, XChem fragment screen.

要素

Serine racemase

キーワード

ISOMERASE / Racemase / XChem / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

serine family amino acid metabolic process / D-serine biosynthetic process / serine racemase / threonine racemase activity / serine racemase activity / D-serine ammonia-lyase / L-serine ammonia-lyase / D-serine ammonia-lyase activity / L-serine ammonia-lyase activity / D-serine metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.53 Å

データ登録者

Koulouris, C.R. / Roe, S.M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Tyrosine 121 moves revealing a ligandable pocket that couples catalysis to ATP-binding in serine racemase.
著者: Koulouris, C.R. / Gardiner, S.E. / Harris, T.K. / Elvers, K.T. / Mark Roe, S. / Gillespie, J.A. / Ward, S.E. / Grubisha, O. / Nicholls, R.A. / Atack, J.R. / Bax, B.D.

履歴

登録	2021年1月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年4月27日	Group: Advisory / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2022年5月4日	Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.journal_id_ISSN

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7nbg_validation.pdf.gz	920.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nbg_full_validation.pdf.gz	932.6 KB	表示
XML形式データ	7nbg_validation.xml.gz	56.5 KB	表示
CIF形式データ	7nbg_validation.cif.gz	83.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/7nbg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/7nbg	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6zspC 6zujSC 7nbcC 7nbdC 7nbfC 7nbhC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7nbc-1 6zuj-1 7nbd-1 6r7u-d 7nbf-1 5ysj-d 2q1t-1 3b8v-1 1sft-d 6cw5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Serine racemase

BBB: Serine racemase

CCC: Serine racemase

DDD: Serine racemase

ヘテロ分子

153 kDa, 4 ポリマー
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1

AAA: Serine racemase

CCC: Serine racemase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
76.8 kDa, 2 ポリマー
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2

BBB: Serine racemase

DDD: Serine racemase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
76.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.110, 154.760, 85.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.140, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 AAABBBCCCDDD

#1: タンパク質	Serine racemase / D-serine ammonia-lyase / D-serine dehydratase / L-serine ammonia-lyase / L-serine dehydratase 分子量: 37455.863 Da / 分子数: 4 / 変異: C2D, C6D / 由来タイプ: 組換発現詳細: Cofactor pyridoxal 5'-phosphate (PLP, LLP) is covalently bound to Lys56 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SRR / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus (DE3)-RIL 参照: UniProt: Q9GZT4, serine racemase, D-serine ammonia-lyase, L-serine ammonia-lyase

#1: タンパク質

Serine racemase / D-serine ammonia-lyase / D-serine dehydratase / L-serine ammonia-lyase / L-serine dehydratase

分子量: 37455.863 Da / 分子数: 4 / 変異: C2D, C6D / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Cofactor pyridoxal 5'-phosphate (PLP, LLP) is covalently bound to Lys56
由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SRR / プラスミド: pET-15b / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus (DE3)-RIL
参照: UniProt: Q9GZT4, serine racemase, D-serine ammonia-lyase, L-serine ammonia-lyase

-
非ポリマー , 11種, 985分子

#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 変異: C2D, C6D / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₀NO₆P 詳細: Cofactor pyridoxal 5'-phosphate (PLP, LLP) is covalently bound to Lys56 参照: serine racemase
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 化合物	ChemComp-U78 / ~{N}-[2-(2-methylphenyl)ethyl]ethanamide 分子量: 177.243 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₅NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 化合物	ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル分子量: 120.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂O₃ / コメント: 阻害剤, 沈殿剤*YM
#10: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#11: 化合物	ChemComp-OXE / ORTHO-XYLENE / o-キシレン分子量: 106.165 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀
#12: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 941 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.09 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 100 mM MES pH 6.2 100 mM calcium chloride 5% ethylene glycol 20% PEG Smear Broad

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.53→77.4 Å / Num. obs: 177718 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 3.2 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.052 / R_rim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 1.53→1.57 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.804 / Num. unique obs: 11899 / CC_1/2: 0.453 / % possible all: 87

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6ZUJ

6zuj

解像度: 1.53→77.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 3.159 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.083 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.202	8706	4.9 %
R_work	0.1823	168961	-
all	0.183	-	-
obs	-	177667	95.829 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.092 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.039 Å²	0 Å²	0.601 Å²
2-	-	-0.461 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.315 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.53→77.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9368	0	159	941	10468

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	10883
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.151	1.629	14968
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.075	5	1488
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.717	24.648	426
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.136	15	1715
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.352	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	1480
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	8335
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	5823
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.2	7236
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	881
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.177	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.241	0.2	109
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.255	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.063	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.99	2.273	5659
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.699	3.396	7244
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.22	2.447	5224
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.946	3.606	7724
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.238	44.313	54374

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.53-1.57	0.32	579	0.312	11310	0.312	13681	0.711	0.713	86.9015	0.314
1.57-1.613	0.304	633	0.292	11349	0.293	13399	0.794	0.801	89.4246	0.289
1.613-1.659	0.287	617	0.269	11813	0.269	12957	0.843	0.85	95.9327	0.259
1.659-1.711	0.262	594	0.25	11491	0.251	12576	0.873	0.878	96.0957	0.237
1.711-1.767	0.252	551	0.23	11183	0.231	12200	0.892	0.905	96.1803	0.214
1.767-1.829	0.235	624	0.208	10732	0.21	11790	0.92	0.922	96.3189	0.192
1.829-1.898	0.227	524	0.19	10566	0.192	11442	0.925	0.935	96.9236	0.174
1.898-1.975	0.214	532	0.183	10079	0.185	10959	0.932	0.944	96.8245	0.17
1.975-2.063	0.195	505	0.183	9712	0.183	10511	0.952	0.953	97.2029	0.172
2.063-2.163	0.19	467	0.177	9324	0.178	10083	0.955	0.958	97.104	0.17
2.163-2.28	0.205	428	0.175	8933	0.177	9593	0.946	0.955	97.5816	0.168
2.28-2.418	0.202	425	0.17	8443	0.172	9084	0.948	0.957	97.6222	0.168
2.418-2.585	0.186	355	0.169	7958	0.17	8503	0.95	0.959	97.7655	0.17
2.585-2.792	0.205	365	0.172	7402	0.174	7930	0.946	0.957	97.9445	0.177
2.792-3.058	0.196	377	0.172	6805	0.173	7321	0.951	0.956	98.1014	0.183
3.058-3.419	0.182	328	0.163	6183	0.164	6615	0.96	0.963	98.4278	0.18
3.419-3.946	0.176	279	0.155	5433	0.156	5817	0.961	0.966	98.1949	0.177
3.946-4.83	0.161	243	0.144	4631	0.145	4959	0.966	0.971	98.2859	0.175
4.83-6.817	0.215	174	0.206	3608	0.207	3840	0.94	0.948	98.4896	0.25
6.817-77.38	0.191	106	0.199	2005	0.198	2140	0.963	0.962	98.6449	0.258

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7494	-0.048	-0.1306	0.299	0.017	1.0409	0.1042	0.0107	0.0952	-0.1274	-0.007	0.0275	0.0575	-0.0073	-0.0971	0.0725	0.0142	-0.0025	0.0425	0.0144	0.0326	-9.2686	-16.4637	28.2787
2	0.2416	0.0519	-0.0128	0.3618	0.0853	0.2131	0.028	-0.0073	-0.0153	0.0186	0.0049	-0.0619	0.0124	-0.0139	-0.0329	0.0053	0.002	0.0001	0.0346	0.012	0.0413	10.351	-25.8695	42.1118
3	1.2424	0.674	-0.4445	0.7758	0.1078	0.5268	0.1122	0.0334	-0.0528	0.2525	-0.0471	-0.0541	0.0718	-0.0566	-0.0651	0.13	-0.0287	0.0223	0.0145	-0.0013	0.0521	-16.1444	-70.0296	87.7696
4	0.2802	-0.0913	-0.042	0.6814	0.0534	0.1369	0.0073	-0.0024	0.0423	0.0096	0.0027	-0.0976	0.0266	-0.0157	-0.01	0.038	0.0202	0.0017	0.026	0.0031	0.0183	5.8802	-60.8311	79.0788
5	0.452	-0.521	0.0198	0.8325	0.1557	0.2665	0.0986	0.0479	0.0224	-0.1068	-0.0528	-0.0303	0.0062	0.004	-0.0458	0.0629	0.0209	-0.0032	0.0195	0.0027	0.0184	18.8353	-66.9336	33.1412
6	0.3793	0.0802	-0.0375	0.4658	-0.2147	0.1165	0.0002	0.0138	0.0594	0.0014	0.0262	0.0619	0.0279	-0.007	-0.0264	0.0586	-0.0047	-0.0012	0.0158	0.0091	0.0161	-5.3138	-57.8796	41.5204
7	1.3007	0.9232	0.8211	1.1207	0.3378	0.7023	0.3534	-0.0577	0.0724	0.3915	-0.2474	0.2003	0.1385	0.0601	-0.106	0.1446	-0.0717	0.0842	0.0898	-0.0566	0.1326	10.2506	-19.6108	89.4176
8	0.3369	-0.0901	-0.0466	0.3065	-0.123	0.4	0.0194	-0.0027	-0.0175	-0.0032	-0.0117	0.0405	0.0094	-0.007	-0.0078	0.0047	-0.0013	0.0052	0.0505	-0.012	0.0181	-10.1868	-29.1358	75.7896

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	77 - 150
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	AAA	7 - 55
3	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	AAA	157 - 295
4	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	AAA	307 - 315
5	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	BBB	77 - 150
6	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	BBB	7 - 55
7	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	BBB	157 - 295
8	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	BBB	307 - 315
9	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	CCC	77 - 150
10	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	CCC	7 - 55
11	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	CCC	157 - 295
12	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	CCC	307 - 315
13	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	DDD	77 - 150
14	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	DDD	7 - 55
15	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	DDD	157 - 295
16	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	DDD	307 - 315

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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