[日本語] English
万見
- PDB-7nbf: Crystal structure of human serine racemase in complex with DSiP f... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nbf
タイトルCrystal structure of human serine racemase in complex with DSiP fragment Z126932614, XChem fragment screen.
要素Serine racemase
キーワードISOMERASE / Racemase / XChem / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


: / D-serine biosynthetic process / serine racemase / threonine racemase activity / serine racemase activity / D-serine ammonia-lyase / L-serine ammonia-lyase / D-serine ammonia-lyase activity / L-serine ammonia-lyase activity / D-serine metabolic process ...: / D-serine biosynthetic process / serine racemase / threonine racemase activity / serine racemase activity / D-serine ammonia-lyase / L-serine ammonia-lyase / D-serine ammonia-lyase activity / L-serine ammonia-lyase activity / D-serine metabolic process / Serine metabolism / pyruvate biosynthetic process / L-serine metabolic process / glycine binding / PDZ domain binding / apical part of cell / pyridoxal phosphate binding / response to lipopolysaccharide / response to xenobiotic stimulus / neuronal cell body / calcium ion binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine dehydratase, pyridoxal-phosphate-binding site / Serine/threonine dehydratases pyridoxal-phosphate attachment site. / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / 2-[(methylsulfonyl)methyl]-1H-benzimidazole / Serine racemase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Koulouris, C.R. / Roe, S.M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom) 英国
引用
ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Tyrosine 121 moves revealing a ligandable pocket that couples catalysis to ATP-binding in serine racemase.
著者: Koulouris, C.R. / Gardiner, S.E. / Harris, T.K. / Elvers, K.T. / Mark Roe, S. / Gillespie, J.A. / Ward, S.E. / Grubisha, O. / Nicholls, R.A. / Atack, J.R. / Bax, B.D.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Tyrosine 121 moves revealing a druggable pocket that couples catalysis to ATP-binding in serine racemase
著者: Koulouris, C.R. / Gardiner, S.E. / Harris, T.K. / Elvers, K.T. / Roe, S.M. / Gillespie, J.A. / Ward, S.E. / Grubisha, O. / Nicholls, R.A. / Atack, J.R. / Bax, B.D.
履歴
登録2021年1月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22022年5月4日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.journal_id_ISSN

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
AAA: Serine racemase
BBB: Serine racemase
CCC: Serine racemase
DDD: Serine racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,47242
ポリマ－149,8234
非ポリマー3,64938
水16,574920
1
AAA: Serine racemase
CCC: Serine racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,96522
ポリマ－74,9122
非ポリマー2,05320
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5940 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area25260 Å2
手法PISA
2
BBB: Serine racemase
DDD: Serine racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,50820
ポリマ－74,9122
非ポリマー1,59618
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4670 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area25170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.112, 154.937, 85.539
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.957, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 AAABBBCCCDDD

#1: タンパク質
Serine racemase / D-serine ammonia-lyase / D-serine dehydratase / L-serine ammonia-lyase / L-serine dehydratase


分子量: 37455.863 Da / 分子数: 4 / 変異: C2D, C6D / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Cofactor pyridoxal-5'-phosphate (PLP, LLP) is covalently bound to lysine 56
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SRR / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus (DE3)-RIL
参照: UniProt: Q9GZT4, serine racemase, D-serine ammonia-lyase, L-serine ammonia-lyase

-
非ポリマー , 11種, 958分子

#2: 化合物
ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate


分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 変異: C2D, C6D / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H10NO6P
詳細: Cofactor pyridoxal-5'-phosphate (PLP, LLP) is covalently bound to lysine 56
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#7: 化合物
ChemComp-T6J / 2-[(methylsulfonyl)methyl]-1H-benzimidazole


分子量: 210.253 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H10N2O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#9: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#10: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#11: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 920 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 100 mM MES pH 6.2 100 mM calcium chloride 5% ethylene glycol 20% PEG Smear Broad

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.599→84.716 Å / Num. obs: 158956 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 29 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 1.599→1.63 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.658 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 7536 / CC1/2: 0.383 / Rrim(I) all: 0.889 / % possible all: 93.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ZUJ

6zuj


解像度: 1.6→84.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 3.547 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.089 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1982 7962 5.012 %
Rwork0.1722 150883 -
all0.173 --
obs-158845 97.468 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.988 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å20 Å20.112 Å2
2--0.195 Å20 Å2
3----0.112 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→84.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9445 0 218 920 10583
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01210627
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8821.62814602
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.23351429
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.04624.723415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.963151680
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.9481530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.21461
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.028046
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.25577
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.27066
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1890.2805
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1680.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2030.2107
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.3130.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0560.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0022.2465517
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1093.3427013
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8792.4955110
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3023.6477589
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it10.17744.04453708
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.599-1.6410.3356000.303107190.305120180.6980.72494.18370.295
1.641-1.6860.2835700.29107130.289117040.750.7696.40290.277
1.686-1.7350.2765160.265105270.265114230.830.83896.67340.249
1.735-1.7880.2795300.246102070.248111010.850.86296.7210.226
1.788-1.8470.2385290.21699030.217107500.8950.90297.04190.193
1.847-1.9110.2195020.1995500.191103420.9220.92697.19590.167
1.911-1.9830.214930.17792520.17899970.9320.93697.47920.157
1.983-2.0640.2074550.17689580.17796450.9390.94397.59460.159
2.064-2.1560.1944690.16685880.16892570.9440.95197.83950.151
2.156-2.2610.1924320.16282340.16388530.9480.95697.88770.147
2.261-2.3830.1894570.15478270.15684360.9520.96198.19820.143
2.383-2.5280.1853690.15174660.15379800.9520.9698.1830.141
2.528-2.7020.1973590.15869920.1674650.9460.95798.47290.15
2.702-2.9190.1923300.15565410.15769630.9520.96198.67870.148
2.919-3.1970.1853450.15360300.15564380.9560.96199.02140.15
3.197-3.5730.1922890.1554650.15258060.9510.96599.10440.151
3.573-4.1250.1462640.13748220.13751250.9750.97699.2390.143
4.125-5.0490.1512050.13941220.1443520.9710.97599.42560.15
5.049-7.1280.2411680.231800.20233830.9450.95798.96540.209
7.128-84.7160.177800.20917880.20718820.9670.96799.25610.232
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4609-0.7891-0.77471.51370.70964.06890.196-0.00880.0348-0.3713-0.01220.0113-0.15610.2099-0.18380.09520.01160.01340.06020.02260.0823-8.8145-14.507125.2393
20.31740.0290.00010.40560.06180.25330.0188-0.0113-0.02130.02150.0084-0.05460.0151-0.0049-0.02720.01580.00430.0150.02940.01050.059710.4142-25.917942.2364
33.17281.5691-0.63442.2029-0.11790.15370.3275-0.2319-0.1750.6765-0.37960.0480.00480.01020.05210.2201-0.11570.03460.07640.00250.042-16.0314-69.956788.035
40.2516-0.1811-0.08410.91820.03590.2687-0.0229-0.00750.04540.01610.0295-0.12070.036-0.0294-0.00670.04560.0090.00540.02280.00610.02536.047-60.703579.3113
50.6597-0.95840.47682.042-0.34531.39440.06480.05960.0222-0.2383-0.1084-0.14290.0409-0.01870.04360.11520.02990.02060.0167-0.00370.030819.9392-68.89130.1376
60.45440.1962-0.06530.7472-0.22910.1686-0.01860.03620.07520.02710.0490.10210.0519-0.0051-0.03040.0714-0.00620.00990.01120.00880.0335-5.1981-57.819341.6482
70.08020.3156-0.35094.63411.09173.99370.0464-0.00650.03380.8866-0.24750.30840.4046-0.06230.20110.2198-0.0740.12220.0566-0.02590.13510.074-17.549893.0297
80.5225-0.037-0.00490.3309-0.11240.44890.0227-0.0068-0.0190.0005-0.00860.0460.0116-0.0126-0.01410.02-0.00210.02030.0558-0.01170.0315-10.0238-29.11675.8884
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLAAA101 - 150
2X-RAY DIFFRACTION2ALLAAA7 - 55
3X-RAY DIFFRACTION2ALLAAA157 - 295
4X-RAY DIFFRACTION2ALLAAA307 - 315
5X-RAY DIFFRACTION3ALLBBB77 - 150
6X-RAY DIFFRACTION4ALLBBB7 - 55
7X-RAY DIFFRACTION4ALLBBB157 - 295
8X-RAY DIFFRACTION4ALLBBB307 - 315
9X-RAY DIFFRACTION5ALLCCC101 - 150
10X-RAY DIFFRACTION6ALLCCC7 - 55
11X-RAY DIFFRACTION6ALLCCC157 - 295
12X-RAY DIFFRACTION6ALLCCC307 - 315
13X-RAY DIFFRACTION7ALLDDD101 - 150
14X-RAY DIFFRACTION8ALLDDD7 - 55
15X-RAY DIFFRACTION8ALLDDD157 - 295
16X-RAY DIFFRACTION8ALLDDD307 - 315

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る