PDB-7nbb: Branched Lys48- and Lys63-linked tri-ubiquitin (K48-K63-Ub3) in c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nbb

タイトル

Branched Lys48- and Lys63-linked tri-ubiquitin (K48-K63-Ub3) in complex with synthetic nanobody NbSL3

要素

(Polyubiquitin- ...) x 2
Synthetic nanobody NbSL3

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Ubiquitin / Branched / Heterotypic / Nanobody / Synthetic nanobody

機能・相同性

機能・相同性情報

: / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Lange, S.M. / Kulathu, Y.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: VCP/p97-associated proteins are binders and debranching enzymes of K48-K63-branched ubiquitin chains.
著者: Lange, S.M. / McFarland, M.R. / Lamoliatte, F. / Carroll, T. / Krshnan, L. / Perez-Rafols, A. / Kwasna, D. / Shen, L. / Wallace, I. / Cole, I. / Armstrong, L.A. / Knebel, A. / Johnson, C. / ...

履歴

登録	2021年1月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年7月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nbb.cif.gz	365.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nbb.ent.gz	245.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nbb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/7nbb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/7nbb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7npoC 8a67C 1ubqS 5vnwS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Polyubiquitin-B

B: Polyubiquitin-B

C: Polyubiquitin-B

D: Synthetic nanobody NbSL3

E: Polyubiquitin-B

F: Polyubiquitin-B

G: Polyubiquitin-B

H: Synthetic nanobody NbSL3

ヘテロ分子

79.6 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Polyubiquitin-B

B: Polyubiquitin-B

C: Polyubiquitin-B

D: Synthetic nanobody NbSL3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
39.8 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Polyubiquitin-B

F: Polyubiquitin-B

G: Polyubiquitin-B

H: Synthetic nanobody NbSL3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.389, 97.615, 74.967
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.959, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
Polyubiquitin- ... , 2種, 6分子 AEBCFG

#1: タンパク質	Polyubiquitin-B 分子量: 8192.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: J3QS39
#2: タンパク質	Polyubiquitin-B 分子量: 8632.859 Da / 分子数: 4 / Mutation: K48R K63R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: J3QS39

-
抗体 , 1種, 2分子 DH

#3: 抗体	Synthetic nanobody NbSL3 分子量: 14029.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 740分子

#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 722 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.07 % / 解説: Rod-shape
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 7.2 0.28 M MgCl2 21% PEG3350 0.15 M NaCl 0.05 M Tris/HCl pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87313 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.274→200 Å / Num. obs: 79157 / % possible obs: 85.3 % / Observed criterion σ(I): 1.2 / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 18.58 Å² / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 8
反射シェル	解像度: 1.55→1.659 Å / 冗長度: 2.6 % / Num. unique obs: 3958 / CC_1/2: 0.296 / % possible all: 34

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19rc4_4035	精密化
XDS		データ削減
MxCuBE		データ収集
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1UBQ, 5VNW

1ubq

5vnw

解像度: 1.55→35.95 Å / SU ML: 0.1611 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.1165
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
詳細: Anisotropic data processing with STARANISO (Global Phasing). Criteria used in determination of diffraction limits: local(I/sigI)>=1.20. Completenes (ellipsoidal) = 85.3

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.212	3986	5.04 %
R_work	0.1745	75106	-
obs	0.1764	79092	74.31 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→35.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5275	0	28	722	6025

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0075	5487
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9152	7438
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	854
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	967
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.7177	2072

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.57	0.381	13	0.3291	296	X-RAY DIFFRACTION	8.23
1.57-1.59	0.2908	20	0.293	506	X-RAY DIFFRACTION	13.86
1.59-1.61	0.334	41	0.2964	667	X-RAY DIFFRACTION	18.79
1.61-1.63	0.3305	51	0.2959	900	X-RAY DIFFRACTION	25.16
1.63-1.65	0.3035	56	0.2799	1175	X-RAY DIFFRACTION	32.45
1.66-1.68	0.3163	77	0.2841	1417	X-RAY DIFFRACTION	39.48
1.68-1.71	0.2773	74	0.2745	1699	X-RAY DIFFRACTION	46.54
1.71-1.73	0.3229	120	0.2699	2012	X-RAY DIFFRACTION	56.67
1.73-1.76	0.2546	165	0.2524	2417	X-RAY DIFFRACTION	67.86
1.76-1.8	0.2954	146	0.2486	2644	X-RAY DIFFRACTION	74.34
1.8-1.83	0.2465	147	0.2423	3002	X-RAY DIFFRACTION	82.11
1.83-1.87	0.2715	135	0.226	3126	X-RAY DIFFRACTION	85.97
1.87-1.91	0.2814	160	0.2288	3180	X-RAY DIFFRACTION	88.85
1.91-1.95	0.2676	92	0.226	1812	X-RAY DIFFRACTION	49.62
1.95-2	0.2259	201	0.2141	3469	X-RAY DIFFRACTION	97.22
2-2.06	0.2459	215	0.1989	3525	X-RAY DIFFRACTION	98.32
2.06-2.12	0.2146	194	0.1815	3573	X-RAY DIFFRACTION	99.5
2.12-2.18	0.2393	221	0.1726	3569	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.18-2.26	0.2124	193	0.18	3599	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.26-2.35	0.2274	176	0.1761	3616	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.35-2.46	0.2488	191	0.1742	3603	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.46-2.59	0.2168	192	0.1702	3622	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.59-2.75	0.21	194	0.1773	3565	X-RAY DIFFRACTION	99.55
2.75-2.96	0.1987	179	0.1707	3622	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.96-3.26	0.2025	193	0.1625	3634	X-RAY DIFFRACTION	99.74
3.26-3.73	0.1862	173	0.1445	3627	X-RAY DIFFRACTION	99.22
3.73-4.7	0.1552	181	0.1308	3601	X-RAY DIFFRACTION	98.88
4.7-35.95	0.193	186	0.1622	3628	X-RAY DIFFRACTION	97.92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.89305782463	-0.118869960734	0.200108274373	4.83204252044	-0.249582471368	3.59881327356	-0.0316936202859	-0.144837391014	0.0578325430221	0.259138751156	0.00937283014076	-0.261358845923	0.278538857318	0.126943629132	0.0450855540936	0.121018177392	0.0169679099445	-0.0355901451623	0.143581028731	0.00122118613234	0.0953598810028	22.819336082	-13.5383101141	15.2703787629
2	6.33771626707	1.48216808094	-0.971681087772	6.32674012182	0.497053682483	3.37787146334	0.000521991841524	0.369913355113	0.249137712412	-0.106264334604	-0.0525273366408	-0.407750379705	0.0759970616822	0.510199745893	0.0155993315688	0.0868663516185	0.0225682779457	0.00984848812593	0.201369681696	0.0289703404445	0.0699967281024	29.3614769246	-14.8941827948	7.50594909029
3	2.2108236319	0.319019183363	0.982346802105	4.08643772409	-0.50044968292	3.32242284967	-0.0700685904611	0.189446400605	0.00559647742943	0.0460760313194	-0.0960862529327	-0.01671953352	0.242467547055	-0.0246933715401	0.0908307200656	0.0882376059895	0.0101802344071	-0.00287050293007	0.137063438638	0.0451594122523	0.044311068747	17.435079183	-16.1026882293	7.94675798872
4	2.31175386668	0.434870915246	0.262935314288	5.90812163497	-1.68862461556	4.69499330678	0.0770349839045	0.440949576682	0.199545219042	-0.250565421355	-0.134902329049	-0.550617920047	-0.260463510664	0.217073988587	0.135614993689	0.148645998379	0.0210563163324	0.00170447708284	0.232855068652	0.146681641974	0.228245908372	13.3465944081	-2.05718810577	-8.3511269064
5	4.52038547948	-0.460138391277	3.55061625009	6.55180601028	2.5426258174	4.08543624278	0.135416353868	0.976379244201	0.294662571507	-1.68223018754	-0.229538956881	0.532464474504	0.161239158047	0.0972360955242	0.098681292832	0.348248785153	0.00373354965808	-0.154215578867	0.654452805902	0.0766595394923	0.191367863868	5.30872605731	-5.23079382636	-20.8424656481
6	4.76700839882	-2.40038984933	-0.839690098539	5.52070799856	-0.193746730895	4.82263294925	-0.0379801678703	0.529487857124	-0.409357527419	-0.417879703612	-0.11762171272	-0.183396285152	0.431497189084	-0.134400419885	0.134686919844	0.204858595318	-0.0549226987696	0.0044760291322	0.241728348296	0.0249977378814	0.0909485092993	9.34706200687	-12.7627402053	-9.97533207612
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18	18	chain 'D' and (resid 27 through 41 )	D	K	27 - 41	24 - 38
19	19	chain 'D' and (resid 42 through 54 )	D	K	42 - 54	39 - 51
20	20	chain 'D' and (resid 55 through 68 )	D	K	55 - 68	52 - 65
21	21	chain 'D' and (resid 69 through 90 )	D	K	69 - 90	66 - 87
22	22	chain 'D' and (resid 91 through 106 )	D	K	91 - 106	88 - 103
23	23	chain 'D' and (resid 107 through 115 )	D	K	107 - 115	104 - 112
24	24	chain 'D' and (resid 116 through 122 )	D	K	116 - 122	113 - 119
25	25	chain 'E' and (resid 1 through 16 )	E	N	1 - 16	1 - 16
26	26	chain 'E' and (resid 17 through 34 )	E	N	17 - 34	17 - 34
27	27	chain 'E' and (resid 35 through 56 )	E	N	35 - 56	35 - 56
28	28	chain 'E' and (resid 57 through 71 )	E	N	57 - 71	57 - 71
29	29	chain 'F' and (resid 1 through 16 )	F	Q	1 - 16	1 - 16
30	30	chain 'F' and (resid 17 through 22 )	F	Q	17 - 22	17 - 22
31	31	chain 'F' and (resid 23 through 44 )	F	Q	23 - 44	23 - 44
32	32	chain 'F' and (resid 45 through 65 )	F	Q	45 - 65	45 - 65
33	33	chain 'F' and (resid 66 through 76 )	F	Q	66 - 76	66 - 76
34	34	chain 'G' and (resid 1 through 22 )	G	T	1 - 22	1 - 22
35	35	chain 'G' and (resid 23 through 34 )	G	T	23 - 34	23 - 34
36	36	chain 'G' and (resid 35 through 44 )	G	T	35 - 44	35 - 44
37	37	chain 'G' and (resid 45 through 56 )	G	T	45 - 56	45 - 56
38	38	chain 'G' and (resid 57 through 65 )	G	T	57 - 65	57 - 65
39	39	chain 'G' and (resid 66 through 76 )	G	T	66 - 76	66 - 76
40	40	chain 'H' and (resid 5 through 19 )	H	X	5 - 19	1 - 15
41	41	chain 'H' and (resid 20 through 26 )	H	X	20 - 26	16 - 22
42	42	chain 'H' and (resid 27 through 61 )	H	X	27 - 61	23 - 57
43	43	chain 'H' and (resid 62 through 76 )	H	X	62 - 76	58 - 72
44	44	chain 'H' and (resid 77 through 100 )	H	X	77 - 100	73 - 96
45	45	chain 'H' and (resid 101 through 106 )	H	X	101 - 106	97 - 102
46	46	chain 'H' and (resid 107 through 122 )	H	X	107 - 122	103 - 118

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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