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万見
- PDB-7nae: Crystal structure of Escherichia coli dihydrofolate reductase in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nae
タイトルCrystal structure of Escherichia coli dihydrofolate reductase in complex with TRIMETHOPRIM
要素Dihydrofolate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / dihydrofolate reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


methotrexate binding / dihydrofolic acid binding / 10-formyltetrahydrofolate biosynthetic process / response to methotrexate / NADP+ binding / folic acid biosynthetic process / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / folic acid metabolic process / dihydrofolate reductase ...methotrexate binding / dihydrofolic acid binding / 10-formyltetrahydrofolate biosynthetic process / response to methotrexate / NADP+ binding / folic acid biosynthetic process / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / folic acid metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / NADPH binding / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIMETHOPRIM / Dihydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Estrada, A. / Wright, D. / Krucinska, J. / Erlandsen, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1 R01AI111957 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Structure-guided functional studies of plasmid-encoded dihydrofolate reductases reveal a common mechanism of trimethoprim resistance in Gram-negative pathogens.
著者: Krucinska, J. / Lombardo, M.N. / Erlandsen, H. / Estrada, A. / Si, D. / Viswanathan, K. / Wright, D.L.
履歴
登録2021年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1377
ポリマ－19,3671
非ポリマー7716
水63135
1
A: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子

A: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,27514
ポリマ－38,7342
非ポリマー1,54112
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_554-y,-x,-z-1/61
Buried area4880 Å2
ΔGint-191 kcal/mol
Surface area14610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.542, 65.542, 216.077
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-314-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Dihydrofolate reductase


分子量: 19366.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: folA, tmrA, b0048, JW0047 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABQ4, dihydrofolate reductase
#2: 化合物 ChemComp-TOP / TRIMETHOPRIM / トリメトプリム


分子量: 290.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H18N4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.44 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 18% to 20% PEG4K or 8K, 0.2M Ammonium Sulfate and 2mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→56.83 Å / Num. obs: 11767 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 1.8 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.014 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 30.2
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.162 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique obs: 1154 / CC1/2: 0.964 / Rpim(I) all: 0.162 / Rrim(I) all: 0.229 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7MYM

7mym


解像度: 2.35→56.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 6.409 / SU ML: 0.149 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.238 / ESU R Free: 0.221 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2621 593 5 %RANDOM
Rwork0.2033 ---
obs0.2062 11174 96.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 159.56 Å2 / Biso mean: 57.544 Å2 / Biso min: 36.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.15 Å20.08 Å2-0 Å2
2--0.15 Å2-0 Å2
3----0.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→56.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1267 0 46 35 1348
Biso mean--68.44 55.6 -
残基数----159
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0131343
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0171215
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6151.6331830
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2891.5792796
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0925158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.6222.32973
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.61815211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.637159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2167
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021498
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02306
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 43 -
Rwork0.265 823 -
all-866 -
obs--99.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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