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Yorodumi- PDB-7nbb: Branched Lys48- and Lys63-linked tri-ubiquitin (K48-K63-Ub3) in c... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7nbb | |||||||||
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Title | Branched Lys48- and Lys63-linked tri-ubiquitin (K48-K63-Ub3) in complex with synthetic nanobody NbSL3 | |||||||||
Components |
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Keywords | SIGNALING PROTEIN / Ubiquitin / Branched / Heterotypic / Nanobody / Synthetic nanobody | |||||||||
Function / homology | Function and homology information : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily Similarity search - Domain/homology | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) synthetic construct (others) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.55 Å | |||||||||
Authors | Lange, S.M. / Kulathu, Y. | |||||||||
Funding support | United Kingdom, 2items
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Citation | Journal: Nat.Struct.Mol.Biol. / Year: 2024 Title: VCP/p97-associated proteins are binders and debranching enzymes of K48-K63-branched ubiquitin chains. Authors: Lange, S.M. / McFarland, M.R. / Lamoliatte, F. / Carroll, T. / Krshnan, L. / Perez-Rafols, A. / Kwasna, D. / Shen, L. / Wallace, I. / Cole, I. / Armstrong, L.A. / Knebel, A. / Johnson, C. / ...Authors: Lange, S.M. / McFarland, M.R. / Lamoliatte, F. / Carroll, T. / Krshnan, L. / Perez-Rafols, A. / Kwasna, D. / Shen, L. / Wallace, I. / Cole, I. / Armstrong, L.A. / Knebel, A. / Johnson, C. / De Cesare, V. / Kulathu, Y. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7nbb.cif.gz | 365.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7nbb.ent.gz | 245.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7nbb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7nbb_validation.pdf.gz | 483 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7nbb_full_validation.pdf.gz | 488.9 KB | Display | |
Data in XML | 7nbb_validation.xml.gz | 34.3 KB | Display | |
Data in CIF | 7nbb_validation.cif.gz | 51.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/7nbb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/7nbb | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7npoC 8a67C 1ubqS 5vnwS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Polyubiquitin- ... , 2 types, 6 molecules AEBCFG
#1: Protein | Mass: 8192.375 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: UBB / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: J3QS39 #2: Protein | Mass: 8632.859 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: K48R K63R Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: UBB / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: J3QS39 |
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-Antibody , 1 types, 2 molecules DH
#3: Antibody | Mass: 14029.527 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) |
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-Non-polymers , 5 types, 740 molecules
#4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-CL / #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 48.07 % / Description: Rod-shape |
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Crystal grow | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.2 Details: 0.1 M Bis-Tris pH 7.2 0.28 M MgCl2 21% PEG3350 0.15 M NaCl 0.05 M Tris/HCl pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-2 / Wavelength: 0.87313 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 2M / Detector: PIXEL / Date: Sep 29, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.87313 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.274→200 Å / Num. obs: 79157 / % possible obs: 85.3 % / Observed criterion σ(I): 1.2 / Redundancy: 4 % / Biso Wilson estimate: 18.58 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 8 |
Reflection shell | Resolution: 1.55→1.659 Å / Redundancy: 2.6 % / Num. unique obs: 3958 / CC1/2: 0.296 / % possible all: 34 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1UBQ, 5VNW Resolution: 1.55→35.95 Å / SU ML: 0.1611 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 26.1165 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 Details: Anisotropic data processing with STARANISO (Global Phasing). Criteria used in determination of diffraction limits: local(I/sigI)>=1.20. Completenes (ellipsoidal) = 85.3
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 25.86 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.55→35.95 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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