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万見
- PDB-6rk1: Crystal structure of TSP1 domain from CCN3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rk1
タイトルCrystal structure of TSP1 domain from CCN3
要素CCN family member 3
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / extra-cellular matrix / CCN family / matricellular protein / signalling
機能・相同性
機能・相同性情報


bone regeneration / endothelial cell-cell adhesion / smooth muscle cell proliferation / negative regulation of monocyte chemotaxis / negative regulation of chondrocyte proliferation / negative regulation of myotube differentiation / hematopoietic stem cell homeostasis / negative regulation of sensory perception of pain / endothelial cell chemotaxis / fibroblast migration ...bone regeneration / endothelial cell-cell adhesion / smooth muscle cell proliferation / negative regulation of monocyte chemotaxis / negative regulation of chondrocyte proliferation / negative regulation of myotube differentiation / hematopoietic stem cell homeostasis / negative regulation of sensory perception of pain / endothelial cell chemotaxis / fibroblast migration / gap junction / type B pancreatic cell proliferation / positive regulation of ossification / Notch binding / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / smooth muscle cell migration / cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of Notch signaling pathway / negative regulation of SMAD protein signal transduction / chondrocyte differentiation / extracellular matrix / cell chemotaxis / positive regulation of cell differentiation / growth factor activity / negative regulation of insulin secretion / negative regulation of cell growth / hormone activity / negative regulation of inflammatory response / integrin binding / heparin binding / regulation of gene expression / angiogenesis / cell adhesion / axon / neuronal cell body / dendrite / signal transduction / extracellular space / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
IGFBP-related, CNN / : / CCN, TSP1 domain / CCN3 Nov like TSP1 domain / Insulin-like growth factor binding protein, N-terminal, Cys-rich conserved site / Insulin-like growth factor-binding protein (IGFBP) N-terminal domain signature. / Insulin-like growth factor binding protein / Glycoprotein hormone subunit beta / Cystine-knot domain / Insulin-like growth factor-binding protein, IGFBP ...IGFBP-related, CNN / : / CCN, TSP1 domain / CCN3 Nov like TSP1 domain / Insulin-like growth factor binding protein, N-terminal, Cys-rich conserved site / Insulin-like growth factor-binding protein (IGFBP) N-terminal domain signature. / Insulin-like growth factor binding protein / Glycoprotein hormone subunit beta / Cystine-knot domain / Insulin-like growth factor-binding protein, IGFBP / Insulin-like growth factor-binding protein (IGFBP) N-terminal domain profile. / Insulin growth factor-binding protein homologues / von Willebrand factor type C domain / C-terminal cystine knot signature. / C-terminal cystine knot domain profile. / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / VWFC domain signature. / VWFC domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CCN family member 3
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Xu, E.-R. / Hyvonen, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: The thrombospondin module 1 domain of the matricellular protein CCN3 shows an atypical disulfide pattern and incomplete CWR layers.
著者: Xu, E.R. / Lafita, A. / Bateman, A. / Hyvonen, M.
履歴
登録2019年4月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CCN family member 3
B: CCN family member 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,27612
ポリマ－12,9032
非ポリマー37410
水2,522140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2260 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area6910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.860, 52.860, 102.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-461-

HOH

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要素

#1: タンパク質 CCN family member 3 / Cellular communication network factor 3 / Nephroblastoma-overexpressed gene protein homolog / ...Cellular communication network factor 3 / Nephroblastoma-overexpressed gene protein homolog / Protein NOV homolog / NovH


分子量: 6451.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: TSP1 domain of CCN3 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Ccn3, Nov / プラスミド: pHAT4
詳細 (発現宿主): T7 promoter driven vector with TEV_cleavable hexa-His tag
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pUBS520 / 参照: UniProt: Q9QZQ5
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: 3.0 M NaCl, 0.1 M Tris pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.93 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→34.13 Å / Num. obs: 2082 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.63→1.66 Å / Num. unique obs: 220

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.63→34.13 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 16.02
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1844 1050 4.92 %
Rwork0.1615 --
obs0.1626 21339 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→34.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数710 0 15 140 865
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005762
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7511028
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.97506
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044116
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004132
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6301-1.70430.23161420.21442491X-RAY DIFFRACTION100
1.7043-1.79410.19371200.16812488X-RAY DIFFRACTION100
1.7941-1.90650.18981320.15562508X-RAY DIFFRACTION100
1.9065-2.05370.15641320.12412474X-RAY DIFFRACTION100
2.0537-2.26030.14651420.13752508X-RAY DIFFRACTION100
2.2603-2.58730.19581370.15692533X-RAY DIFFRACTION100
2.5873-3.25930.16681260.16582571X-RAY DIFFRACTION100
3.2593-34.13750.20931190.17272716X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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