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- PDB-7nb1: Crystal structure of human choline alpha in complex with an inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nb1
タイトルCrystal structure of human choline alpha in complex with an inhibitor
要素Choline kinase alpha
キーワードTRANSFERASE / PHOSPHATIDYLCHOLINE / INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


ethanolamine kinase / choline kinase / ethanolamine kinase activity / CDP-choline pathway / choline kinase activity / Synthesis of PE / phosphatidylethanolamine biosynthetic process / lipid droplet disassembly / phosphatidylcholine biosynthetic process / cholinesterase activity ...ethanolamine kinase / choline kinase / ethanolamine kinase activity / CDP-choline pathway / choline kinase activity / Synthesis of PE / phosphatidylethanolamine biosynthetic process / lipid droplet disassembly / phosphatidylcholine biosynthetic process / cholinesterase activity / lipid transport / Synthesis of PC / cellular response to glucose starvation / lipid droplet / lipid metabolic process / protein tyrosine kinase activity / phosphorylation / protein homodimerization activity / ATP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Choline/ethanolamine kinase / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-U6T / Choline kinase alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Casale, E. / Fasolini, M.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2021
タイトル: Identification of unprecedented ATP-competitive choline kinase inhibitors.
著者: Quartieri, F. / Nesi, M. / Avanzi, N.R. / Borghi, D. / Casale, E. / Corti, E. / Cucchi, U. / Donati, D. / Fasolini, M. / Felder, E.R. / Galvani, A. / Giorgini, M.L. / Lomolino, A. / ...著者: Quartieri, F. / Nesi, M. / Avanzi, N.R. / Borghi, D. / Casale, E. / Corti, E. / Cucchi, U. / Donati, D. / Fasolini, M. / Felder, E.R. / Galvani, A. / Giorgini, M.L. / Lomolino, A. / Menichincheri, M. / Orrenius, C. / Perrera, C. / Re Depaolini, S. / Riccardi-Sirtori, F. / Salsi, E. / Isacchi, A. / Gnocchi, P.
履歴
登録2021年1月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Choline kinase alpha
BBB: Choline kinase alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,6757
ポリマ－90,0232
非ポリマー1,6525
水2,558142
1
AAA: Choline kinase alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9574
ポリマ－45,0121
非ポリマー9453
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
BBB: Choline kinase alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7183
ポリマ－45,0121
非ポリマー7072
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.855, 122.003, 132.121
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Choline kinase alpha / CK / CHETK-alpha / Ethanolamine kinase / EK


分子量: 45011.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GLY 74 IS AN EXPRESSION TAG / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHKA, CHK, CKI / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS
参照: UniProt: P35790, choline kinase, ethanolamine kinase
#2: 化合物 ChemComp-U6T / 4-(6-aminopurin-9-yl)-~{N}-[4-(trifluoromethylsulfonyl)phenyl]cyclohexane-1-carboxamide


分子量: 468.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H19F3N6O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 18-20% Peg-mme 5000, 0.1 M Magnesium Formate, 0.1 M HEPES pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→47.4 Å / Num. obs: 40989 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.659 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 5891 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2CKQ

2ckq


解像度: 2.3→44.857 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / WRfactor Rfree: 0.234 / WRfactor Rwork: 0.184 / SU B: 7.444 / SU ML: 0.174 / Average fsc free: 0.8945 / Average fsc work: 0.9141 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.292 / ESU R Free: 0.229
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2486 2094 5.117 %
Rwork0.1946 38831 -
all0.197 --
obs-40925 99.937 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 55.247 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.612 Å20 Å20 Å2
2--3.361 Å2-0 Å2
3----2.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→44.857 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5788 0 109 142 6039
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0126055
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4221.6568175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7155700
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.02821.722331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.92151063
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9921541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2736
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024565
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.22523
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.24114
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.2236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1430.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.6225.3182812
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.5847.9493508
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.1855.7313243
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.8478.3844667
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it10.91768.5748959
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.360.3161570.2872816X-RAY DIFFRACTION99.8656
2.36-2.4240.3361530.2712759X-RAY DIFFRACTION100
2.424-2.4950.3161590.272648X-RAY DIFFRACTION99.9644
2.495-2.5710.3551220.2562628X-RAY DIFFRACTION99.9636
2.571-2.6560.3441160.2522566X-RAY DIFFRACTION100
2.656-2.7490.3431480.2212416X-RAY DIFFRACTION100
2.749-2.8520.2681390.2142365X-RAY DIFFRACTION100
2.852-2.9690.2671320.2162272X-RAY DIFFRACTION100
2.969-3.1010.2771370.2192183X-RAY DIFFRACTION99.9569
3.101-3.2520.2861310.2132094X-RAY DIFFRACTION99.9551
3.252-3.4270.2771070.2261992X-RAY DIFFRACTION99.9524
3.427-3.6350.243880.2011912X-RAY DIFFRACTION99.9001
3.635-3.8850.219810.1831801X-RAY DIFFRACTION100
3.885-4.1960.189610.1531714X-RAY DIFFRACTION99.9437
4.196-4.5950.189880.1461545X-RAY DIFFRACTION99.9388
4.595-5.1360.168740.1371418X-RAY DIFFRACTION100
5.136-5.9280.212540.1651268X-RAY DIFFRACTION100
5.928-7.2520.268690.1951074X-RAY DIFFRACTION99.9126

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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