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- PDB-7na9: Crystal structure of BoNT/B-LC-JSG-C1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7na9
タイトルCrystal structure of BoNT/B-LC-JSG-C1
要素
  • Botulinum neurotoxin type B
  • JSG-C1
キーワードTOXIN / neurotoxin / enzyme / inhibitor / antitoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / lipid binding / host cell plasma membrane ...Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily ...Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Botulinum neurotoxin type B
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Lam, K. / Jin, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Plos Pathog. / : 2022
タイトル: Probing the structure and function of the protease domain of botulinum neurotoxins using single-domain antibodies.
著者: Lam, K.H. / Tremblay, J.M. / Perry, K. / Ichtchenko, K. / Shoemaker, C.B. / Jin, R.
履歴
登録2021年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Botulinum neurotoxin type B
D: JSG-C1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,1636
ポリマ-65,9122
非ポリマー2524
10,233568
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.417, 97.018, 101.904
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Botulinum neurotoxin type B / BoNT/B / Bontoxilysin-B


分子量: 51445.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
遺伝子: botB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10844
#2: 抗体 JSG-C1


分子量: 14466.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 568 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.59 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→101.9 Å / Num. obs: 61223 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 22.35 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 20.1
反射 シェル解像度: 1.76→1.79 Å / Num. unique obs: 3060 / CC1/2: 0.852 / Rpim(I) all: 0.328

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB_EXTRACTデータ抽出
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDS1.18.2_3874データ削減
Aimlessデータスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1F82
解像度: 1.76→52.6 Å / SU ML: 0.2231 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.6307
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2053 3110 5.09 %
Rwork0.167 58035 -
obs0.1689 61145 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→52.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4557 0 13 568 5138
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01634705
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.31956350
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0877678
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0093828
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.69531785
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.76-1.780.38731270.31722357X-RAY DIFFRACTION90.89
1.78-1.810.32911190.27692645X-RAY DIFFRACTION99.82
1.81-1.840.2761410.23672590X-RAY DIFFRACTION100
1.84-1.880.25141440.20642621X-RAY DIFFRACTION99.96
1.88-1.910.2251400.18052638X-RAY DIFFRACTION99.96
1.91-1.950.2381240.17732616X-RAY DIFFRACTION100
1.95-20.221270.16622640X-RAY DIFFRACTION99.96
2-2.040.19891340.1652638X-RAY DIFFRACTION99.93
2.04-2.090.22041410.17152612X-RAY DIFFRACTION99.96
2.09-2.150.22371570.17752615X-RAY DIFFRACTION99.96
2.15-2.210.22171250.18092664X-RAY DIFFRACTION99.93
2.21-2.280.22621470.18772603X-RAY DIFFRACTION99.93
2.28-2.370.22571560.16822647X-RAY DIFFRACTION99.79
2.37-2.460.23161420.17432607X-RAY DIFFRACTION99.75
2.46-2.570.23731630.17262632X-RAY DIFFRACTION99.71
2.57-2.710.23351570.1752630X-RAY DIFFRACTION99.96
2.71-2.880.21911450.17192651X-RAY DIFFRACTION100
2.88-3.10.21581500.16862656X-RAY DIFFRACTION99.96
3.1-3.410.1811380.1612697X-RAY DIFFRACTION99.93
3.41-3.90.16071240.14612709X-RAY DIFFRACTION99.93
3.91-4.920.15171590.13032701X-RAY DIFFRACTION99.72
4.92-52.60.18851500.15772866X-RAY DIFFRACTION99.83
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.43773741052-0.907960875704-0.581787516612.53093640353-0.01240426073632.413727772190.129556921630.31446592972-0.0208075949192-0.374267806163-0.1417545526450.116995694115-0.0453388724455-0.1958012249730.02410583561520.1717285811010.0399198527039-0.04106703356250.2026704961970.01270450064380.155109332248-13.747317455214.0974731604-34.4637935254
22.45389147598-1.37750619294-2.108302337323.86061856940.5591606019622.055160071740.104176665462-0.06690993085360.285895471141-0.1408634197280.0712527971883-0.4509010397620.01006800024390.201835808636-0.1212637876910.17323354951-0.03861159634230.003329414202770.1915569970690.02461902695370.1734539896336.9792168304716.6387282219-27.8271477047
31.41119993898-0.492817058626-0.3500431159010.8602903121840.3914092100730.3737280378540.04399781064350.08957897057630.029354908682-0.0963675633186-0.06866986317060.0955465570383-0.0349290600901-0.05683000283520.02768417704180.1389481850890.00946806036673-0.02275283617030.130873642396-0.006020291211430.114400648131-11.09527228728.34377262251-26.1658686262
41.75928762375-0.730498395575-1.080608717470.7687534696470.3845209315841.35513557576-0.0786058726295-0.164355763917-0.1435355734630.07455621849750.0507670032616-0.06078511254160.1207725535050.1808602503250.03521917519150.188595829321-0.00306383376471-0.02069731668540.138671996638-0.002073147624890.1817154203114.21672469402-7.17094150612-18.8013417533
53.02143046167-0.8362112764120.07544610073991.77254705495-0.1838789190950.970067872528-0.012307659304-0.161400118021-0.2882651574910.07023048551930.06283441896080.4076464175510.0540295864324-0.192720579321-0.05605863156380.173362648171-0.04011982264610.0007312916330850.158764063219-0.003989484939150.202321566124-26.077304069-0.807948139798-12.7590295722
65.43540573751-0.336864074518-3.875703006450.416360478517-0.3965640524485.59332585411-0.1373745687450.0370269528975-0.540482955418-0.03266315415930.01459116712760.08412583587620.308477393237-0.1474631001570.2373348169570.209109523883-0.0187887009978-0.03126096466610.0954428579888-0.01077612661040.252810188227-10.6330635767-11.6387731731-20.2297794584
72.46967149306-0.1527415071920.1310700645241.99569025332-0.3354451387071.018309502350.04301914369590.247658037865-0.133880655359-0.118508714184-0.0460963086064-0.1403419919040.03724447807110.0520374898449-0.01544769271460.1716428930570.02290073646180.01214682915940.138479347606-0.03212371686920.14553317909911.5471229976-5.48644765682-34.8354630143
83.20707867096-0.590536305502-0.5802205256229.979157753165.458090927858.12082600505-0.06248558714960.186222791982-0.2846007434380.2339293746880.245809856535-0.6643686508521.008112893490.375498016423-0.1344912024370.3530667228340.0217414562557-0.05680046574070.285346282145-0.001211113617740.26558107902313.08828905391.76634916615-1.11566210985
92.43863656842-0.4438333884890.2347854926213.635067061680.3176878554143.487805730030.0258341581077-0.2939575844670.3143183118580.2940276821270.0723509931145-0.261841853237-0.02544225544740.139701399561-0.1607586783250.130584423007-0.0326828953338-0.02672750580040.167297234438-0.03398269992480.2041553183889.7988544699814.83389885981.92769009004
104.616354434123.733962295530.7104748447464.42309529612-1.158197579883.38668035150.0691814394026-0.4647406742960.1228002608790.0699222592468-0.02316101312610.1436788785180.118068566544-0.326956704032-0.0008808232501430.2255580079140.0203527820249-0.003934823584320.227004394144-0.02000465281820.153052826236-2.3178763416310.96471253740.523924278379
114.373667259240.333574146549-0.225516579383.59748149828-0.1841333864984.24919338787-0.1323071686030.241674918220.6974525152070.03605870226340.102977633690.0709539743997-0.405195547641-0.147930116421-0.003807071940050.1880135093940.0151688852656-0.03447571282250.1100360288970.00182798827740.1777950174925.8523459268320.5827083471-5.34673543375
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143.78623424746-1.24334018119-2.365022970894.838690113693.179231717152.88005037804-0.0902233982994-0.5089187169780.0502216410050.5393292328930.01791055518540.1700976806770.179064529754-0.01741451811480.08103049295760.2470051903920.0134733609034-0.03599226665830.225469453822-0.02022305565160.1438408974322.335244876039.982958080213.9145196694
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 46 )AA2 - 461 - 45
22chain 'A' and (resid 47 through 81 )AA47 - 8146 - 74
33chain 'A' and (resid 82 through 206 )AA82 - 20675 - 199
44chain 'A' and (resid 207 through 281 )AA207 - 281200 - 274
55chain 'A' and (resid 282 through 341 )AA282 - 341275 - 334
66chain 'A' and (resid 342 through 365 )AA342 - 365335 - 358
77chain 'A' and (resid 366 through 441 )AA366 - 441359 - 434
88chain 'D' and (resid -4 through 7 )DE-4 - 71 - 12
99chain 'D' and (resid 8 through 33 )DE8 - 3313 - 38
1010chain 'D' and (resid 34 through 45 )DE34 - 4539 - 50
1111chain 'D' and (resid 46 through 76 )DE46 - 7651 - 81
1212chain 'D' and (resid 77 through 98 )DE77 - 9882 - 103
1313chain 'D' and (resid 99 through 115 )DE99 - 115104 - 120
1414chain 'D' and (resid 116 through 129 )DE116 - 129121 - 134

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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