PDB-7nb2: Crystal structure of human choline alpha in complex with an inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nb2

タイトル

Crystal structure of human choline alpha in complex with an inhibitor

要素

Choline kinase alpha

キーワード

TRANSFERASE / PHOSPHATIDYLCHOLINE / INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

ethanolamine kinase / choline kinase / ethanolamine kinase activity / Synthesis of PE / choline kinase activity / CDP-choline pathway / phosphatidylethanolamine biosynthetic process / lipid droplet disassembly / phosphatidylcholine biosynthetic process / cholinesterase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Casale, E. / Fasolini, M.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2021
タイトル: Identification of unprecedented ATP-competitive choline kinase inhibitors.
著者: Quartieri, F. / Nesi, M. / Avanzi, N.R. / Borghi, D. / Casale, E. / Corti, E. / Cucchi, U. / Donati, D. / Fasolini, M. / Felder, E.R. / Galvani, A. / Giorgini, M.L. / Lomolino, A. / ...

履歴

登録	2021年1月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年10月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nb2.cif.gz	165.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nb2.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nb2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7nb2_validation.pdf.gz	923.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nb2_full_validation.pdf.gz	952.4 KB	表示
XML形式データ	7nb2_validation.xml.gz	27.3 KB	表示
CIF形式データ	7nb2_validation.cif.gz	36.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/7nb2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/7nb2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nb1C 7nb3C 2ckqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7nb1-1 7nb3-2 7nb1-2 1kkb-d 2etf-1 3ndh-d 4zgj-6 1xe8-1 1juy-d 3zm9-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1) #54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Choline kinase alpha

BBB: Choline kinase alpha

ヘテロ分子

91.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Choline kinase alpha

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Choline kinase alpha

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.593, 120.926, 130.456
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Choline kinase alpha / CK / CHETK-alpha / Ethanolamine kinase / EK 分子量: 45011.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GLY 74 EXPRESSION TAG / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHKA, CHK, CKI / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS 参照: UniProt: P35790, choline kinase, ethanolamine kinase
#2: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-U6E / 4-(6-azanyl-2-chloranyl-purin-9-yl)-~{N}-(4-methyl-1,3-thiazol-2-yl)cyclohexane-1-carboxamide 分子量: 391.878 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₈ClN₇OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 18-20% Peg-mme 5000, 0.1 M Magnesium Formate, 0.1 M HEPES pH 7.0.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→55.59 Å / Num. obs: 35130 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.9 % / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 19
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 9.6 % / R_merge(I) obs: 0.689 / Num. unique obs: 3644 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2CKQ

2ckq

解像度: 2.4→51.196 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / WR_factor R_free: 0.22 / WR_factor R_work: 0.179 / SU B: 9.759 / SU ML: 0.218 / Average fsc free: 0.8712 / Average fsc work: 0.8921 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.38 / ESU R Free: 0.254
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2477	1718	4.899 %
R_work	0.2017	33353	-
all	0.204	-	-
obs	-	35071	99.571 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.682 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.157 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	5.936 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-4.779 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→51.196 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5702	0	99	69	5870

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	5956
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.389	1.651	8045
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.395	5	694
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.525	21.739	322
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.302	15	1019
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.865	15	39
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	727
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4507
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	2567
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.316	0.2	4050
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	202
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.166	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.895	6.25	2791
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.13	9.349	3480
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.228	6.45	3165
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.583	9.513	4565
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.784	80.674	8889

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.462	0.36	142	0.293	2420	X-RAY DIFFRACTION	99.8441
2.462-2.53	0.393	108	0.285	2398	X-RAY DIFFRACTION	99.9203
2.53-2.603	0.318	112	0.272	2292	X-RAY DIFFRACTION	100
2.603-2.683	0.314	124	0.256	2252	X-RAY DIFFRACTION	100
2.683-2.771	0.323	114	0.235	2202	X-RAY DIFFRACTION	99.9137
2.771-2.868	0.36	112	0.227	2084	X-RAY DIFFRACTION	99.8182
2.868-2.977	0.239	92	0.23	2037	X-RAY DIFFRACTION	99.6723
2.977-3.098	0.28	123	0.212	1961	X-RAY DIFFRACTION	99.6176
3.098-3.236	0.294	87	0.215	1877	X-RAY DIFFRACTION	99.4934
3.236-3.394	0.266	86	0.196	1788	X-RAY DIFFRACTION	99.0486
3.394-3.577	0.243	78	0.202	1744	X-RAY DIFFRACTION	99.6173
3.577-3.794	0.273	64	0.203	1654	X-RAY DIFFRACTION	99.5365
3.794-4.055	0.228	86	0.194	1533	X-RAY DIFFRACTION	99.3861
4.055-4.38	0.218	82	0.174	1429	X-RAY DIFFRACTION	99.6702
4.38-4.798	0.178	73	0.159	1329	X-RAY DIFFRACTION	100
4.798-5.363	0.215	72	0.166	1202	X-RAY DIFFRACTION	99.8433
5.363-6.191	0.226	60	0.21	1092	X-RAY DIFFRACTION	99.4819
6.191-7.578	0.246	49	0.205	918	X-RAY DIFFRACTION	99.7936
7.578-10.699	0.193	40	0.154	731	X-RAY DIFFRACTION	98.8462

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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