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- PDB-7n8r: FGTGFG segment from the Nucleoporin p54, residues 63-68 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n8r
タイトルFGTGFG segment from the Nucleoporin p54, residues 63-68
要素FGTGFG segment from the Nucleoporin p54, residues 63-68
キーワードPROTEIN FIBRIL / amyloid-like fibril
機能・相同性trifluoroacetic acid
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
Model detailsAmyloid Fibril
データ登録者Hughes, M.P. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM08042 米国
引用ジャーナル: Acs Nano / 年: 2022
タイトル: Extended beta-Strands Contribute to Reversible Amyloid Formation.
著者: Murray, K.A. / Evans, D. / Hughes, M.P. / Sawaya, M.R. / Hu, C.J. / Houk, K.N. / Eisenberg, D.
履歴
登録2021年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: FGTGFG segment from the Nucleoporin p54, residues 63-68
B: FGTGFG segment from the Nucleoporin p54, residues 63-68
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,2833
ポリマ－1,1692
非ポリマー1141
水362
1
A: FGTGFG segment from the Nucleoporin p54, residues 63-68
B: FGTGFG segment from the Nucleoporin p54, residues 63-68
ヘテロ分子

A: FGTGFG segment from the Nucleoporin p54, residues 63-68
B: FGTGFG segment from the Nucleoporin p54, residues 63-68
ヘテロ分子

A: FGTGFG segment from the Nucleoporin p54, residues 63-68
B: FGTGFG segment from the Nucleoporin p54, residues 63-68
ヘテロ分子

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B: FGTGFG segment from the Nucleoporin p54, residues 63-68
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ヘテロ分子

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ヘテロ分子

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ヘテロ分子

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ヘテロ分子

B: FGTGFG segment from the Nucleoporin p54, residues 63-68
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,83330
ポリマ－11,69220
非ポリマー1,14010
水36020
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
crystal symmetry operation1_535x,y-2,z1
crystal symmetry operation1_575x,y+2,z1
crystal symmetry operation2_545-x,y-1/2,-z1
crystal symmetry operation2_555-x,y+1/2,-z1
crystal symmetry operation2_535-x,y-3/2,-z1
crystal symmetry operation2_565-x,y+3/2,-z1
crystal symmetry operation2_525-x,y-5/2,-z1
crystal symmetry operation2_6461-x,y-1/2,-z+11
crystal symmetry operation2_6561-x,y+1/2,-z+11
crystal symmetry operation2_6361-x,y-3/2,-z+11
crystal symmetry operation2_6661-x,y+3/2,-z+11
crystal symmetry operation2_6261-x,y-5/2,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)15.710, 9.400, 23.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.520, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド FGTGFG segment from the Nucleoporin p54, residues 63-68


分子量: 584.622 Da / 分子数: 2 / 断片: FGTGFG / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-TFA / trifluoroacetic acid / トリフルオロ酢酸


分子量: 114.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2HF3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月22日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→22.06 Å / Num. obs: 2137 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.969 % / Biso Wilson estimate: 11.597 Å2 / CC1/2: 0.972 / Rmerge(I) obs: 0.186 / Rrim(I) all: 0.215 / Χ2: 0.819 / Net I/σ(I): 5.43 / Num. measured all: 8482 / Scaling rejects: 3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.2-1.233.1330.3862.631430.9150.45492.3
1.23-1.263.4430.3993.031490.8650.475100
1.26-1.33.9540.3633.631520.9140.42695
1.3-1.343.8520.2684.331420.9370.31100
1.34-1.384.2020.2873.831290.9490.328100
1.38-1.434.2390.2494.61340.9480.28598.5
1.43-1.493.9090.2514.691320.8830.292100
1.49-1.554.2670.2555.21350.9080.29298.5
1.55-1.624.0850.2185.51170.8460.261100
1.62-1.74.2230.1886.141210.9720.21399.2
1.7-1.794.1740.196.231090.9750.21799.1
1.79-1.94.20.1626.991050.9850.18499.1
1.9-2.034.3010.1597.371030.9850.1898.1
2.03-2.194.1260.1787.2870.9740.203100
2.19-2.43.9660.1877.68890.9710.21498.9
2.4-2.684.1130.1497.64800.9880.173100
2.68-3.140.1538.26750.9310.18100
3.1-3.793.9820.1678.2560.9710.196100
3.79-5.363.660.1728.06500.9720.292.6
5.36-22.063.310.1847.72290.9840.21396.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.2 Å22.06 Å
Translation1.2 Å22.06 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.2→22.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 1.697 / SU ML: 0.033 / SU R Cruickshank DPI: 0.0521 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.052 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1745 214 10 %RANDOM
Rwork0.1429 ---
obs0.146 1923 98.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 23.79 Å2 / Biso mean: 5.347 Å2 / Biso min: 3.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.35 Å2-0 Å2-0.33 Å2
2---0.37 Å2-0 Å2
3---0.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.2→22.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数84 0 7 2 93
Biso mean--15.58 8.74 -
残基数----12
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.01392
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01870
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9681.713121
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.8681.673158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.914510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg10.35204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg8.763156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.28
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02118
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.0230
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.553162
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.23 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 14 -
Rwork0.213 129 -
obs--94.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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