PDB-7nbd: Crystal structure of human serine racemase in complex with DSiP f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nbd

タイトル

Crystal structure of human serine racemase in complex with DSiP fragment Z235449082, XChem fragment screen.

要素

Serine racemase

キーワード

ISOMERASE / Racemase / XChem / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

serine family amino acid metabolic process / D-serine biosynthetic process / serine racemase / threonine racemase activity / serine racemase activity / D-serine ammonia-lyase / L-serine ammonia-lyase / D-serine ammonia-lyase activity / L-serine ammonia-lyase activity / D-serine metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.865 Å

データ登録者

Koulouris, C.R. / Roe, S.M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Tyrosine 121 moves revealing a ligandable pocket that couples catalysis to ATP-binding in serine racemase.
著者: Koulouris, C.R. / Gardiner, S.E. / Harris, T.K. / Elvers, K.T. / Mark Roe, S. / Gillespie, J.A. / Ward, S.E. / Grubisha, O. / Nicholls, R.A. / Atack, J.R. / Bax, B.D.

履歴

登録	2021年1月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年4月27日	Group: Advisory / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2022年5月4日	Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.journal_id_ISSN

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	7nbd_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7nbd_validation.xml.gz	62.3 KB	表示
CIF形式データ	7nbd_validation.cif.gz	90.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/7nbd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/7nbd	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6zspC 6zujSC 7nbcC 7nbfC 7nbgC 7nbhC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7nbg-1 7nbc-1 6zuj-1 3b8v-1 1l6f-d 4b7m-d 7nbf-1 6r7u-d 4cpo-d 5irp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Serine racemase

BBB: Serine racemase

CCC: Serine racemase

DDD: Serine racemase

ヘテロ分子

153 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Serine racemase

CCC: Serine racemase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
76.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Serine racemase

DDD: Serine racemase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
76.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.012, 154.846, 85.451
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.043, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

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タンパク質 , 1種, 4分子 AAABBBCCCDDD

#1: タンパク質	Serine racemase / D-serine ammonia-lyase / D-serine dehydratase / L-serine ammonia-lyase / L-serine dehydratase 分子量: 37455.863 Da / 分子数: 4 / 変異: C2D, C6D / 由来タイプ: 組換発現詳細: Cofactor pyridoxal-5'-phosphate (PLP, LLP) is covalently bound to lysine 56 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SRR / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus (DE3)-RIL 参照: UniProt: Q9GZT4, serine racemase, D-serine ammonia-lyase, L-serine ammonia-lyase

#1: タンパク質

Serine racemase / D-serine ammonia-lyase / D-serine dehydratase / L-serine ammonia-lyase / L-serine dehydratase

分子量: 37455.863 Da / 分子数: 4 / 変異: C2D, C6D / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Cofactor pyridoxal-5'-phosphate (PLP, LLP) is covalently bound to lysine 56
由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SRR / プラスミド: pET-15b / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus (DE3)-RIL
参照: UniProt: Q9GZT4, serine racemase, D-serine ammonia-lyase, L-serine ammonia-lyase

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非ポリマー , 9種, 1081分子

#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 変異: C2D, C6D / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₀NO₆P 詳細: Cofactor pyridoxal-5'-phosphate (PLP, LLP) is covalently bound to lysine 56
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物	ChemComp-JFS / [4-(1H-benzimidazol-1-yl)phenyl]methanol 分子量: 224.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₂N₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#8: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#9: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1053 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 100 mM MES pH 6.2 100 mM calcium chloride 5% ethylene glycol 20% PEG Smear Broad

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91578 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91578 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.86→84.61 Å / Num. obs: 96340 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 37.9 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.073 / R_rim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 8.9
反射シェル	解像度: 1.86→1.97 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.912 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 12195 / CC_1/2: 0.47 / % possible all: 82

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6ZUJ

6zuj

解像度: 1.865→84.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 6.478 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.142 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2074	4830	5.016 %
R_work	0.1762	91467	-
all	0.178	-	-
obs	-	96297	93.91 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.903 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.245 Å²	-0 Å²	0.231 Å²
2-	-	0.293 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.109 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.865→84.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9472	0	179	1053	10704

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	10638
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.669	1.625	14613
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.162	5	1429
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.249	24.508	417
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.291	15	1685
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.343	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	1461
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	8074
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.253	0.2	5665
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.314	0.2	7009
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.239	0.2	888
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.171	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.264	0.2	116
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.326	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.117	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.279	3.04	5537
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.407	4.529	7027
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.189	3.308	5101
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.707	4.854	7586
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.187	60.365	55074

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.865-1.913	0.324	308	0.306	6239	0.307	7578	0.657	0.658	86.3948	0.302
1.913-1.965	0.279	286	0.276	5347	0.276	7305	0.804	0.796	77.1116	0.263
1.965-2.022	0.291	362	0.252	6692	0.254	7231	0.812	0.829	97.5522	0.236
2.022-2.085	0.271	243	0.238	4746	0.239	6987	0.863	0.86	71.404	0.22
2.085-2.153	0.227	334	0.209	6219	0.21	6697	0.899	0.903	97.8498	0.19
2.153-2.228	0.253	309	0.201	6079	0.204	6536	0.891	0.907	97.7356	0.18
2.228-2.312	0.218	324	0.186	5860	0.188	6324	0.919	0.93	97.7862	0.164
2.312-2.407	0.224	316	0.172	5649	0.175	6083	0.926	0.942	98.0602	0.15
2.407-2.514	0.213	286	0.171	5423	0.173	5820	0.934	0.943	98.0928	0.149
2.514-2.636	0.213	274	0.168	5169	0.17	5535	0.931	0.946	98.3379	0.144
2.636-2.779	0.195	258	0.159	4957	0.161	5305	0.949	0.959	98.3035	0.139
2.779-2.947	0.182	240	0.151	4703	0.153	5022	0.957	0.962	98.4269	0.134
2.947-3.15	0.193	244	0.152	4415	0.154	4712	0.951	0.96	98.8752	0.139
3.15-3.402	0.192	223	0.152	4128	0.154	4406	0.952	0.964	98.7517	0.143
3.402-3.727	0.176	207	0.154	3753	0.155	4029	0.96	0.969	98.2874	0.151
3.727-4.165	0.177	177	0.147	3385	0.149	3640	0.97	0.973	97.8571	0.149
4.165-4.808	0.149	158	0.14	3051	0.14	3275	0.971	0.975	97.9847	0.149
4.808-5.884	0.238	126	0.184	2543	0.186	2706	0.941	0.955	98.6327	0.194
5.884-8.301	0.226	99	0.217	1987	0.218	2129	0.944	0.953	97.9803	0.233
8.301-84.61	0.236	56	0.208	1122	0.209	1200	0.947	0.958	98.1667	0.245

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0512	-0.0057	0.4684	2.7923	0.5058	4.6936	0.0025	0.034	-0.0061	-0.5862	0.2131	-0.0076	-0.2499	0.3434	-0.2156	0.1485	-0.0291	0.0479	0.0848	0.0113	0.0967	-8.7034	-14.5572	25.2142
2	0.5027	-0.0172	0.0526	0.4031	0.0176	0.3983	0.0376	-0.0155	-0.0152	0.0219	0.0039	-0.0901	0.021	-0.0251	-0.0415	0.0089	0.0047	-0.0058	0.0222	0.014	0.0508	10.4176	-25.9332	42.1128
3	5.5497	-1.6226	-0.8255	8.8138	4.8108	4.4482	-0.0506	-0.3516	-0.1523	0.9761	-0.0862	-0.0975	-0.1108	0.1451	0.1368	0.3518	-0.0894	-0.0715	0.0857	0.0742	0.0803	-17.0146	-71.3824	91.1225
4	0.3717	-0.2397	-0.0552	1.4091	-0.0383	0.5801	-0.0081	0.0011	0.0472	0.0227	0.0246	-0.219	0.0737	-0.0602	-0.0165	0.0429	0.0061	-0.0052	0.0192	0.0019	0.0363	5.9377	-60.7058	79.2475
5	1.6913	-1.4808	-0.4665	2.6421	0.6793	3.1466	0.0845	0.1634	-0.0067	-0.4076	-0.2087	0.0166	-0.0145	-0.2716	0.1242	0.1482	0.0427	-0.0213	0.0488	-0.0151	0.0149	19.8054	-69.0646	30.2005
6	0.5593	0.3218	-0.1323	1.4128	-0.2469	0.2077	-0.0208	0.029	0.1025	0.0015	0.0694	0.21	0.0679	0.003	-0.0486	0.0627	-0.0076	-0.0128	0.0116	0.0149	0.0397	-5.2431	-57.9009	41.561
7	0.2547	-0.4304	-1.0623	4.3517	-1.0789	7.3804	-0.102	0.0901	-0.048	0.7326	-0.2056	0.2926	0.1814	-0.3065	0.3076	0.1967	-0.0765	0.1446	0.0659	-0.0445	0.1586	9.882	-17.3457	92.8154
8	0.6017	-0.177	-0.0263	0.3786	-0.0826	0.5887	0.036	-0.025	-0.0127	-0.0081	-0.0208	0.0758	0.0164	0.0126	-0.0153	0.0066	-0.0061	0.0031	0.066	-0.0148	0.0193	-10.1105	-29.0537	75.7474

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	101 - 150
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	AAA	7 - 55
3	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	AAA	157 - 295
4	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	AAA	307 - 315
5	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	BBB	101 - 150
6	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	BBB	7 - 55
7	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	BBB	157 - 295
8	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	BBB	307 - 315
9	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	CCC	101 - 150
10	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	CCC	7 - 55
11	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	CCC	157 - 295
12	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	CCC	307 - 315
13	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	DDD	101 - 150
14	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	DDD	7 - 55
15	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	DDD	157 - 295
16	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	DDD	307 - 315

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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