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- PDB-7n8q: Rhesusized RV305 DH677.3 Fab bound to Clade A/E 93TH057 HIV-1 gp1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n8q
タイトルRhesusized RV305 DH677.3 Fab bound to Clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core.
要素
  • (Rhesusized DH677.3 FAB ...) x 2
  • M48U1 CD4 MIMETIC PEPTIDE
  • clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
キーワードIMMUNE SYSTEM / DH677.3 / HIV-1 Env V2 peptide / RV144 / RV305 / Rhesusized antibody
機能・相同性Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / viral envelope / clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
機能・相同性情報
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Macaca mulatta (アカゲザル)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Tolbert, W.D. / Pazgier, M.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI116274 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 AI120756 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI129769 米国
引用ジャーナル: Front Immunol / 年: 2021
タイトル: Structure and Fc-Effector Function of Rhesusized Variants of Human Anti-HIV-1 IgG1s.
著者: Tolbert, W.D. / Nguyen, D.N. / Tuyishime, M. / Crowley, A.R. / Chen, Y. / Jha, S. / Goodman, D. / Bekker, V. / Mudrak, S.V. / DeVico, A.L. / Lewis, G.K. / Theis, J.F. / Pinter, A. / Moody, M. ...著者: Tolbert, W.D. / Nguyen, D.N. / Tuyishime, M. / Crowley, A.R. / Chen, Y. / Jha, S. / Goodman, D. / Bekker, V. / Mudrak, S.V. / DeVico, A.L. / Lewis, G.K. / Theis, J.F. / Pinter, A. / Moody, M.A. / Easterhoff, D. / Wiehe, K. / Pollara, J. / Saunders, K.O. / Tomaras, G.D. / Ackerman, M. / Ferrari, G. / Pazgier, M.
履歴
登録2021年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
N: M48U1 CD4 MIMETIC PEPTIDE
H: Rhesusized DH677.3 FAB HEAVY CHAIN
L: Rhesusized DH677.3 FAB LIGHT CHAIN
A: clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
C: Rhesusized DH677.3 FAB HEAVY CHAIN
D: Rhesusized DH677.3 FAB LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,33825
ポリマ－177,3577
非ポリマー3,98218
水27015
1
G: clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
N: M48U1 CD4 MIMETIC PEPTIDE
H: Rhesusized DH677.3 FAB HEAVY CHAIN
L: Rhesusized DH677.3 FAB LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,19813
ポリマ－90,2074
非ポリマー1,9919
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9420 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area35870 Å2
手法PISA
2
A: clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
C: Rhesusized DH677.3 FAB HEAVY CHAIN
D: Rhesusized DH677.3 FAB LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,14112
ポリマ－87,1503
非ポリマー1,9919
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7830 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area34560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.182, 82.664, 111.899
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 HCLD

#3: 抗体 Rhesusized DH677.3 FAB HEAVY CHAIN


分子量: 24540.545 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / Cell (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 Rhesusized DH677.3 FAB LIGHT CHAIN


分子量: 23252.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 / 非ポリマー , 4種, 36分子 GAN

#1: タンパク質 clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core


分子量: 39356.613 Da / 分子数: 2 / 変異: H375S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: HIV-1 Env / Cell (発現宿主): HEK 293 GnT1- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0M3KKW9
#2: タンパク質・ペプチド M48U1 CD4 MIMETIC PEPTIDE


分子量: 3056.804 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.52 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 20% PEG 4000 0.1 M sodium citrate pH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 31091 / % possible obs: 82.7 % / 冗長度: 2.5 % / CC1/2: 0.975 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.627 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 1645 / CC1/2: 0.714 / Rpim(I) all: 0.467 / % possible all: 86

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PHENIX1.17.1精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6MFP

6mfp


解像度: 2.9→47.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 74.4 / SU ML: 0.658 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.594 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29578 1599 5.1 %RANDOM
Rwork0.25517 ---
obs0.2572 29478 82.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 63.955 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.31 Å20 Å2-1.3 Å2
2---0.66 Å2-0 Å2
3----0.45 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.9→47.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11790 0 252 15 12057
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01312345
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.01711047
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.721.6816808
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5231.60125835
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4851507
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.96224.048541
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg27.357151987
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.91539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21709
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213563
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.022385
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.8164.0186096
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.8164.0186095
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.0836.0077576
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.0836.0077577
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0894.2626249
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.0894.2626247
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.2396.3119232
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.79275.61548382
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.79275.61448377
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.973 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.394 142 -
Rwork0.378 2234 -
obs--85.47 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3877-0.19440.30960.1614-0.05830.8193-0.00630.03490.01940.04890.04540.0373-0.110.1399-0.03910.5122-0.0566-0.06180.3579-0.06770.2018-16.147511.73212.7075
20.10070.06270.1540.30490.23320.5842-0.0780.078-0.0887-0.00060.05870.0532-0.10040.13540.01930.54040.0237-0.0430.3738-0.05020.19616.109413.770859.2205
30.05150.0360.11290.35110.7161.52150.0354-0.1013-0.0053-0.0007-0.03850.01820.0151-0.10710.00310.5774-0.0114-0.12740.2702-0.03880.05091.55229.255568.5595
40.71690.25350.28550.12770.04660.7807-0.0838-0.0911-0.1187-0.030.0094-0.0517-0.0092-0.00350.07440.54330.0524-0.16150.3419-0.06360.1197-9.325-29.816325.2834
50.2259-0.1592-0.17850.3151-0.0030.49980.08640.01360.0456-0.0029-0.0310.0845-0.10340.1422-0.05540.5049-0.0288-0.09660.3837-0.03980.145823.1179-21.947569.8647
60.0877-0.07080.13380.46070.4941.27690.0586-0.02010.00330.02420.0634-0.00990.0667-0.0717-0.1220.4852-0.0509-0.08310.3544-0.01330.231210.8045-30.021880.2992
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1G1 - 492
2X-RAY DIFFRACTION2H1 - 215
3X-RAY DIFFRACTION3L1 - 214
4X-RAY DIFFRACTION4A1 - 492
5X-RAY DIFFRACTION5C1 - 215
6X-RAY DIFFRACTION6D1 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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