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- PDB-7npo: Branched K48-K63-Ub3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7npo
タイトルBranched K48-K63-Ub3
要素(Polyubiquitin-B) x 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / Branched ubiquitin chains / heterotypic ubiquitin chains / K48-K63-Triubiquitin / K48-K63-Ub3
機能・相同性
機能・相同性情報


Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain ...Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Lange, S.M. / Kwasna, D. / Kulathu, Y.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: VCP/p97-associated proteins are binders and debranching enzymes of K48-K63-branched ubiquitin chains.
著者: Lange, S.M. / McFarland, M.R. / Lamoliatte, F. / Carroll, T. / Krshnan, L. / Perez-Rafols, A. / Kwasna, D. / Shen, L. / Wallace, I. / Cole, I. / Armstrong, L.A. / Knebel, A. / Johnson, C. / ...著者: Lange, S.M. / McFarland, M.R. / Lamoliatte, F. / Carroll, T. / Krshnan, L. / Perez-Rafols, A. / Kwasna, D. / Shen, L. / Wallace, I. / Cole, I. / Armstrong, L.A. / Knebel, A. / Johnson, C. / De Cesare, V. / Kulathu, Y.
履歴
登録2021年2月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年7月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyubiquitin-B
B: Polyubiquitin-B
C: Polyubiquitin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5504
ポリマ－25,4583
非ポリマー921
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Two ubiquitin K48R K63R molecules are linked with the C-terminal Gly residue to the K48 and K63 residues of a third ubiquitin with C-terminal truncation (1-72).
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1520 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area12320 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)59.630, 77.570, 50.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 123.975, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

GOL

-
要素

#1: タンパク質 Polyubiquitin-B


分子量: 8192.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: J3QS39
#2: タンパク質 Polyubiquitin-B


分子量: 8632.859 Da / 分子数: 2 / Mutation: K48R K63R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: J3QS39
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.48 % / 解説: Round plates
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 20 mM Tris pH 7.5, 50 mM NaCl, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 30% w/v PEG 4000; 22 mg/ml

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873128 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873128 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→24.73 Å / Num. obs: 9868 / % possible obs: 99.58 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 45.93 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.19→2.268 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1910 / CC1/2: 0.843 / CC star: 0.956

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19rc4_4035精密化
XDSdata processing
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
MxCuBEデータ収集
pointlessデータスケーリング
STARANISOデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UBQ

1ubq


解像度: 2.19→24.73 Å / SU ML: 0.3248 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 39.0506
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 459 4.65 %
Rwork0.224 9403 -
obs0.2269 9862 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 64.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→24.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1743 0 6 25 1774
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00251766
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56632380
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0432285
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0059308
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.3267239
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.19-2.510.36111400.32773121X-RAY DIFFRACTION99.36
2.51-3.160.37151320.29833149X-RAY DIFFRACTION99.91
3.16-24.730.2521870.18343133X-RAY DIFFRACTION99.61
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.40763364256-8.70636489938-1.72593705589.201364284122.010923039293.649545882710.902073259126-0.540416751363-1.004355061112.53338994751-1.140712184350.444857242577-1.667952909750.1617924057030.5939332692211.111141389470.111686669528-0.05448672075350.7181384617490.1076391403471.3604100260525.5847037565-8.32174751234-5.94745313821
27.449748654591.780861705813.574630782968.909910964754.189189516548.06323020398-0.4836883912771.14297454704-0.943320018193-0.1130385247820.734824895897-1.170352182450.5368770371341.0587921968-0.2235966606550.3310342540070.0605017106637-0.005779850431150.3639855515510.0161651353090.46409161586424.19529192456.300097611235.18215646445
32.838147867940.6974240620062.882462961422.55495272922-0.2597732539163.34570915644-0.17475223791-1.64459812325-0.9445921670010.8153431090860.0150603906311-0.2392277266531.015141250750.8214216853550.2520947980690.4730108674270.1477300049360.04093895122820.7841156356830.1655936650410.54499270330722.98599748954.5426091012813.9783129726
42.150607791210.753050369112-0.02556111725968.34489711234.21489340872.242334357750.0624533238832-0.878640592511.305738416531.66650228141-0.4972828045480.6205607757380.5019663409380.5775652373980.1731003747070.34597926536-0.103874327589-0.03006459915260.7094738560470.09286421530110.51439294296722.939893033812.316554206316.8618466572
54.14179633456-0.8032769129111.327181354819.72643873372.33440666.95507617342-0.392043170599-0.6505993339060.04322662829190.6643162553830.2399670882260.639478931054-0.0094228699770.4412124210760.1519714006780.221753520585-0.0419476665247-0.02631133290070.4327934159720.09989188698040.49657976182213.287106909712.68369931518.70087013146
65.57550718642-0.6605268070013.774085816778.839649398651.576185359433.455666011850.239669297837-0.390910715514-0.300093839558-0.328738194422-0.1564898151680.166481292692-0.02920502392140.0652901881892-0.1775489625250.250888390924-0.03242011096310.02932423047480.4447329410170.1164618139850.28998203414718.896331974310.58203191774.05141382467
73.59738020803-3.00797344498-2.738735987093.83634013044.555795987517.603193545760.1881646319990.5241129388160.777376501354-0.7634932775810.0296407115375-2.10124968887-1.785553495571.31558404612-0.6386015060171.01388306341-0.304794784245-0.3613653103010.6057250115250.3138636187650.91450183473424.403026074433.60853625414.52243805856
81.225549184510.1802574373521.165535564079.491613502531.633020285321.63381084646-0.2161983730160.166861480140.0081097349467-1.459749353371.18778344572-0.83380798574-1.346391375031.48578487805-0.976531693261.3466032742-0.1148605023220.2719503726681.063347229170.1270445661660.96764236232425.238965144640.306547021817.8221630322
94.31080990062-1.25386517061-2.296796580476.31649599075-0.2361357656494.90601797944-0.400965037813-0.1542183137271.19521124534-0.242872621545-0.4387241544080.163493040624-1.654904168310.1761886900160.7915182272450.906101089788-0.045194214168-0.3959133211110.4451111412220.018536999870.88725540133620.154050587230.786521122614.4411908417
103.186903387952.87858629572-2.243664300873.75083769616-2.415344032481.693248326840.4592130902020.0603352410367-1.009191500430.3885265873480.673080108987-0.7685434274991.52387897349-0.8076435646220.1953332839070.84193445574-1.18397001212-0.6541470829940.540003003856-0.0450298111210.94239662702133.699562894535.788979216411.2654394691
114.785636978184.622129387650.4685747994635.734093221332.749004814266.48722004604-0.578651841607-0.1791372873470.6885410245120.886577115024-0.509055346112-0.116063308443-1.93480621792-0.4776756565440.6514301805690.607723506521-0.0591690331622-0.3282325541190.4845810446520.03785228251430.84497669704616.487737020323.38071543039.65601023664
127.270972476092.42248718192-7.527775042975.14941630595-1.037769240419.200781698651.262118127830.7033210628520.237277766073-0.709224275264-0.7250305550510.122327475904-0.172730838242-0.152065603438-0.3153388922760.303085036102-0.0448394879782-0.04034979367520.4700720564230.06825684592870.3212160773537.4696243349-27.4431685335-10.6788810299
138.18855787924-0.663279173789-6.14597855724.44567094338-1.317646236486.92720739222-0.7774995856810.109039239003-0.547736742527-0.255932717066-0.2956550446380.3741245386320.803227713039-0.5214565252710.8163964233290.405234601787-0.0190159272928-0.06907571207180.7081317970710.01807291538550.42445592498931.9720696499-26.7496165831-11.6835549486
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'C' and (resid 72 through 76 )CC72 - 7672 - 76
22chain 'A' and (resid 1 through 22 )AA1 - 221 - 22
33chain 'A' and (resid 23 through 34 )AA23 - 3423 - 34
44chain 'A' and (resid 35 through 44 )AA35 - 4435 - 44
55chain 'A' and (resid 45 through 56 )AA45 - 5645 - 56
66chain 'A' and (resid 57 through 72 )AA57 - 7257 - 72
77chain 'B' and (resid 1 through 16 )BB1 - 161 - 16
88chain 'B' and (resid 17 through 22 )BB17 - 2217 - 22
99chain 'B' and (resid 23 through 59 )BB23 - 5923 - 59
1010chain 'B' and (resid 60 through 65 )BB60 - 6560 - 65
1111chain 'B' and (resid 66 through 76 )BB66 - 7666 - 76
1212chain 'C' and (resid 1 through 7 )CC1 - 71 - 7
1313chain 'C' and (resid 8 through 16 )CC8 - 168 - 16
1414chain 'C' and (resid 17 through 34 )CC17 - 3417 - 34
1515chain 'C' and (resid 35 through 44 )CC35 - 4435 - 44
1616chain 'C' and (resid 45 through 56 )CC45 - 5645 - 56
1717chain 'C' and (resid 57 through 64 )CC57 - 6457 - 64
1818chain 'C' and (resid 65 through 71 )CC65 - 7165 - 71

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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